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- PDB-8tlj: CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo Containing a 5mC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tlj
タイトルCDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 32-mer DNA oligo Containing a 5mC
要素
  • Cell division cycle-associated protein 7
  • DNA (32-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1 / CDCA7/CDA7L / Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cell division cycle-associated protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA.
著者: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Liu, B. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division cycle-associated protein 7
X: DNA (32-MER)
B: Cell division cycle-associated protein 7
C: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,60019
ポリマ－52,6344
非ポリマー96615
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)169.874, 31.533, 91.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.750, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-101-

MG

-
要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ABXC

#1: タンパク質 Cell division cycle-associated protein 7


分子量: 16452.814 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdca7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon-plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9D0M2
#2: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9864.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: n vitro SELEX screening / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 125分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 6.2, 25% PGE3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→45.03 Å / Num. obs: 19726 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 49.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1408 / CC1/2: 0.832 / Rpim(I) all: 0.321 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→45.03 Å / SU ML: 0.3391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.2114
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 987 5 %
Rwork0.1846 18739 -
obs0.1868 19726 94.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 1308 42 110 3090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54564534
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051367
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.3581271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.420.32591030.29071947X-RAY DIFFRACTION68.42
2.42-2.570.32481370.26932602X-RAY DIFFRACTION94.16
2.57-2.770.32011470.26512786X-RAY DIFFRACTION99.42
2.77-3.050.34331470.25332802X-RAY DIFFRACTION99.66
3.05-3.490.23391490.19292828X-RAY DIFFRACTION99.7
3.49-4.40.20831480.15732837X-RAY DIFFRACTION99.57
4.4-45.030.17181560.1452937X-RAY DIFFRACTION99.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.25658539507-2.095346118030.9614012730133.492507137710.05394540474354.38148572558-0.370473748637-1.573454648130.7398011132680.5100630795440.614909613079-1.046406486880.6000998231590.943655534519-0.1685571755960.4963986557190.101239910704-0.1338709749750.835815667478-0.03338362936990.85495422000527.5973694974-19.07911704499.06514246886
23.52834329554-1.749244043750.09228763021415.427342292230.0587660336017.16919998105-0.1169050262961.191958209380.348450812701-0.5069805056060.2442679859020.1312277384880.1496901194990.0315884109296-0.08818957800780.338074607464-0.01063750932660.008941126797450.5874091131690.01764872779290.491718125053-21.3241741254-15.7416162968-7.76726735673
33.486869163493.217673030022.465265877567.23137194529-0.159682959988.183839463010.0831709016210.09700399272070.548865945366-0.2922477208650.1168888703910.520433376986-0.194102137649-0.752444354161-0.1796769492490.5637298235060.1185959170340.02829612886910.4214239714240.09239977887870.5461628545-9.030779362659.48494113530.9846744956
48.54628709028-1.360350665946.988850722586.95176789248-0.3457139406696.48917883427-0.3080073366610.7810938128481.05403169592-1.16825213898-0.196572384314-0.904904277191-0.3905681962140.453584351130.4808944271850.790914328644-0.09339285154490.2677169393040.6567428750760.09948649214090.5046587029974.903306227697.3833327662920.0638227038
58.374681137340.7366631232161.071012722948.993720410551.75141433087.145290875190.0583596158169-0.081312500808-0.015410377179-0.2297619665530.00599687002312-1.57747974557-0.1718425454041.19577431164-0.122285606860.310970793971-0.03811449962330.04389251089790.4442048389690.01975430411190.74336302185711.351657236.2558954418336.0559882911
63.265874680880.00632862176316-0.1500558542335.40668654066-0.4167747874843.48893545999-0.008436952686070.3800843380070.0449200464804-0.6525795675940.0693681196635-0.3976031909450.161542451855-0.0212388015509-0.06974421286410.351266568249-0.02102493341650.04379888024710.2854513545940.0005596103199930.295259236198-0.828642796663-0.008473737064931.4075937251
73.632595573583.128166331956.185939588783.763751809276.283204249172.02131221813-0.114885535062-0.805202454579-0.8571793277530.629273458122-0.05299704824180.46788456060.721526880333-1.256778643890.2335099509050.491910178614-0.03564719516520.04253568060160.4440064759180.07340264625990.485743497738-5.33395546324-7.5691613965342.6067738763
89.627365960980.05143672411144.942674385466.130361707691.675983128076.500476096160.15415720150.61859583901-0.481470054184-0.7140682747910.1757053857080.985898650695-0.121545138285-1.34538455869-0.2937467893140.569326265396-0.103346959486-0.03777894962260.785323611252-0.0264915594660.940506418396-52.8207813159-8.6706086777239.4644825685
93.050908402910.359805658212-1.378792893572.25327928494-0.2529220426450.637162355855-0.0504828996767-0.2264068661090.3097299697830.245420770893-0.0316121156674-0.3749700234790.2499667507890.2769864274650.01989743159130.3506322024230.0569274877412-0.03754947560860.417322899081-0.07944280311410.229051313914-4.41846516673-0.90470478337944.3931757876
102.96581834060.800024754343-0.06081529413594.9674545931-3.898029929197.57749984548-0.7448261379610.2970274762440.328546286383-0.4229351379180.275828464189-0.2732087641650.248317924261-0.4671100891670.4342362184270.827287533543-0.126510914103-0.0843339198270.615112419487-0.1212984780030.547300673001-9.67313844439-4.2987421615711.2882819669
111.39803497681-0.54289070449-1.14598306862.85191829873-1.011506304671.72142988120.248103420704-0.3893704875860.7809336422130.417400573470.3670494292510.184543842804-0.1036774547970.0919273251342-0.5423966424991.01875040739-0.2473792164020.3414701890790.870639556113-0.168490721360.648556334146-25.0760885532-6.1901354948319.6938600652
129.465055874796.161598627161.948920940316.553850423651.200653498398.942039672520.541828671819-0.1555694240260.9836835955490.281343593783-0.6323548586581.925303086560.106464935465-0.7529382973260.09620257160980.4902103092480.03578332636140.002276336632990.457737649101-0.1195198990570.85153515436-28.5470359925-7.311067940012.40853381039
131.59438647946-0.9807662295690.2664589894144.679167403450.5500602313843.20212125324-0.0775624424731-0.1155478365080.3793883398720.549359573953-0.2283083223170.0930124130987-0.11050834408-0.06003438023980.3333607659980.481419857998-0.0978455484215-0.06101445759550.456704790459-0.01389674540990.640431093494-17.4472859551-9.141798719957.09810449679
147.54243371911-0.647321351350.8355844505543.705299470110.115230814643.539101982450.271174072984-0.554527323816-0.5086456129660.527000003509-0.216037432306-0.6632554970810.200048425088-0.106969729973-0.101696349920.570139696598-0.0969168216147-0.1274288511020.368432122608-0.02471248417460.644784625021-18.2894601994-15.73137661266.49159813452
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'C' and (resid 3 through 18 )CE3 - 18
22chain 'C' and (resid 19 through 34 )CE19 - 34
33chain 'A' and (resid 243 through 252 )AA243 - 2521 - 10
44chain 'A' and (resid 253 through 262 )AA253 - 26211 - 20
55chain 'A' and (resid 263 through 275 )AA263 - 27521 - 33
66chain 'A' and (resid 276 through 335 )AA276 - 33534 - 93
77chain 'A' and (resid 336 through 346 )AA336 - 34694 - 104
88chain 'X' and (resid 3 through 12 )XB3 - 12
99chain 'X' and (resid 13 through 34 )XB13 - 34
1010chain 'B' and (resid 243 through 252 )BD243 - 2521 - 10
1111chain 'B' and (resid 253 through 262 )BD253 - 26211 - 20
1212chain 'B' and (resid 263 through 275 )BD263 - 27521 - 33
1313chain 'B' and (resid 276 through 300 )BD276 - 30034 - 58
1414chain 'B' and (resid 301 through 316 )BD301 - 31659 - 74
1515chain 'B' and (resid 317 through 335 )BD317 - 33575 - 93
1616chain 'B' and (resid 336 through 346 )BD336 - 34694 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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