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- PDB-8tqc: Structure of the human CDK8 kinase module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tqc
タイトルStructure of the human CDK8 kinase module
要素
  • Cyclin-C
  • Cyclin-dependent kinase 8
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
  • Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
キーワードTRANSCRIPTION / Mediator / CDK8 / MED12 / MED13 / CKM.
機能・相同性
機能・相同性情報


axis elongation involved in somitogenesis / CKM complex / embryonic neurocranium morphogenesis / G0 to G1 transition / oligodendrocyte development / post-anal tail morphogenesis / endoderm development / embryonic brain development / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity ...axis elongation involved in somitogenesis / CKM complex / embryonic neurocranium morphogenesis / G0 to G1 transition / oligodendrocyte development / post-anal tail morphogenesis / endoderm development / embryonic brain development / mediator complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / Generic Transcription Pathway / triglyceride homeostasis / nuclear vitamin D receptor binding / [RNA-polymerase]-subunit kinase / nuclear thyroid hormone receptor binding / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / spinal cord development / RSV-host interactions / somatic stem cell population maintenance / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / ubiquitin ligase complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cholesterol homeostasis / transcription coregulator activity / neural tube closure / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PPARA activates gene expression / beta-catenin binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / ubiquitin protein ligase activity / heart development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / transcription coactivator activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Mediator complex, subunit Med12, catenin-binding / Mediator complex, subunit Med12, LCEWAV-domain / : / Eukaryotic Mediator 12 catenin-binding domain / Eukaryotic Mediator 12 subunit domain / Mediator complex, subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 ...Mediator complex, subunit Med12, catenin-binding / Mediator complex, subunit Med12, LCEWAV-domain / : / Eukaryotic Mediator 12 catenin-binding domain / Eukaryotic Mediator 12 subunit domain / Mediator complex, subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 / MID domain of medPIWI / Transcription mediator complex subunit Med12 / Mediator complex subunit Med13, C-terminal / : / Mediator complex subunit 13 C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-C / Cyclin-dependent kinase 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Chen, S.F. / Chao, T.C. / Kim, H.J. / Tang, H.C. / Khadka, S. / Li, T. / Murakami, K. / Boyer, T.G. / Tsai, K.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structural basis of the human transcriptional Mediator regulated by its dissociable kinase module.
著者: Ti-Chun Chao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Hui-Chi Tang / Hsiang-Ching Tseng / An Xu / Leon Palao / Subash Khadka / Tao Li / Mo-Fan Huang / Dung-Fang Lee / Kenji Murakami / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai /
要旨: The eukaryotic transcriptional Mediator comprises a large core (cMED) and a dissociable CDK8 kinase module (CKM). cMED recruits RNA polymerase II (RNA Pol II) and promotes pre-initiation complex ...The eukaryotic transcriptional Mediator comprises a large core (cMED) and a dissociable CDK8 kinase module (CKM). cMED recruits RNA polymerase II (RNA Pol II) and promotes pre-initiation complex formation in a manner repressed by the CKM through mechanisms presently unknown. Herein, we report cryoelectron microscopy structures of the complete human Mediator and its CKM. The CKM binds to multiple regions on cMED through both MED12 and MED13, including a large intrinsically disordered region (IDR) in the latter. MED12 and MED13 together anchor the CKM to the cMED hook, positioning CDK8 downstream and proximal to the transcription start site. Notably, the MED13 IDR obstructs the recruitment of RNA Pol II/MED26 onto cMED by direct occlusion of their respective binding sites, leading to functional repression of cMED-dependent transcription. Combined with biochemical and functional analyses, these structures provide a conserved mechanistic framework to explain the basis for CKM-mediated repression of cMED function.
履歴
登録2023年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12
D: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13
A: Cyclin-dependent kinase 8
B: Cyclin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)569,6706
ポリマ－569,5394
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 12


分子量: 243354.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED12
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q93074
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 13 / Activator-recruited cofactor 250 kDa component / ARC250 / Mediator complex subunit 13 / Thyroid ...Activator-recruited cofactor 250 kDa component / ARC250 / Mediator complex subunit 13 / Thyroid hormone receptor-associated protein 1 / Thyroid hormone receptor-associated protein complex 240 kDa component / Trap240 / Vitamin D3 receptor-interacting protein complex component DRIP250 / DRIP250


分子量: 239535.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MED13, ARC250, KIAA0593, THRAP1, TRAP240
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: Q9UHV7
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 8


分子量: 53368.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK8
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P49336
#4: タンパク質 Cyclin-C


分子量: 33279.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNC
発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
参照: UniProt: P24863
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human CDK8 kinase module / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122015 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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