+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tjn | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crosslinked 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) Module 1 in complex with antibody fragment 1B2: Crosslinked State 1 | |||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / polyketide synthase / antibody / BIOSYNTHETIC PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Cogan, D.P. / Soohoo, A.M. / Chen, M. / Brodsky, K.L. / Liu, Y. / Khosla, C. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis for Intermodular Communication in Assembly-Line Polyketide Biosynthesis 著者: Cogan, D.P. / Soohoo, A.M. / Chen, M. / Liu, Y. / Brodsky, K.L. / Khosla, C. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tjn.cif.gz | 523 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8tjn.ent.gz | 403.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tjn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tjn_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8tjn_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tjn_validation.xml.gz | 89.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tjn_validation.cif.gz | 133.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tjn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41305MC 8tjoC 8tjpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 188891.219 Da / 分子数: 2 断片: DEBS Module 1, Subunit A (UNP residues 557-2015) + EryA3 (UNP residues 2896-3172),DEBS Module 1, Subunit A (UNP residues 557-2026) + EryA3 (UNP residues 2896-3172) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) 遺伝子: eryAI, eryA / プラスミド: pDC1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAP1 参照: UniProt: Q5UNP6, UniProt: Q03133, 6-deoxyerythronolide-B synthase #2: 抗体 | 分子量: 26447.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 25715.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Crosslinked DEBS Module 1 in complex with Antibody Fragment 1B2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.48 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BAP1 / プラスミド: pDC1 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 150 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.76 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9523 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 434136 |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84420 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |
原子モデル構築 | PDB-ID: 7M7F Accession code: 7M7F / Source name: PDB / タイプ: experimental model |
精密化 | 交差検証法: NONE |