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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tr3 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HmAb64 scFv in complex with CNE40 SOSIP trimer | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HIV / Env / glycoprotein / mAb / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å | ||||||
データ登録者 | Chan, K.-W. / Kong, X.P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Human CD4-binding site antibody elicited by polyvalent DNA prime-protein boost vaccine neutralizes cross-clade tier-2-HIV strains. 著者: Shixia Wang / Kun-Wei Chan / Danlan Wei / Xiuwen Ma / Shuying Liu / Guangnan Hu / Saeyoung Park / Ruimin Pan / Ying Gu / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Kai Xu / Bob C Lin / Mark K Louder ...著者: Shixia Wang / Kun-Wei Chan / Danlan Wei / Xiuwen Ma / Shuying Liu / Guangnan Hu / Saeyoung Park / Ruimin Pan / Ying Gu / Alexandra F Nazzari / Adam S Olia / Kai Xu / Bob C Lin / Mark K Louder / Krisha McKee / Nicole A Doria-Rose / David Montefiori / Michael S Seaman / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / James Arthos / Xiang-Peng Kong / Shan Lu / 要旨: The vaccine elicitation of HIV tier-2-neutralization antibodies has been a challenge. Here, we report the isolation and characterization of a CD4-binding site (CD4bs) specific monoclonal antibody, ...The vaccine elicitation of HIV tier-2-neutralization antibodies has been a challenge. Here, we report the isolation and characterization of a CD4-binding site (CD4bs) specific monoclonal antibody, HmAb64, from a human volunteer immunized with a polyvalent DNA prime-protein boost HIV vaccine. HmAb64 is derived from heavy chain variable germline gene IGHV1-18 and light chain germline gene IGKV1-39. It has a third heavy chain complementarity-determining region (CDR H3) of 15 amino acids. On a cross-clade panel of 208 HIV-1 pseudo-virus strains, HmAb64 neutralized 20 (10%), including tier-2 strains from clades B, BC, C, and G. The cryo-EM structure of the antigen-binding fragment of HmAb64 in complex with a CNE40 SOSIP trimer revealed details of its recognition; HmAb64 uses both heavy and light CDR3s to recognize the CD4-binding loop, a critical component of the CD4bs. This study demonstrates that a gp120-based vaccine can elicit antibodies capable of tier 2-HIV neutralization. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tr3.cif.gz | 381.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tr3.ent.gz | 304.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tr3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/8tr3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 41569MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 55018.422 Da / 分子数: 3 / 変異: CNE40 SOSIP mutations / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D7S2E5 #2: タンパク質 | 分子量: 17205.479 Da / 分子数: 3 / 変異: CNE40 SOSIP mutations / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: D7S2E5 |
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-抗体 , 2種, 6分子 HIJLMN
#3: 抗体 | 分子量: 13745.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 11852.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 2種, 33分子
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 56.76 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 316221 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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