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万見
- PDB-8tpv: Structure of human hypoxanthine guanine phosphoribzosyltransferas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tpv
タイトルStructure of human hypoxanthine guanine phosphoribzosyltransferase in complex with [2S,4R]-4-Guanin-9-yl-2-(2-phosphonoethoxymethyl)-1-N-(3-phosphonopropionyl)pyrrolidine
要素Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / inhibitor / prolinol / complex / parasitic drug lead
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process ...Defective HPRT1 disrupts guanine and hypoxanthine salvage / positive regulation of dopamine metabolic process / GMP catabolic process / adenine metabolic process / cerebral cortex neuron differentiation / hypoxanthine salvage / hypoxanthine phosphoribosyltransferase / guanine phosphoribosyltransferase activity / guanine salvage / hypoxanthine metabolic process / IMP metabolic process / hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity / lymphocyte proliferation / Purine salvage / GMP salvage / IMP salvage / grooming behavior / striatum development / AMP salvage / dopaminergic neuron differentiation / purine nucleotide biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / Azathioprine ADME / dendrite morphogenesis / central nervous system neuron development / dopamine metabolic process / response to amphetamine / locomotory behavior / T cell mediated cytotoxicity / protein homotetramerization / nucleotide binding / magnesium ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxanthine phosphoribosyl transferase / : / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Guddat, L.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1147368 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Development of Prolinol Containing Inhibitors of Hypoxanthine-Guanine-Xanthine Phosphoribosyltransferase: Rational Structure-Based Drug Design.
著者: Keough, D.T. / Petrova, M. / King, G. / Kratochvil, M. / Pohl, R. / Dolezelova, E. / Zikova, A. / Guddat, L.W. / Rejman, D.
履歴
登録2023年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
B: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
C: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
D: Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,23716
ポリマ－98,0654
非ポリマー2,17212
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area30120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.636, 129.595, 64.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase / HGPRT / HGPRTase


分子量: 24516.217 Da / 分子数: 4 / 変異: C22A C105A C205A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPRT1, HPRT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00492, hypoxanthine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-JEI / (3-{(2S,4R)-4-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-2-[(2-phosphonoethoxy)methyl]pyrrolidin-1-yl}-3-oxopropyl)phosphonic acid


分子量: 494.333 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N6O9P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.3 M calcium acetate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→43.98 Å / Num. obs: 42442 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.36 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.0448 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.22→2.405 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 9236 / CC1/2: 0.5 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→43.98 Å / SU ML: 0.2892 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.5068
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1859 4.62 %
Rwork0.1721 38356 -
obs0.175 40215 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→43.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6492 0 136 162 6790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00896887
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03289372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05821061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00891184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.7384976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.330.34581340.29892742X-RAY DIFFRACTION91.94
2.33-2.40.31491430.25572977X-RAY DIFFRACTION98.67
2.4-2.480.29541430.22762934X-RAY DIFFRACTION99.16
2.48-2.570.311430.20372957X-RAY DIFFRACTION99.04
2.57-2.670.271460.18952989X-RAY DIFFRACTION99.4
2.67-2.790.25631420.18862950X-RAY DIFFRACTION99.36
2.79-2.940.29381460.18613004X-RAY DIFFRACTION99.43
2.94-3.120.27251420.1872941X-RAY DIFFRACTION99.45
3.12-3.360.23751460.18043008X-RAY DIFFRACTION99.68
3.36-3.70.2511420.18012910X-RAY DIFFRACTION97.38
3.7-4.240.20641420.13962944X-RAY DIFFRACTION98.34
4.24-5.330.18841450.13093003X-RAY DIFFRACTION99.56
5.33-43.980.1871450.15442997X-RAY DIFFRACTION98.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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