PDB-8tm2: Preclinical Characterization of Pan-NKG2D Ligand-Binding NKG2D Re...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tm2

タイトル

Preclinical Characterization of Pan-NKG2D Ligand-Binding NKG2D Receptor Decoys

要素

MHC class I polypeptide-related sequence A
NKG2-D type II integral membrane protein

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Complex MICA variant / linked NKG2D

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response to tumor cell / negative regulation of natural killer cell chemotaxis / MHC class Ib receptor activity / natural killer cell lectin-like receptor binding / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of GTPase activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / gamma-delta T cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Rupert, P.B. / Strong, R.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Heliyon / 年: 2024
タイトル: Preclinical characterization of Pan-NKG2D ligand-binding NKG2D receptor decoys.
著者: Rupert, P.B. / Buerger, M. / Girard, E.J. / Frutoso, M. / Parrilla, D. / Ng, K. / Gooley, T. / Groh, V. / Strong, R.K.

履歴

登録	2023年7月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tm2.cif.gz	186.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tm2.ent.gz	146.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tm2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tm2_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tm2_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8tm2_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	8tm2_validation.cif.gz	22.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/8tm2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/8tm2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tlzC 8tm0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (6) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NKG2-D type II integral membrane protein

C: MHC class I polypeptide-related sequence A

ヘテロ分子

54.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.571, 69.782, 145.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor 分子量: 30432.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26718
#2: タンパク質	MHC class I polypeptide-related sequence A 分子量: 22217.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q29983

#1: タンパク質

NKG2-D type II integral membrane protein / Killer cell lectin-like receptor subfamily K member 1 / NK cell receptor D / NKG2-D-activating NK receptor

分子量: 30432.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLRK1, KLRK1, D12S2489E, NKG2D / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26718

#2: タンパク質

MHC class I polypeptide-related sequence A

分子量: 22217.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICA / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q29983

-
糖 , 2種, 6分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 23分子

#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Magnesium Chloride, Tris (pH 8.5), PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→72.69 Å / Num. obs: 11703 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.85-2.9	2.7	0.502	613	0.794	0.941	0.349	0.615	0.655	87.2
2.9-2.95	2.5	0.424	575	0.804	0.944	0.312	0.529	0.872	85.8
2.95-3.01	2.7	0.414	588	0.766	0.932	0.289	0.507	0.693	84.1
3.01-3.07	2.7	0.318	585	0.859	0.961	0.22	0.389	0.842	86.8
3.07-3.14	2.5	0.298	579	0.862	0.962	0.211	0.367	0.913	85.1
3.14-3.21	2.8	0.265	609	0.913	0.977	0.179	0.321	0.986	86.5
3.21-3.29	2.8	0.231	584	0.908	0.976	0.157	0.281	1.159	85.3
3.29-3.38	2.7	0.208	584	0.918	0.978	0.143	0.254	1.266	85.3
3.38-3.48	2.7	0.169	599	0.965	0.991	0.119	0.208	1.518	84.7
3.48-3.59	2.7	0.129	575	0.97	0.992	0.091	0.159	1.78	82.9
3.59-3.72	2.5	0.114	583	0.975	0.994	0.083	0.142	1.927	83.9
3.72-3.87	2.7	0.101	575	0.982	0.995	0.071	0.124	2.157	83.1
3.87-4.04	2.6	0.089	583	0.988	0.997	0.064	0.11	2.485	82.1
4.04-4.26	2.8	0.078	569	0.989	0.997	0.054	0.095	2.38	82.8
4.26-4.52	2.7	0.067	584	0.991	0.998	0.046	0.082	2.699	83.3
4.52-4.87	2.6	0.06	583	0.991	0.998	0.043	0.074	2.349	81.4
4.87-5.36	2.6	0.06	581	0.993	0.998	0.044	0.075	2.772	80.7
5.36-6.14	2.7	0.06	564	0.993	0.998	0.042	0.073	2.596	79.1
6.14-7.73	2.7	0.054	582	0.995	0.999	0.037	0.066	2.337	78.3
7.73-50	2.4	0.045	608	0.996	0.999	0.033	0.056	3.446	76.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→72.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 30.483 / SU ML: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.437 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25284	609	5.2 %	RANDOM
R_work	0.21376	-	-	-
obs	0.21573	11066	82.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.571 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→72.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3325	0	118	22	3465

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.141	1.966	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.843	3	7214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.931	5	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.614	24.847	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.54	15	564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.119	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.664	3.773	1671
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.664	3.773	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.222	5.657	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.222	5.658	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.904	4.048	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.904	4.048	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.535	6.042	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.599	43.471	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.599	43.488	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.922 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	46	-
R_work	0.275	793	-
obs	-	-	83.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9454	-0.3865	1.5192	2.3514	-0.2619	2.7785	0.0253	-0.5905	-0.0029	0.2035	-0.0115	0.0617	0.1314	-0.1277	-0.0138	0.0535	-0.0355	-0.0121	0.1181	0.0287	0.0159	13.57	3.581	31.662
2	3.378	-0.2165	-0.6822	3.5957	0.0023	4.3402	0.1389	0.4073	0.008	-0.1775	-0.0284	0.2068	-0.007	-0.3096	-0.1105	0.0641	-0.0226	-0.066	0.2221	0.0939	0.0924	10.066	5.161	5.097
3	2.6982	-0.2192	0.234	1.38	-1.8626	5.6183	0.033	0.0725	-0.0756	-0.1544	-0.098	-0.1641	0.2092	0.5869	0.0649	0.0407	0.0043	-0.0113	0.1353	0.0319	0.092	35.911	-0.712	13.623

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	92 - 224
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	225 - 263
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 178

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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