+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tto | ||||||
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Title | Structure of Hachiman anti-defense 1 (Had1) | ||||||
Components | Hachiman | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / immune evasion / anti-defense / phage | ||||||
Biological species | unidentified (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Ragucci, A.E. / Antine, S.P. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2024 Title: Phages overcome bacterial immunity via diverse anti-defence proteins. Authors: Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Lu, A. / Ragucci, A.E. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Kranzusch, P.J. / Amitai, G. / Sorek, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tto.cif.gz | 101.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tto.ent.gz | 65.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tto.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tto_validation.pdf.gz | 428.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8tto_full_validation.pdf.gz | 428.8 KB | Display | |
Data in XML | 8tto_validation.xml.gz | 9.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8tto_validation.cif.gz | 13.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tto | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 6219.039 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: prophage sequence isolated after integration into Bacillus toyonensis AFS058541 genome Source: (gene. exp.) unidentified (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 100 mM MES pH 6.2, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1.00011 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00011 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→37.45 Å / Num. obs: 13372 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 29.25 Å2 / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 4.9 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 979 / CC1/2: 0.49 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→37.45 Å / SU ML: 0.2962 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 29.0547 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→37.45 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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