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- PDB-8tt8: Joint Xray/Neutron structure of Macrophage Migration Inhibitory F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tt8
タイトルJoint Xray/Neutron structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) Bound to 4-hydroxyphenylpyruvate at room temperature
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードCYTOKINE / MACROPHAGE MIGRATION INHIBITORY FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase / L-dopachrome isomerase / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of arachidonate secretion / cytokine receptor binding / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / negative regulation of mature B cell apoptotic process / carboxylic acid metabolic process / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / protein homotrimerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / negative regulation of cellular senescence / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of B cell proliferation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular senescence / protease binding / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EN1 / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Schroder, G.C. / Meilleur, F. / Crichlow, G.V. / Lolis, E.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Joint Xray/Neutron structure of Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) Bound to 4-hydroxyphenylpyruvate at room temperature
著者: Schroder, G.C. / Crichlow, G.V. / Zambrzycka, E. / Pantouris, G. / Nix, J. / Chayen, N. / Meilleur, F. / Lolis, E.J.
履歴
登録2023年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage migration inhibitory factor
B: Macrophage migration inhibitory factor
C: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6667
ポリマ-37,0653
非ポリマー6014
3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.613, 69.231, 89.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 詳細 (発現宿主): pet11b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P14174, phenylpyruvate tautomerase, L-dopachrome isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ENO / 3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID / HPP


分子量: 180.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C9H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O
#4: 化合物 ChemComp-EN1 / (2E)-2-hydroxy-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-enoic acid


分子量: 180.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C9H8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein: 1 mM MIF, 10 mM deuterated HPP, 20 mM NaCl in 20 mM Tris (pH 7.4) mixed 1:1 with reservoir containing 2M (NH4)2SO4, 1% isopropanol in 100 mM Tris (pH 7.4).

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54148
NUCLEAR REACTORORNL High Flux Isotope Reactor CG4D22.8-4.5
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS EIGER R 4M1PIXEL2017年7月10日
MAATEL IMAGINE2IMAGE PLATE2017年6月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541481
22.81
34.51
反射

Entry-ID: 8TT8

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate2)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.75-54.69436011004.722.020.9880.0860.0440.101110.4
2.5-17.6211735805.915.030.9480.2510.0920.26925.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.75-1.784.60.5862.623660.770.310.6491100
2.5-2.593.40.3492.29640.6790.1810.398267

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158 / 分類: 精密化
精密化

Biso mean: 22.55 Å2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: フーリエ合成 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)SU MLDiffraction-IDσ(F)位相誤差
1.75-54.69X-RAY DIFFRACTION0.18050.1540.1553213641405435414.911000.179611.3617.5257
2.53-17.62NEUTRON DIFFRACTION0.27050.21890.2214579117214.9479.730.45224.82
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→54.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2601 0 43 209 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.09766382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.570310984
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0794440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00951063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.40631696
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.09766382
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.570310984
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0794440
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.00951063
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.40631696
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.26091060.23282749X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.840.24921590.20382697X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.890.20781230.19962739X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.24741340.20962743X-RAY DIFFRACTION100
1.94-20.22811710.18782697X-RAY DIFFRACTION100
2-2.070.18951620.16942715X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.160.1821610.15282697X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.260.1951150.16092774X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.380.18561300.16892759X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.520.1751210.17982751X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.720.20061780.17412728X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.990.17331420.16082790X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.430.21241450.15792792X-RAY DIFFRACTION100
3.43-4.310.13511400.11172818X-RAY DIFFRACTION99.97
4.32-54.690.15091490.12662956X-RAY DIFFRACTION99.97
2.53-2.780.36971520.33952285NEUTRON DIFFRACTION67
2.78-3.180.33941140.27882606NEUTRON DIFFRACTION75
3.18-40.26261330.20112942NEUTRON DIFFRACTION84
4-17.620.19641800.14953309NEUTRON DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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