PDB-8ts4: Crystal structure of T. Brucei hypoxanthine guanine phosphoribosy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ts4

タイトル

Crystal structure of T. Brucei hypoxanthine guanine phosphoribosyltransferase in complex with [2S,4S]-4-Guanin-9-yl-2-(2-phosphonoethoxymethyl)-1-N-(3-phosphonopropionyl)pyrrolidine

要素

Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / complex / purine base / product analog

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / GMP salvage / IMP salvage / glycosome / ciliary plasm / nuclear lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Guddat, L.W. / Guddat, L.W.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Prolinol Containing Inhibitors of Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase: Rational Structure-Based Drug Design.
著者: Keough, D.T. / Petrova, M. / King, G. / Kratochvil, M. / Pohl, R. / Dolezelova, E. / Zikova, A. / Guddat, L.W. / Rejman, D.

履歴

登録	2023年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8ts4.ent.gz	129.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tpvC 8tpyC 8tr1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

47.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, DIMER

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.031, 93.031, 105.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2
Space group name Hall	P4n2n
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-529- HOH
2	1	B-466- HOH

#1: タンパク質	Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGPRTase 分子量: 23392.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: HGPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q07010, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-KFF / (3-{(2S,4S)-4-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-2-[(2-phosphonoethoxy)methyl]pyrrolidin-1-yl}-3-oxopropyl)phosphonic acid 分子量: 494.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₆O₉P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2 , 0.1 M Bis-Tris, pH 5.0, 20% 3350 / PH範囲: 5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95373 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19651→45.9529 Å / Num. obs: 24294 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 27.83 Å² / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 1680 / CC_1/2: 0.99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→45.95 Å / SU ML: 0.2056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.8364
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2217	2000	8.23 %
R_work	0.1708	22294	-
obs	0.175	24294	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2774	0	66	268	3108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	2905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0251	3954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0572	461
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0116	491
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.0319	1081

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.25	0.2515	138	0.1813	1542	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.25-2.31	0.262	142	0.1733	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.38	0.2398	139	0.1757	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.46	0.2493	140	0.1784	1556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.2379	141	0.1684	1565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.65	0.1999	141	0.1721	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.77	0.248	141	0.1764	1565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.91	0.2463	141	0.1651	1576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.1	0.2346	142	0.1853	1585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.33	0.2467	143	0.186	1590	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.33-3.67	0.2155	143	0.1683	1599	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-4.2	0.2102	145	0.155	1614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-5.29	0.1675	148	0.1471	1637	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.29-45.95	0.2305	156	0.1891	1749	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.72636906456	0.595351740113	-0.304828184575	5.36202542709	4.79903784008	4.37520895921	0.118221453179	1.00178954419	1.06250830412	-0.872870083764	-0.0290180993991	0.459261696102	-1.51909468474	-0.645686672114	0.0353101474664	0.340356910415	0.12468991428	0.0388858134876	0.529211851439	0.216824645257	0.593026406792	9.2865147133	4.87940921014	19.0407355994
2	2.54023369838	0.0752966898681	-0.492194486145	2.63457513951	-0.444037028785	4.29383093482	0.221490705672	-0.236177532169	0.291045960352	0.334131867308	-0.0946627733074	0.215620246339	-0.0920580316066	-0.120943285956	-0.129677316424	0.14896626123	-0.0587312781137	0.0467077863941	0.188179837348	-0.0204001304735	0.204228291772	20.4758730358	-7.36014618251	40.4941390903
3	3.09678915754	3.09787944341	0.261780714444	5.012905041	-2.50242652142	7.9386746514	0.289479221335	-0.0381375957174	-0.409840255735	0.116547687769	-0.12086106126	-0.123480486216	0.514378553765	0.405069274224	-0.224687149689	0.178996261695	0.0274356464753	0.0154002264835	0.169456826928	-0.0313257231075	0.225755089941	15.8593498644	-17.4907918113	38.8833970381
4	3.7907678349	-2.90768999392	5.30774826036	5.71655494994	-3.30204815881	7.82614376443	0.580580761502	-0.00613305501552	-0.850033864855	0.0513943034042	-0.0555102199681	0.524782950696	0.89345870196	-0.526412208148	-0.388694198167	0.218139653645	-0.0786322816492	0.0117214670282	0.269710643141	-0.0360091011997	0.302854449417	11.2498293047	-24.0504307576	37.9626028985
5	5.57710306171	0.465698494334	0.899602100278	2.00352645378	0.0782306147296	2.55784747017	0.0932006264663	-0.036208760052	0.119265290062	0.21234853097	-0.109864637371	0.36172461313	0.143498591916	-0.0641409145604	0.00361157564675	0.196649672383	-0.0594277483429	0.0657354996129	0.233460924113	0.000865226156891	0.217352011614	7.54312448243	-14.1537742904	38.4605732502
6	0.252877116586	-0.225046270731	-0.435664761924	2.21490794823	0.112665037962	1.03480289863	0.191685565379	0.821984911656	0.668916531541	-0.349935109858	0.402839091363	1.07303199176	0.307244920377	-1.18305270811	0.00764775845383	0.228365192002	-0.0750527262378	-0.130475362171	0.711412306224	0.280861467637	0.504453015698	9.75122114542	-5.18596804101	19.2469864673
7	2.43030660081	0.693784116304	0.231253615649	2.17447692808	-0.355291294978	2.60021766919	0.0539761252678	0.297640720371	0.361140090354	-0.155827102206	0.0559983311873	0.0533586696279	-0.161114345908	0.028690591722	-0.0384632241225	0.14042067587	0.0132757944074	0.0387016142148	0.231369043851	0.0651277206303	0.239246953605	30.7728652334	-2.27279118487	22.8627777154
8	6.10774592702	-0.478426010787	-0.651703086334	0.872514697371	2.57754896474	7.62035365625	-0.00874838881156	0.332865475073	-0.594581484838	-0.469574209068	0.327450282324	0.892557192451	1.21722054298	-0.780630013778	-0.272095806307	0.329879821817	-0.0717331506519	-0.127023931818	0.395555908466	0.0205418674289	0.332841855548	25.0416666062	-13.4663482108	15.1235342814
9	2.35016415407	-0.143822645897	-0.147451057132	2.02193118275	0.128991598478	2.63651735056	0.130010071939	0.124234738759	-0.0937396127926	-0.0723977726897	-0.0445279141129	-0.174972025549	0.150292288292	0.185976363832	-0.0978592560306	0.118776978673	0.0101578186092	0.00426601051328	0.211148513089	0.0169841021586	0.175480118598	38.6683421957	-11.211233412	25.1476588739
10	3.84186031695	0.0467395489015	1.37197877867	4.60322021985	2.00659691124	3.74714256372	0.19931851565	-0.155851188485	-1.01687534362	1.13654995088	0.417404016222	-0.747918283654	0.738927137656	-0.240969399831	-0.545173187254	0.524855452298	-0.0117533570504	-0.163607073147	0.493748689869	0.0906430785224	0.482113530003	41.3470682322	-18.669892014	49.4351400844

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 16 )	A	A	3 - 16	1 - 14
2	2	chain 'A' and (resid 17 through 79 )	A	A	17 - 79	15 - 77
3	3	chain 'A' and (resid 102 through 119 )	A	A	102 - 119	78 - 95
4	4	chain 'A' and (resid 120 through 132 )	A	A	120 - 132	96 - 108
5	5	chain 'A' and (resid 133 through 158 )	A	A	133 - 158	109 - 134
6	6	chain 'A' and (resid 159 through 195 )	A	A	159 - 195	135 - 171
7	7	chain 'B' and (resid 5 through 69 )	B	B	5 - 69	1 - 65
8	8	chain 'B' and (resid 70 through 107 )	B	B	70 - 107	66 - 84
9	9	chain 'B' and (resid 108 through 188 )	B	B	108 - 188	85 - 165
10	10	chain 'B' and (resid 189 through 203 )	B	B	189 - 203	166 - 180

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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