PDB-8ttk: Tryptophan-6-halogenase BorH apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ttk

タイトル

Tryptophan-6-halogenase BorH apo structure

要素

Tryptophan 6-halogenase

キーワード

FLAVOPROTEIN / halogenase oxidoreductase

機能・相同性

Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / : / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Tryptophan 6-halogenase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Lingkon, K. / Bellizzi, J.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Crystallographic and thermodynamic evidence of negative cooperativity of flavin and tryptophan binding in the flavin-dependent halogenases AbeH and BorH.
著者: Ashaduzzaman, M. / Lingkon, K. / De Silva, A.J. / Bellizzi, J.J.

履歴

登録	2023年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ttk.cif.gz	851.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ttk.ent.gz	710.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8ttk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8ttk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8fovC 8foxC 8ttiC 8ttjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 6-halogenase

B: Tryptophan 6-halogenase

C: Tryptophan 6-halogenase

D: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

242 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Tryptophan 6-halogenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
60.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.740, 157.580, 112.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.250, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tryptophan 6-halogenase 分子量: 60202.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: borH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M9QSI0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 300 mM (NH4)2SO4 19% (w/v) PEG 8000.

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→37.92 Å / Num. obs: 164806 / % possible obs: 95.03 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 26.22 Å² / CC_1/2: 0.957 / CC star: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.09669 / R_pim(I) all: 0.09669 / R_rim(I) all: 0.1367 / Net I/σ(I): 5.59
反射シェル	解像度: 1.98→2.051 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 16702 / CC_1/2: 0.377 / CC star: 0.74 / R_pim(I) all: 0.753 / R_rim(I) all: 1.065 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→37.92 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	1997	1.21 %
R_work	0.221	162865	-
obs	0.2214	164625	95.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.06 Å² / B_iso mean: 39.6448 Å² / B_iso min: 11.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→37.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16646	0	80	1028	17754
B_iso mean	-	-	52.98	39.09	-
残基数	-	-	-	-	2076

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.98-2.03	0.4091	133	0.3662	11745	11878	97
2.03-2.08	0.3916	162	0.3456	11785	11947	97
2.08-2.14	0.373	144	0.3102	11801	11945	97
2.14-2.21	0.3086	137	0.2857	11822	11959	97
2.21-2.29	0.3449	142	0.2674	11775	11917	96
2.29-2.38	0.267	135	0.2492	11657	11792	95
2.38-2.49	0.2616	143	0.2406	11693	11836	96
2.49-2.62	0.2755	132	0.2346	10893	11025	89
2.62-2.79	0.2357	133	0.2185	10925	11058	90
2.79-3	0.25	148	0.2095	11986	12134	98
3-3.31	0.2291	152	0.2048	12011	12163	98
3.31-3.78	0.2026	150	0.1834	11931	12081	97
3.78-4.77	0.1852	142	0.1671	11441	11583	93
4.77-37.92	0.2315	144	0.2066	11400	11544	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6847	1.2627	1.3852	2.1826	-0.142	1.0766	0.1807	0.4769	-0.1922	-0.1235	0.019	-0.6262	0.314	0.5203	-0.2016	0.2517	0.129	0.0719	0.4153	-0.0335	0.4112	26.8682	126.0835	72.1601
2	3.3308	-1.0326	-0.4443	1.4932	0.0735	1.3023	0.2455	0.572	-0.5177	-0.2455	-0.2037	0.0552	0.3155	0.0349	-0.0237	0.3315	0.0652	-0.03	0.2996	-0.1258	0.2296	-0.2445	123.4506	68.2034
3	5.1514	0.2012	0.2657	4.568	1.6744	0.789	0.1388	-0.4756	0.1176	0.7918	0.0677	0.6108	0.1754	-0.2958	-0.1093	0.3526	0.0268	0.1317	0.4053	-0.0178	0.5172	14.4655	137.8959	77.3705
4	2.6204	-0.1264	0.2752	2.7875	0.5691	1.0636	0.158	-0.1525	-0.2869	0.2904	-0.0635	-0.5867	0.2655	0.1832	-0.1224	0.2859	0.0854	-0.017	0.3258	-0.0004	0.4149	26.9941	127.0002	80.2583
5	2.8932	0.2829	0.6165	1.382	-0.2455	1.4943	-0.1311	0.0017	0.8559	-0.0068	0.0812	0.1499	-0.3338	-0.019	0.0353	0.323	-0.0501	-0.058	0.2147	0.0821	0.695	-18.6337	85.2615	77.0497
6	3.3667	1.3207	-1.5196	3.7575	-0.0901	1.6425	0.0845	-0.0738	0.6965	0.0073	-0.0709	0.474	-0.335	-0.32	-0.0366	0.234	-0.0214	-0.0527	0.3591	0.1181	0.7011	-47.2644	75.0144	75.6168
7	2.8606	-0.1939	0.5594	1.4604	-0.4859	1.2298	-0.0775	0.4375	0.8571	-0.24	0.0574	0.1361	-0.2234	0.0399	0.0294	0.3138	-0.0834	-0.081	0.2978	0.2336	0.6151	-18.521	81.1672	67.8618
8	2.9165	0.4744	-0.614	2.9263	1.0407	1.8932	0.1374	-0.1745	0.444	0.5527	-0.007	-0.489	-0.0213	0.2912	-0.2588	0.3799	-0.0643	-0.1584	0.3296	0.1512	0.553	-32.8806	67.1214	77.4272
9	2.0707	1.6484	-0.3666	3.848	-1.1619	0.9922	0.0405	-0.1155	0.979	0.4991	-0.0646	0.7697	-0.3222	-0.1737	0.0158	0.3245	0.0171	-0.0613	0.3478	0.0304	0.7822	-45.7693	77.7973	79.8623
10	2.7612	-0.6806	1.7796	1.3196	-0.2438	2.9149	-0.1041	0.165	-0.0887	-0.0672	0.2538	-0.4234	0.1923	0.5035	-0.1436	0.2038	0.0388	0.0365	0.2632	-0.0994	0.3016	-10.8342	124.4726	124.9012
11	1.9361	-2.0968	-0.7176	2.7054	0.0112	1.5402	-0.0671	0.1607	-0.0292	-0.158	0.0531	0.3133	-0.0283	-0.1761	0.0045	0.1403	-0.0196	0.003	0.1523	0.0155	0.1659	-44.3685	129.7655	117.0468
12	1.4865	0.3984	0.4595	1.3216	0.3141	1.1432	-0.066	-0.055	-0.2342	0.161	0.152	-0.2047	0.2328	0.1761	-0.0862	0.2176	0.0689	0.0457	0.1884	-0.0355	0.2564	-23.4302	116.9348	129.5105
13	1.4664	-0.9432	-0.8486	1.8792	0.5197	1.8778	-0.1216	-0.0409	0.3687	-0.0065	0.1098	-0.2607	-0.1513	0.2353	0.0152	0.1647	-0.0647	-0.0279	0.1677	-0.0131	0.3053	-38.2445	136.6818	121.4746
14	2.2835	0.2945	-1.2512	0.6941	0.4183	1.7632	-0.0758	0.069	0.0829	-0.2516	0.2254	0.968	-0.1273	-0.4789	-0.1116	0.2312	0.025	-0.0105	0.3711	0.1707	0.8418	-7.7994	80.5383	124.7276
15	1.1889	-1.3453	0.6126	1.961	-0.5316	1.7218	-0.0501	0.246	0.0189	-0.3225	0.0355	0.0533	0.1616	0.0681	-0.0244	0.2054	-0.05	-0.0115	0.1938	-0.0184	0.2474	23.3996	75.1066	115.285
16	1.6304	0.7468	-0.4348	1.8575	-0.585	1.1938	0.0535	-0.0307	0.4848	0.1966	0.164	0.8158	-0.3484	-0.3042	-0.1625	0.2087	0.0734	0.0472	0.2632	0.0737	0.8379	1.8137	91.1978	127.3867
17	2.1298	0.6595	-0.6125	1.1252	-0.1006	0.791	0.03	-0.1273	0.4371	0.2132	0.0388	0.5491	-0.1208	-0.1536	-0.0566	0.2104	0.0295	0.0137	0.2075	-0.0226	0.446	8.4298	84.8088	134.4778
18	3.4678	0.0765	0.1249	1.741	-0.5444	1.2234	0.0263	-0.0394	-0.4468	0.1339	0.148	0.9532	0.4064	-0.4875	0.1158	0.2059	-0.0762	0.0472	0.2613	0.044	0.471	16.3035	68.8379	130.8679
19	3.2988	-1.6598	1.3078	2.1841	-0.9062	1.6125	0.0223	0.2808	-0.1465	-0.2983	-0.0094	0.313	0.169	0.1123	0.0061	0.1776	-0.0675	0.0022	0.1334	0.0003	0.228	22.1813	68.0215	114.8829
20	6.5224	-1.2413	-0.1641	2.5763	-0.0172	1.7673	0.1436	-0.2203	-0.6377	0.1442	-0.0539	0.2049	0.3779	-0.0227	-0.086	0.2714	-0.0369	-0.0157	0.149	-0.003	0.23	-6.1266	119.6224	81.9552

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 81 through 151 )	C	81 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 152 through 427 )	C	152 - 427
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 428 through 466 )	C	428 - 466
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 467 through 527 )	C	467 - 527
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 2 through 100 )	D	2 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 101 through 145 )	D	101 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 146 through 427 )	D	146 - 427
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 428 through 466 )	D	428 - 466
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 467 through 527 )	D	467 - 527
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 2 through 80 )	A	2 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 81 through 151 )	A	81 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 152 through 427 )	A	152 - 427
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 428 through 527 )	A	428 - 527
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 2 through 80 )	B	2 - 80
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 81 through 161 )	B	81 - 161
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 162 through 315 )	B	162 - 315
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 316 through 427 )	B	316 - 427
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 428 through 466 )	B	428 - 466
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 467 through 527 )	B	467 - 527
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 2 through 80 )	C	2 - 80

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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