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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tlg | |||||||||
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タイトル | CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 34-mer DNA oligo | |||||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA 著者: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AX
#1: タンパク質 | 分子量: 16452.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 10468.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: n vitro SELEX screening / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 72分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris pH8.5 and 25 % PEG3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.09→30.28 Å / Num. obs: 11460 / % possible obs: 83.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 39.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 653 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.257 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→30.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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