PDB-8tlf: CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form DNA oligo 36-mer (sg C2-Form 2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tlf

タイトル

CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form DNA oligo 36-mer (sg C2-Form 2)

要素

Cell division cycle-associated protein 7
ssDNA

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA.
著者: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Liu, B. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T.

履歴

登録	2023年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8tlf.ent.gz	126.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8tlf_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tlf_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	8tlf_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	8tlf_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tlf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tl/8tlf	HTTPS FTP

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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell division cycle-associated protein 7

B: Cell division cycle-associated protein 7

X: ssDNA

Y: ssDNA

ヘテロ分子

56 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division cycle-associated protein 7

X: ssDNA

ヘテロ分子

A: Cell division cycle-associated protein 7

X: ssDNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell division cycle-associated protein 7

Y: ssDNA

ヘテロ分子

B: Cell division cycle-associated protein 7

Y: ssDNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.400, 31.492, 133.324
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.750, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABXY

#1: タンパク質	Cell division cycle-associated protein 7 分子量: 16452.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdca7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon-plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9D0M2
#2: DNA鎖	ssDNA 分子量: 11095.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: n vitro SELEX screening / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 262分子

#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.42 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH8.5, 25%PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→29.9 Å / Num. obs: 72067 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 17.1 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.64→1.71 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4182 / CC_1/2: 0.867 / R_pim(I) all: 0.343 / % possible all: 65.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
SERGUI	1.20.1_4487	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→29.9 Å / SU ML: 0.1698 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.0218
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	3484	4.84 %
R_work	0.1916	68499	-
obs	0.1929	71983	81.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→29.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1668	1052	34	247	3001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	2906
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.477	4141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0358	446
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5252	1187

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.67	0	0	0.2958	1249	X-RAY DIFFRACTION	35.63
1.67-1.69	0.3159	138	0.2903	1597	X-RAY DIFFRACTION	49.12
1.69-1.72	0.2874	147	0.2785	1791	X-RAY DIFFRACTION	55.67
1.72-1.74	0	0	0.2803	2236	X-RAY DIFFRACTION	62.27
1.74-1.77	0.2752	153	0.28	2117	X-RAY DIFFRACTION	65.23
1.77-1.8	0.3117	161	0.2844	2287	X-RAY DIFFRACTION	70.04
1.8-1.83	0.2545	167	0.266	2480	X-RAY DIFFRACTION	74.69
1.83-1.87	0	0	0.2562	2714	X-RAY DIFFRACTION	77.68
1.87-1.91	0.3111	167	0.2363	2530	X-RAY DIFFRACTION	76.64
1.91-1.95	0.2565	172	0.2319	2677	X-RAY DIFFRACTION	80.37
1.95-1.99	0.2342	175	0.2324	2677	X-RAY DIFFRACTION	81.44
1.99-2.04	0.2736	179	0.2376	2981	X-RAY DIFFRACTION	89.77
2.04-2.1	0.2712	180	0.2102	3128	X-RAY DIFFRACTION	92.9
2.1-2.16	0	0	0.2217	3317	X-RAY DIFFRACTION	94.77
2.16-2.23	0.2507	190	0.2184	3139	X-RAY DIFFRACTION	95.36
2.23-2.31	0.2393	189	0.2035	3106	X-RAY DIFFRACTION	94.63
2.31-2.4	0.26	185	0.2025	3253	X-RAY DIFFRACTION	95.74
2.4-2.51	0.2335	179	0.1969	3062	X-RAY DIFFRACTION	92.79
2.51-2.65	0.2368	186	0.2071	3132	X-RAY DIFFRACTION	93.49
2.65-2.81	0.2168	185	0.1981	2949	X-RAY DIFFRACTION	89.77
2.81-3.03	0	0	0.2025	3326	X-RAY DIFFRACTION	95.88
3.03-3.33	0.1989	189	0.1778	3239	X-RAY DIFFRACTION	96.75
3.33-3.81	0.1892	184	0.1479	3241	X-RAY DIFFRACTION	96.83
3.81-4.8	0.1692	178	0.1364	3148	X-RAY DIFFRACTION	94.92
4.8-29.9	0.1552	180	0.1519	3123	X-RAY DIFFRACTION	93.41

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.312415525633	0.567569533353	0.360640601329	1.42431928962	-0.658053127071	5.32168052956	-0.402732460657	0.0967963337736	0.629937275651	-0.101991105167	0.145918735755	-0.606434477796	-0.488641050018	0.539883754154	0.300881385862	0.298612778512	-0.046105796762	-0.0986591640325	0.359225481793	-0.0259049000813	0.600885149186	19.1996542868	7.74087766812	13.3578263393
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24	0.971424254263	-0.137627461333	-0.320702676932	3.79530117178	2.1669881618	4.81638024501	-0.123800184746	0.174408245847	-0.193678610861	-0.0806617746464	0.199167942613	-0.269385338209	-0.0663262574263	0.515641166146	-0.052535255542	0.169795268392	-0.0207285510792	0.0400152363657	0.262951954148	-0.0664452351	0.18002345506	-5.4418869062	-4.44861463778	42.4850741767

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 243 through 262 )	A	A	243 - 262	1 - 20
2	2	chain 'A' and (resid 263 through 275 )	A	A	263 - 275	21 - 33
3	3	chain 'A' and (resid 276 through 295 )	A	A	276 - 295	34 - 53
4	4	chain 'A' and (resid 296 through 300 )	A	A	296 - 300	54 - 58
5	5	chain 'A' and (resid 301 through 308 )	A	A	301 - 308	59 - 66
6	6	chain 'A' and (resid 309 through 315 )	A	A	309 - 315	67 - 73
7	7	chain 'A' and (resid 316 through 324 )	A	A	316 - 324	74 - 82
8	8	chain 'A' and (resid 325 through 339 )	A	A	325 - 339	83 - 97
9	9	chain 'A' and (resid 340 through 346 )	A	A	340 - 346	98 - 104
10	10	chain 'B' and (resid 243 through 252 )	B	D	243 - 252	1 - 10
11	11	chain 'B' and (resid 253 through 262 )	B	D	253 - 262	11 - 20
12	12	chain 'B' and (resid 263 through 275 )	B	D	263 - 275	21 - 33
13	13	chain 'B' and (resid 276 through 295 )	B	D	276 - 295	34 - 53
14	14	chain 'B' and (resid 296 through 300 )	B	D	296 - 300	54 - 58
15	15	chain 'B' and (resid 301 through 308 )	B	D	301 - 308	59 - 66
16	16	chain 'B' and (resid 309 through 315 )	B	D	309 - 315	67 - 73
17	17	chain 'B' and (resid 316 through 324 )	B	D	316 - 324	74 - 82
18	18	chain 'B' and (resid 325 through 340 )	B	D	325 - 340	83 - 98
19	19	chain 'B' and (resid 341 through 346 )	B	D	341 - 346	99 - 104
20	20	chain 'X' and (resid 7 through 11 )	X	E	7 - 11
21	21	chain 'X' and (resid 12 through 21 )	X	E	12 - 21
22	22	chain 'X' and (resid 22 through 32 )	X	E	22 - 32
23	23	chain 'Y' and (resid 7 through 21 )	Y	H	7 - 21
24	24	chain 'Y' and (resid 22 through 32 )	Y	H	22 - 32

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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