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- PDB-8ttj: Tryptophan-6-halogenase BorH complexed with 6-chlorotryptophan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ttj
タイトルTryptophan-6-halogenase BorH complexed with 6-chlorotryptophan
要素Tryptophan 6-halogenase
キーワードFLAVOPROTEIN / halogenase oxidoreductase
機能・相同性: / Flavin-dependent tryptophan halogenase / Flavin-dependent halogenase / Tryptophan halogenase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / nucleotide binding / 6-CHLORO-L-TRYPTOPHAN / Tryptophan 6-halogenase
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Lingkon, K. / Bellizzi, J.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM144877 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Crystallographic and thermodynamic evidence of negative cooperativity of flavin and tryptophan binding in the flavin-dependent halogenases AbeH and BorH.
著者: Ashaduzzaman, M. / Lingkon, K. / De Silva, A.J. / Bellizzi, J.J.
履歴
登録2023年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 6-halogenase
B: Tryptophan 6-halogenase
C: Tryptophan 6-halogenase
D: Tryptophan 6-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,45336
ポリマ－240,8084
非ポリマー3,64432
水25,6891426
1
A: Tryptophan 6-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,20910
ポリマ－60,2021
非ポリマー1,0079
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tryptophan 6-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1139
ポリマ－60,2021
非ポリマー9118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tryptophan 6-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0178
ポリマ－60,2021
非ポリマー8157
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tryptophan 6-halogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1139
ポリマ－60,2021
非ポリマー9118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.520, 157.971, 112.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Tryptophan 6-halogenase


分子量: 60202.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: borH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M9QSI0
#2: 化合物
ChemComp-6CW / 6-CHLORO-L-TRYPTOPHAN / 6-クロロ-L-トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 238.670 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H11ClN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.5 300 mM (NH4)2SO4 19% (w/v) PEG 8000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→35.47 Å / Num. obs: 169702 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 27.43 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09909 / Rpim(I) all: 0.09909 / Rrim(I) all: 0.1401 / Net I/σ(I): 4.91
反射 シェル解像度: 1.98→2.051 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.7698 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 16993 / CC1/2: 0.247 / CC star: 0.629 / Rpim(I) all: 0.7698 / % possible all: 28.67

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→35.47 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2365 1997 1.18 %random
Rwork0.1993 ---
obs0.1997 169702 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→35.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16755 0 204 1426 18385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53223689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4372322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.41061410.336211947X-RAY DIFFRACTION99
2.03-2.080.33951350.31112021X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.140.30031550.284811968X-RAY DIFFRACTION99
2.14-2.210.34291270.264812057X-RAY DIFFRACTION99
2.21-2.290.28941390.239112056X-RAY DIFFRACTION99
2.29-2.380.25751590.224412046X-RAY DIFFRACTION99
2.38-2.490.25461410.217812032X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.620.27871440.213111658X-RAY DIFFRACTION96
2.62-2.790.24791330.199811827X-RAY DIFFRACTION97
2.79-30.21441460.195412151X-RAY DIFFRACTION99
3-3.310.22591450.187612129X-RAY DIFFRACTION99
3.31-3.780.19951500.170312027X-RAY DIFFRACTION98
3.78-4.770.18931360.150511968X-RAY DIFFRACTION98
4.77-35.470.2041460.17711999X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4505-0.47371.66181.9603-0.07473.3688-0.01170.3115-0.0171-0.1120.1776-0.38660.01860.5018-0.1620.1826-0.01470.05320.2307-0.07790.2381-9.4229124.3225125.8915
21.2699-1.3988-0.14832.32930.05421.0154-0.060.26740.1228-0.2207-0.00030.2203-0.07740.03190.04460.1851-0.0376-0.03250.20010.01960.1313-40.6958130.1222115.5843
32.2493-0.29120.97241.3121-0.38123.23040.03890.1254-0.21550.01580.1544-0.2450.46240.6508-0.17160.23860.0644-0.01590.2783-0.11320.2784-8.4459116.7455132.9506
42.63970.55470.76512.58380.34720.2354-0.06560.2022-0.2041-0.19950.1189-0.2280.1973-0.0068-0.04010.1852-0.02450.04540.1456-0.05370.1679-33.0801110.5546121.2493
52.46721.06191.14850.99310.34890.9178-0.0493-0.012-0.09440.10470.1018-0.04790.10470.0942-0.05740.18790.03280.02960.1601-0.02820.1308-26.8576120.0201134.6646
62.1497-0.7004-0.40381.57610.64821.3334-0.08780.23570.3725-0.18680.0347-0.0194-0.17180.0660.04620.1914-0.0601-0.03150.15950.05140.1984-37.5433137.0506121.8891
73.23760.0393-1.92351.55040.13582.6135-0.06440.25820.16-0.14820.13090.8622-0.0539-0.4861-0.06970.2244-0.0135-0.06010.32140.10870.5662-7.92480.9773124.1692
80.6588-1.27440.29124.8130.07341.1865-0.03810.15860.0265-0.4168-0.0171-0.13020.12090.14030.06620.1916-0.03350.00850.1941-0.00060.116925.385275.4757116.142
92.37830.0986-1.2770.7372-0.35412.14320.2080.06920.51350.08810.14250.5903-0.3709-0.509-0.33920.29010.02070.08370.31440.08330.6924-7.889987.0252129.2925
102.37660.49480.09133.92780.01610.1275-0.08160.05930.381-0.26350.0770.3647-0.59390.18670.00380.1343-0.03430.03110.17470.02810.396912.533292.4468121.546
111.65791.3084-0.77891.9121-0.73151.31160.0608-0.00550.35570.14580.08930.4768-0.1578-0.1078-0.1590.17450.00840.01350.147-0.01970.303810.859388.2435130.1035
121.6443-0.41770.6751.8351-0.5741.607-0.02850.1255-0.1249-0.22160.0390.27310.2092-0.111-0.01220.1841-0.04860.00090.1503-0.01110.211419.247868.5149120.3355
136.3328-1.0917-0.08111.6868-0.22062.06490.0834-0.1655-0.6285-0.0469-0.03920.20520.3739-0.0087-0.05110.258-0.02480.00080.1299-0.00630.2425-5.6483119.590982.6056
141.54240.81611.0651.8141.17453.43090.08520.3627-0.0742-0.11880.2214-0.56810.4270.7162-0.29970.31510.17530.03560.3483-0.0340.329924.3704124.377369.8099
153.1375-0.6666-0.11210.7949-0.03070.53890.14160.202-0.5349-0.0332-0.09360.1620.1963-0.037-0.05130.28950.0257-0.01010.2198-0.08220.2313-0.3141123.0775.6739
161.36310.7815-0.39040.9574-0.40653.5920.20610.4476-0.3603-0.5644-0.1445-0.21210.61080.0421-0.04960.42910.1615-0.01740.4222-0.15840.339111.2483115.823461.0102
172.7496-0.9502-1.20481.10130.46412.04260.21430.4444-0.2171-0.2726-0.22330.03330.08550.05780.00430.22610.0642-0.01660.2531-0.04160.17511.7476130.331467.7634
182.37410.3724-0.09172.46230.28421.10310.0804-0.0797-0.00240.2560.0426-0.22640.15760.146-0.10960.23140.0762-0.00130.2391-0.04190.208222.056131.510980.0815
193.7041-0.97070.23411.53620.21721.3099-0.17280.07920.5555-0.06210.09540.01-0.30730.09610.07810.2909-0.0502-0.08930.19270.05190.6157-8.419682.873779.7567
200.8860.4267-1.0691.8699-0.21461.8976-0.19950.16490.7214-0.16030.18070.0476-0.2889-0.32080.03080.31130.0305-0.11730.28340.14060.7704-35.792184.328771.9084
211.71861.7108-0.55745.24620.46071.0415-0.1593-0.06390.8455-0.01630.06150.5252-0.2751-0.19990.09280.2460.0461-0.06240.28510.06120.5983-45.533780.273777.0148
222.8067-0.0926-0.05391.8559-0.03781.0774-0.0670.2270.943-0.11460.0379-0.3368-0.33150.20840.0180.3124-0.0835-0.08950.31660.14060.6029-4.374282.575172.0434
231.3557-0.02930.4642.0532-0.92432.1343-0.03520.50380.8121-0.44210.0032-0.0479-0.55760.04680.03840.4603-0.0783-0.18280.46820.31480.7566-28.620188.85158.5761
241.5927-0.6470.48020.7265-0.15171.014-0.13310.48250.6711-0.23040.0139-0.0302-0.17510.00780.12140.2784-0.0811-0.0810.32830.18580.4333-18.908573.993765.8846
251.73260.87610.12382.168-0.45780.9983-0.0566-0.02020.62720.14630.04370.4422-0.1824-0.17450.00630.21180.0371-0.0560.27810.06680.4751-39.486973.390278.0117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 77 through 161 )
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24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 317 through 427 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 428 through 527 )

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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