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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ttk | ||||||
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Title | Tryptophan-6-halogenase BorH apo structure | ||||||
![]() | Tryptophan 6-halogenase | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / halogenase oxidoreductase | ||||||
Function / homology | Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / Tryptophan 6-halogenase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lingkon, K. / Bellizzi, J.J. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystallographic and thermodynamic evidence of negative cooperativity of flavin and tryptophan binding in the flavin-dependent halogenases AbeH and BorH. Authors: Ashaduzzaman, M. / Lingkon, K. / De Silva, A.J. / Bellizzi, J.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 851.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 710.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 479.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 517.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 83.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 115.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8fovC ![]() 8foxC ![]() 8ttiC ![]() 8ttjC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 60202.082 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: borH / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 300 mM (NH4)2SO4 19% (w/v) PEG 8000. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→37.92 Å / Num. obs: 164806 / % possible obs: 95.03 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / CC1/2: 0.957 / CC star: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.09669 / Rpim(I) all: 0.09669 / Rrim(I) all: 0.1367 / Net I/σ(I): 5.59 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.051 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 16702 / CC1/2: 0.377 / CC star: 0.74 / Rpim(I) all: 0.753 / Rrim(I) all: 1.065 / % possible all: 96.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 113.06 Å2 / Biso mean: 39.6448 Å2 / Biso min: 11.03 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→37.92 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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