+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7uav | ||||||
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Title | Structure of Clostridium botulinum prophage Tad1 in apo state | ||||||
Components | ABC transporter ATPase | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Anti-Thoeris / Immune Evasion / signal sequestration | ||||||
Function / homology | ABC transporter ATPase Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium botulinum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Lu, A. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Garb, J. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2022 Title: Viruses inhibit TIR gcADPR signalling to overcome bacterial defence. Authors: Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Amitai, G. / Lu, A. / Garb, J. / Herbst, E. / Morehouse, B.R. / Hobbs, S.J. / Antine, S.P. / Sun, Z.J. / Kranzusch, P.J. / Sorek, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7uav.cif.gz | 301.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7uav.ent.gz | 210.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7uav.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7uav_validation.pdf.gz | 452.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7uav_full_validation.pdf.gz | 455.2 KB | Display | |
Data in XML | 7uav_validation.xml.gz | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7uav_validation.cif.gz | 30.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ua/7uav | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7uawC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14518.660 Da / Num. of mol.: 5 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium botulinum (bacteria) / Gene: FDB51_07880 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A846JTD7 #2: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.74 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5 and 40% PEG 200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→48.67 Å / Num. obs: 38341 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 41.5 % / Biso Wilson estimate: 50.31 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 15.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 3296 / CC1/2: 0.705 / Rpim(I) all: 0.793 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→48.67 Å / SU ML: 0.2863 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.8744 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→48.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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