[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8smd: Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8smd | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in complex with 1''-3' gcADPR | ||||||||||||||||||
Components | ABC transporter ATPase | ||||||||||||||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / gcADPR / Thoeris / anti-phage | ||||||||||||||||||
Function / homology | Chem-OJC / ABC transporter ATPase Function and homology information | ||||||||||||||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. ...Lu, A. / Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Amitai, G. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||||||||||||||
Funding support | European Union, Israel, Germany, United States, 5items
| ||||||||||||||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2024 Title: Phages overcome bacterial immunity via diverse anti-defence proteins. Authors: Yirmiya, E. / Leavitt, A. / Lu, A. / Ragucci, A.E. / Avraham, C. / Osterman, I. / Garb, J. / Antine, S.P. / Mooney, S.E. / Hobbs, S.J. / Kranzusch, P.J. / Amitai, G. / Sorek, R. | ||||||||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8smd.cif.gz | 139.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8smd.ent.gz | 91 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8smd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8smd_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8smd_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 8smd_validation.xml.gz | 12.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8smd_validation.cif.gz | 16 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smd | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8smeC 8smfC 8smgC 8ttoC 7uavS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14331.078 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Gene: FDB51_07880 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A846JTD7 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.65 % / Description: Cubes |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: magnesium chloride, Tris-HCl pH 8.5, 1,6-hexanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→42.92 Å / Num. obs: 17522 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 53.87 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 13.3 % / Num. unique obs: 1381 / CC1/2: 0.451 / Rpim(I) all: 0.698 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7UAV Resolution: 2.1→42.92 Å / SU ML: 0.3377 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 35.5479 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→42.92 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|