PDB-8ts5: Structure of the apo FabS1C_C1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ts5

タイトル

Structure of the apo FabS1C_C1

要素

(S1C variant of Fab C1 ...) x 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Cell signalling / antibody / agonist / high affinity / clustering / activation / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Sicheri, F. / Sidhu, S.S.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Engineered antigen-binding fragments for enhanced crystallization of antibody:antigen complexes.
著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / ...

履歴

登録	2023年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ts5.cif.gz	349.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ts5.ent.gz	283.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ts5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t58C 8t6iC 8t7fC 8t7gC 8t7iC 8t8iC 8t9yC 8trsSC 8trtC 8trv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S1C variant of Fab C1 heavy chain

G: S1C variant of Fab C1 light chain

B: S1C variant of Fab C1 heavy chain

C: S1C variant of Fab C1 light chain

ヘテロ分子

97.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S1C variant of Fab C1 heavy chain

G: S1C variant of Fab C1 light chain

B: S1C variant of Fab C1 heavy chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: S1C variant of Fab C1 light chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.688, 73.792, 174.202
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.37, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
抗体 , 2種, 4分子 ABGC

#1: 抗体	S1C variant of Fab C1 heavy chain 分子量: 23814.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	S1C variant of Fab C1 light chain 分子量: 23432.895 Da / 分子数: 2 / Mutation: SPHAGLSSP replaced by QGTTS; Q165S, K167Y / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

#1: 抗体

S1C variant of Fab C1 heavy chain

分子量: 23814.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering.
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

S1C variant of Fab C1 light chain

分子量: 23432.895 Da / 分子数: 2 / Mutation: SPHAGLSSP replaced by QGTTS; Q165S, K167Y / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fab produced by randomization of CDR regions and selected by phage display. Fabs utilize IMGT (LeClerc et al., Dev Comp Immunol. 2003 Jan;27(1):55-77) numbering.
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTa / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 7種, 512分子

#3: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.28 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 17% PEG10000 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月8日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→86.56 Å / Num. obs: 76017 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 31.62 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.98→2.02 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.648 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3866 / CC_1/2: 0.629 / R_pim(I) all: 0.408 / R_rim(I) all: 0.768 / % possible all: 82.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 8TRS

8trs

解像度: 2.1→86.56 Å / SU ML: 0.296 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.972
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	3096	4.82 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.222	64268	97.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→86.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6376	0	164	476	7016

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6689
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.968	9058
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.747	2346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1017
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1141

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.13	0.3062	142	0.2691	2832	X-RAY DIFFRACTION	99
2.13-2.17	0.2853	150	0.2515	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.17-2.21	0.3281	133	0.2531	2806	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.25	0.259	127	0.245	2848	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.29	0.3187	174	0.2517	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
2.29-2.34	0.2902	134	0.2498	2873	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.39	0.3242	126	0.2547	2791	X-RAY DIFFRACTION	99
2.39-2.44	0.302	164	0.2564	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.5	0.3355	137	0.2561	2822	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5-2.57	0.3312	148	0.256	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
2.57-2.65	0.3343	143	0.2463	2827	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.73	0.2856	147	0.2331	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
2.73-2.83	0.2798	141	0.2218	2799	X-RAY DIFFRACTION	98
2.83-2.94	0.2891	129	0.2231	2778	X-RAY DIFFRACTION	97
2.94-3.08	0.2553	158	0.2224	2754	X-RAY DIFFRACTION	97
3.08-3.24	0.2626	128	0.2275	2758	X-RAY DIFFRACTION	96
3.24-3.44	0.2486	141	0.2082	2736	X-RAY DIFFRACTION	95
3.44-3.71	0.2772	115	0.2077	2700	X-RAY DIFFRACTION	94
3.71-4.08	0.2451	135	0.2088	2736	X-RAY DIFFRACTION	95
4.08-4.67	0.1931	135	0.1883	2715	X-RAY DIFFRACTION	96
4.67-5.88	0.2417	147	0.1978	2780	X-RAY DIFFRACTION	96
5.88-86.56	0.2378	142	0.211	2838	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6716	-0.0597	-1.2111	2.7811	0.8461	4.8596	0.0198	-0.2094	-0.1151	0.4823	-0.0447	0.0241	0.0422	-0.1952	0.0198	0.2351	-0.0211	-0.0217	0.2432	0.0336	0.206	-13.9713	5.3802	-60.1317
2	4.1709	2.0464	-0.7486	2.7308	-0.2035	1.4633	-0.0457	-0.0243	-0.0839	-0.0823	-0.0058	-0.2789	0.0287	0.1206	0.0538	0.1654	0.0082	-0.023	0.1334	0.0126	0.1856	10.1936	14.5804	-82.1519
3	4.8761	0.0937	0.6603	1.5575	0.2966	3.4786	0.3148	0.1631	0.3577	-0.1989	-0.0024	0.1862	-0.6849	-0.1025	-0.2657	0.5025	0.0285	0.0599	0.2446	-0.0123	0.2397	-10.3089	32.0496	-60.1563
4	1.9067	1.4353	-0.7903	2.6648	-1.0927	2.5985	0.2415	-0.2799	0.2606	0.4111	-0.0886	0.1324	-0.456	0.2387	-0.148	0.4774	-0.0403	0.0883	0.3076	-0.0646	0.2411	-9.3969	26.3382	-52.9809
5	2.8052	-0.6261	0.824	7.6549	-0.1869	6.9561	0.088	-0.4536	-0.1103	0.1213	-0.0341	0.7392	0.6555	-0.5293	-0.1378	0.265	-0.0306	0.0299	0.3201	-0.0599	0.2579	-20.0372	19.5541	-57.2072
6	6.5518	5.4435	-6.0762	5.3834	-5.9101	6.5375	0.3119	-0.0895	0.2898	0.6773	0.0029	0.2551	-0.582	0.0777	-0.2595	0.4633	-0.0683	-0.0229	0.2745	-0.0578	0.2594	4.1045	35.9457	-69.1556
7	1.907	-1.0162	-0.0833	0.9811	-1.1117	2.8498	0.0334	0.1353	-0.2718	-0.0269	-0.0475	-0.2193	0.1439	0.0596	0.1118	0.2551	0.0119	0.0251	0.1817	0.0433	0.2431	9.7228	19.575	-93.7411
8	1.2971	-0.371	0.6707	3.9782	4.8301	8.893	-0.1084	-0.0387	0.0749	0.6614	0.0608	0.049	0.4384	-0.0728	0.051	0.2117	-0.0298	0.0248	0.1497	0.04	0.1803	2.6499	29.7464	-84.7821
9	0.5025	-1.1762	1.7411	2.5959	-3.9405	6.2403	0.0355	-0.0207	0.0038	0.024	0.1903	0.2261	-0.4087	0.0426	-0.3885	0.2219	0.0266	0.0013	0.1874	0.005	0.2949	-3.0125	26.9713	-91.584
10	3.7071	1.1269	1.8005	4.8007	1.4572	9.7744	0.4753	-0.6488	-0.0996	0.9824	-0.5531	-0.0137	0.07	-0.2711	-0.0285	0.4571	-0.0429	-0.01	0.2948	-0.0105	0.2833	6.9863	29.0113	-70.3025
11	2.6467	0.9984	1.1865	3.8924	1.0528	7.9287	0.0869	0.2664	-0.2303	-0.3416	-0.0494	-0.0362	0.8515	-0.5936	-0.1137	0.2942	0.0063	-0.0082	0.1422	-0.0127	0.1925	1.7911	21.0797	-96.96
12	1.9598	-0.0357	0.5242	6.9976	4.2964	4.7966	0.0159	-0.0389	-0.145	-0.3745	0.0992	0.0963	-0.5397	0.0033	-0.0894	0.1423	0.0015	-0.0093	0.1667	0.0505	0.1826	5.6055	33.3986	-93.746
13	1.2976	-0.0814	-1.2725	1.8351	-0.1298	6.7209	-0.0244	0.1785	0.0738	-0.2358	0.1376	-0.1306	-0.0629	-0.1917	-0.0327	0.2536	-0.0485	0.0259	0.305	-0.0145	0.2308	-18.3806	10.3809	-27.2306
14	3.0506	-0.0074	-0.1162	1.894	-0.1603	2.6782	0.0137	-0.079	-0.158	-0.2282	-0.0665	-0.4368	0.2473	0.1558	0.0102	0.3505	-0.0019	0.0608	0.1908	0.0142	0.2635	-1.1962	-1.071	-5.1457
15	0.6638	-0.0424	0.8533	1.6591	-1.001	2.675	-0.0819	0.2336	-0.2972	-0.4356	0.1937	0.2406	1.0427	-0.3482	-0.0917	0.7531	-0.1697	0.0152	0.398	-0.0486	0.3279	-19.012	-12.3088	-30.9318
16	2.1449	-0.7199	-0.7506	5.1842	0.0021	4.8263	-0.0945	-0.0816	-0.0676	-0.1873	-0.0159	-0.0878	0.0598	-0.0256	0.1081	0.1975	-0.003	0.0312	0.1762	0.0131	0.2295	-5.7867	-14.912	3.1958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 131 through 238 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'G' and (resid 1 through 18 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'G' and (resid 19 through 106 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'G' and (resid 107 through 120 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'G' and (resid 121 through 131 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'G' and (resid 132 through 146 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 147 through 168 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'G' and (resid 169 through 181 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'G' and (resid 182 through 192 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'G' and (resid 193 through 206 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'G' and (resid 207 through 232 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1 through 130 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 131 through 238 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 131 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 132 through 232 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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