+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tlf | |||||||||
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Title | CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form DNA oligo 36-mer (sg C2-Form 2) | |||||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / nucleoplasm / nucleus / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64 Å | |||||||||
Authors | Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Biorxiv / Year: 2023 Title: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA. Authors: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Liu, B. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tlf.cif.gz | 199.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tlf.ent.gz | 126.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tlf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tlf_validation.pdf.gz | 461.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8tlf_full_validation.pdf.gz | 462.8 KB | Display | |
Data in XML | 8tlf_validation.xml.gz | 14.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8tlf_validation.cif.gz | 20.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tlf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tlf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / DNA chain , 2 types, 4 molecules ABXY
#1: Protein | Mass: 16452.814 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Cdca7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-codon-plus (DE3)-RIL / References: UniProt: Q9D0M2 #2: DNA chain | Mass: 11095.103 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: n vitro SELEX screening / Source: (synth.) Mus musculus (house mouse) |
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-Non-polymers , 5 types, 262 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-ZN / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.69 Å3/Da / Density % sol: 27.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 / Details: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH8.5, 25%PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Feb 6, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.64→29.9 Å / Num. obs: 72067 / % possible obs: 89.9 % / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.64→1.71 Å / Redundancy: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4182 / CC1/2: 0.867 / Rpim(I) all: 0.343 / % possible all: 65.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.64→29.9 Å / SU ML: 0.1698 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.0218 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.64→29.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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