+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tti | ||||||
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Title | Trp-6-Halogenase BorH complexed with FAD and Trp | ||||||
Components | Tryptophan 6-halogenase | ||||||
Keywords | FLAVOPROTEIN / halogenase / oxidoreductase | ||||||
Function / homology | Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / TRYPTOPHAN / Tryptophan 6-halogenase Function and homology information | ||||||
Biological species | uncultured bacterium (environmental samples) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Lingkon, K. / Bellizzi, J.J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biorxiv / Year: 2023 Title: Crystallographic and thermodynamic evidence of negative cooperativity of flavin and tryptophan binding in the flavin-dependent halogenases AbeH and BorH. Authors: Ashaduzzaman, M. / Lingkon, K. / De Silva, A.J. / Bellizzi, J.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tti.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tti.ent.gz | 725.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tti.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tti_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8tti_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 8tti_validation.xml.gz | 86.8 KB | Display | |
Data in CIF | 8tti_validation.cif.gz | 123.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/8tti | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8fovC 8foxC 8ttjC 8ttkC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 60202.082 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) uncultured bacterium (environmental samples) Gene: borH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: M9QSI0 #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 300 mM (NH4)2SO4 19% (w/v) PEG 8000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-D / Wavelength: 1.033 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.98→54.72 Å / Num. obs: 163198 / % possible obs: 94.6 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 30.87 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.135 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 3.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 1.9 %
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.98→54.72 Å / SU ML: 0.3649 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 31.8227 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→54.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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