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万見
- PDB-8toc: Acinetobacter phage AP205 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8toc
タイトルAcinetobacter phage AP205
要素
  • Coat protein
  • Maturation protein
  • RNA (4269-MER)
キーワードVIRUS/RNA / Acinetobacter / SsRNA phage virus / VIRUS / VIRUS-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


virion attachment to host cell pilus / virion component / viral capsid
類似検索 - 分子機能
: / AP205 coat protein / Assembly protein / Phage maturation protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Coat protein / Maturation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteria abnormis (昆虫)
Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Meng, R. / Xing, Z. / Chang, J. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01GM141659 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Acinetobacter type IV pili targeting by an RNA virus.
著者: Ran Meng / Zhongliang Xing / Jeng-Yih Chang / Zihao Yu / Jirapat Thongchol / Wen Xiao / Yuhang Wang / Karthik Chamakura / Zhiqi Zeng / Fengbin Wang / Ry Young / Lanying Zeng / Junjie Zhang /
要旨: Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. ...Acinetobacters pose a significant threat to human health, especially those with weakened immune systems. Type IV pili of acinetobacters play crucial roles in virulence and antibiotic resistance. Single-stranded RNA bacteriophages target the bacterial retractile pili, including type IV. Our study delves into the interaction between Acinetobacter phage AP205 and type IV pili. Using cryo-electron microscopy, we solve structures of the AP205 virion with an asymmetric dimer of maturation proteins, the native Acinetobacter type IV pili bearing a distinct post-translational pilin cleavage, and the pili-bound AP205 showing its maturation proteins adapted to pilin modifications, allowing each phage to bind to one or two pili. Leveraging these results, we develop a 20-kilodalton AP205-derived protein scaffold targeting type IV pili in situ, with potential for research and diagnostics.
履歴
登録2023年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA (4269-MER)
a: Maturation protein
b: Maturation protein
AB: Coat protein
AC: Coat protein
AE: Coat protein
AF: Coat protein
AG: Coat protein
AH: Coat protein
AI: Coat protein
AJ: Coat protein
AK: Coat protein
AL: Coat protein
AM: Coat protein
AN: Coat protein
AO: Coat protein
AP: Coat protein
AQ: Coat protein
Ac: Coat protein
AS: Coat protein
AT: Coat protein
AU: Coat protein
AV: Coat protein
AW: Coat protein
AX: Coat protein
AY: Coat protein
AZ: Coat protein
BA: Coat protein
BB: Coat protein
BC: Coat protein
BD: Coat protein
BE: Coat protein
BF: Coat protein
BG: Coat protein
BH: Coat protein
BI: Coat protein
BJ: Coat protein
BK: Coat protein
BL: Coat protein
BM: Coat protein
BN: Coat protein
BO: Coat protein
BP: Coat protein
BQ: Coat protein
Bc: Coat protein
BS: Coat protein
BT: Coat protein
BU: Coat protein
BV: Coat protein
BW: Coat protein
BX: Coat protein
BY: Coat protein
BZ: Coat protein
CA: Coat protein
CB: Coat protein
CC: Coat protein
CD: Coat protein
CE: Coat protein
CF: Coat protein
CG: Coat protein
CH: Coat protein
CI: Coat protein
CJ: Coat protein
CK: Coat protein
CL: Coat protein
CM: Coat protein
CN: Coat protein
CO: Coat protein
CP: Coat protein
CQ: Coat protein
Cc: Coat protein
CS: Coat protein
CT: Coat protein
CU: Coat protein
CV: Coat protein
CW: Coat protein
CX: Coat protein
CY: Coat protein
CZ: Coat protein
DA: Coat protein
DB: Coat protein
DC: Coat protein
DD: Coat protein
DE: Coat protein
DF: Coat protein
DG: Coat protein
DH: Coat protein
DI: Coat protein
DJ: Coat protein
DK: Coat protein
DL: Coat protein
DM: Coat protein
DN: Coat protein
DO: Coat protein
DQ: Coat protein
Dc: Coat protein
DS: Coat protein
DT: Coat protein
DU: Coat protein
DV: Coat protein
DW: Coat protein
DX: Coat protein
DY: Coat protein
DZ: Coat protein
EA: Coat protein
EB: Coat protein
EC: Coat protein
ED: Coat protein
EE: Coat protein
EF: Coat protein
EG: Coat protein
EH: Coat protein
EI: Coat protein
EJ: Coat protein
EK: Coat protein
EL: Coat protein
EM: Coat protein
EN: Coat protein
EO: Coat protein
EP: Coat protein
EQ: Coat protein
Ec: Coat protein
ES: Coat protein
ET: Coat protein
EU: Coat protein
EV: Coat protein
EW: Coat protein
EX: Coat protein
EY: Coat protein
EZ: Coat protein
FA: Coat protein
FB: Coat protein
FC: Coat protein
FD: Coat protein
FE: Coat protein
FF: Coat protein
FG: Coat protein
FH: Coat protein
FI: Coat protein
FJ: Coat protein
FK: Coat protein
FL: Coat protein
FM: Coat protein
FN: Coat protein
FO: Coat protein
FP: Coat protein
FQ: Coat protein
Fc: Coat protein
FS: Coat protein
FT: Coat protein
FU: Coat protein
FV: Coat protein
FW: Coat protein
FX: Coat protein
FY: Coat protein
FZ: Coat protein
GA: Coat protein
GB: Coat protein
GC: Coat protein
GD: Coat protein
GE: Coat protein
GF: Coat protein
GG: Coat protein
GH: Coat protein
GI: Coat protein
GJ: Coat protein
GK: Coat protein
GL: Coat protein
GM: Coat protein
GN: Coat protein
GO: Coat protein
GP: Coat protein
GQ: Coat protein
Gc: Coat protein
GS: Coat protein
GT: Coat protein
GU: Coat protein
GV: Coat protein
GW: Coat protein
GX: Coat protein
GY: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,950,698181
ポリマ－3,950,698181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 RNA (4269-MER)


分子量: 1368509.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: genomic RNA / 由来: (天然) Bacteria abnormis (昆虫)
#2: タンパク質 Maturation protein


分子量: 61063.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter phage AP205 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9AZ43
#3: タンパク質 ...
Coat protein


分子量: 13820.569 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter phage AP205 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9AZ42
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acinetobacter phage AP205 / タイプ: VIRUS
詳細: amplified and purified from infected Acinetobacter GP16 cells.
Entity ID: #1, #3, #2 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.94 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Acinetobacter phage AP205 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Acinetobacter genomosp. 16BJ
ウイルス殻名称: Coat / 直径: 290 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl, pH 8.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris (hydroxymethyl) aminomethane (THAM) hydrochlorideTris-HCl1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: AP205 virion particle
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3uL sample applied to a 300-mesh 2/1 copper grid

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002285194
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.448408137
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.15776624
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03351105
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00436773

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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