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万見
- PDB-8tud: IgG1 Fc Heterodimer combYSelect2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tud
タイトルIgG1 Fc Heterodimer combYSelect2
要素(Immunoglobulin gamma-1 heavy chain) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG1 Fc / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Azzam, T. / Du, J.J. / Sundberg, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI149297 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Combinatorially restricted computational design of protein-protein interfaces to produce IgG heterodimers.
著者: Azzam, T. / Du, J.J. / Flowers, M.W. / Ali, A.V. / Hunn, J.C. / Vijayvargiya, N. / Knagaram, R. / Bogacz, M. / Maravillas, K.E. / Sastre, D.E. / Fields, J.K. / Mirzaei, A. / Pierce, B.G. / Sundberg, E.J.
履歴
登録2023年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2064
ポリマ－52,2792
非ポリマー2,9272
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area21960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.014, 79.685, 139.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: 抗体 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 26132.570 Da / 分子数: 1 / 変異: D399Y, K447S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#2: 抗体 Immunoglobulin gamma-1 heavy chain


分子量: 26146.555 Da / 分子数: 1 / 変異: K409S, T411Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens x Mus musculus hybrid cell line (ヒト)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1463.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4/a4-b1_a6-h1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis Tris pH 6.5 and 29% PEG MME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→42.36 Å / Num. obs: 11350 / % possible obs: 96.87 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 50.24 Å2 / CC1/2: 0.964 / Rmerge(I) obs: 0.453 / Rpim(I) all: 0.137 / Rrim(I) all: 0.474 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 3→3.108 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 3.074 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 993 / CC1/2: 0.628 / Rpim(I) all: 0.949 / Rrim(I) all: 3.221 / % possible all: 86.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB-REDO精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→42.36 Å / SU ML: 0.4057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2829
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2852 1136 10.01 %RANDOM
Rwork0.1978 10212 --
obs0.2063 11348 96.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 198 3 3523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01093628
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2214947
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0564592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009610
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.307573
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.130.39521240.24961122X-RAY DIFFRACTION86.17
3.13-3.30.29591340.22721197X-RAY DIFFRACTION93.08
3.3-3.50.28921420.21331279X-RAY DIFFRACTION98.61
3.5-3.780.3191450.21061303X-RAY DIFFRACTION99.72
3.78-4.150.31211440.19671295X-RAY DIFFRACTION99.65
4.15-4.750.26691460.17051318X-RAY DIFFRACTION99.86
4.76-5.990.24331490.17961334X-RAY DIFFRACTION99.73
5.99-42.360.25851520.19581364X-RAY DIFFRACTION95.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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