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- PDB-8tid: Combined linker domain of N-DRC and associated proteins Tetrahymena -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tid
タイトルCombined linker domain of N-DRC and associated proteins Tetrahymena
要素
  • (Coiled-coil protein, ...コイルドコイル) x 2
  • (Dynein regulatory complex protein ...) x 3
  • (Flagellar associated ...) x 2
  • (Growth-arrest-specific microtubule-binding ...) x 2
  • (WD40 domain protein) x 2
  • AAA family ATPase CDC48 subfamily protein
  • CFAP20
  • Calmodulin 7-2
  • Cilia- and flagella-associated protein 91
  • Coiled-coil domain-containing protein 153
  • Coiled-coil lobo-like protein, putative
  • DUF4201 domain-containing protein
  • EF hand proteinEFハンド
  • EF-hand calcium-binding domain protein
  • Flagella associated protein
  • Kinase domain protein
  • L-shape (Unknown-protein)
  • LRRC48 protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / nexin-dynein regulatory complex / cilia (繊毛) / axoneme / dynein (ダイニン)
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal dynein complex assembly / inner dynein arm assembly / cilium movement / axoneme assembly / axonemal dynein complex / 繊毛 / axoneme / cell projection / 運動性 / 繊毛 ...axonemal dynein complex assembly / inner dynein arm assembly / cilium movement / axoneme assembly / axonemal dynein complex / 繊毛 / axoneme / cell projection / 運動性 / 繊毛 / small GTPase binding / microtubule binding / 微小管 / 細胞骨格 / calcium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Coiled-coil domain-containing protein 153 / Dynein regulatory complex subunit 7 / Dynein regulatory complex protein 10 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 / Dynein regulatory complex protein 9 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Growth arrest-specific protein 8 domain ...Coiled-coil domain-containing protein 153 / Dynein regulatory complex subunit 7 / Dynein regulatory complex protein 10 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / CFAP91 domain / Coiled-coil domain-containing protein 39 / Coiled-coil domain-containing protein 40 / Dynein regulatory complex protein 9 / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Growth arrest-specific protein 8 domain / Growth arrest-specific protein 8 / Dynein regulatory complex protein 1/2, N-terminal / Dynein regulatory complex protein / Growth-arrest specific micro-tubule binding / 精子 / BRE1 E3 ubiquitin ligase / CFA20 domain / Cilia- and flagella-associated protein 20/CFAP20DC / CFA20 domain / EF-hand domain / Leucine rich repeat 4 / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeats (2 copies) / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Papain-like cysteine peptidase superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / Leucine-rich repeat domain superfamily / ATPase, AAA-type, core / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein regulatory complex protein 10 / Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / AAA family ATPase CDC48 subfamily protein / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Cilia- and flagella-associated protein 184 / Calmodulin 7-2 / Dynein regulatory complex subunit 3 / Coiled-coil lobo-like protein, putative / EF hand protein / Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein ...Dynein regulatory complex protein 10 / Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / AAA family ATPase CDC48 subfamily protein / Cilia- and flagella-associated protein 91 / Cilia- and flagella-associated protein 184 / Calmodulin 7-2 / Dynein regulatory complex subunit 3 / Coiled-coil lobo-like protein, putative / EF hand protein / Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 263 / Cilia- and flagella-associated protein 20 / Coiled-coil domain-containing protein 153 / Coiled-coil protein, putative / WD40 domain protein / Flagella associated protein / Dynein regulatory complex protein 9 / Growth-arrest-specific microtubule-binding protein / Flagellar associated protein / Kinase domain protein / Dynein regulatory complex subunit 2 / WD40 domain protein / EF-hand calcium-binding domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ghanaeian, A.G. / Majhi, S.M. / McCaffrey, C.M. / Nami, B.N. / Black, C.B. / Yang, S.K. / Legal, T.L. / Papoulas, O.P. / Janowska, M.J. / Valente-Paterno, M.V. ...Ghanaeian, A.G. / Majhi, S.M. / McCaffrey, C.M. / Nami, B.N. / Black, C.B. / Yang, S.K. / Legal, T.L. / Papoulas, O.P. / Janowska, M.J. / Valente-Paterno, M.V. / Marcotte, E.M. / Wloga, D.W. / Bui, K.H.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Integrated modeling of the Nexin-dynein regulatory complex reveals its regulatory mechanism.
著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M ...著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M Marcotte / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui /
要旨: Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein ...Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein regulatory complex (N-DRC), which links adjacent doublet microtubules and regulates and coordinates the activity of outer doublet complexes. Despite its critical role in cilia motility, the assembly and molecular basis of the regulatory mechanism are poorly understood. Here, using cryo-electron microscopy in conjunction with biochemical cross-linking and integrative modeling, we localize 12 DRC subunits in the N-DRC structure of Tetrahymena thermophila. We also find that the CCDC96/113 complex is in close contact with the DRC9/10 in the linker region. In addition, we reveal that the N-DRC is associated with a network of coiled-coil proteins that most likely mediates N-DRC regulatory activity.
履歴
登録2023年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein
B: Coiled-coil protein, putative
C: LRRC48 protein
D: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
E: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
F: Flagellar associated protein
G: Kinase domain protein
H: Coiled-coil lobo-like protein, putative
I: EF-hand calcium-binding domain protein
J: Dynein regulatory complex protein 9
K: Dynein regulatory complex protein 10
L: AAA family ATPase CDC48 subfamily protein
M: Cilia- and flagella-associated protein 91
N: Flagella associated protein
O: Coiled-coil protein, putative
P: DUF4201 domain-containing protein
Q: Calmodulin 7-2
R: Calmodulin 7-2
S: Coiled-coil domain-containing protein 153
T: Flagellar associated protein
U: L-shape (Unknown-protein)
V: L-shape (Unknown-protein)
W: WD40 domain protein
Z: EF hand protein
g: CFAP20
i: EF-hand calcium-binding domain protein
n: Flagella associated protein
o: Coiled-coil protein, putative
s: Coiled-coil domain-containing protein 153
w: WD40 domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,072,90530
ポリマ－2,072,90530
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Dynein regulatory complex protein ... , 3種, 3分子 AJK

#1: タンパク質 Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containing protein


分子量: 98840.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q229S1
#10: タンパク質 Dynein regulatory complex protein 9


分子量: 44990.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23S05
#11: タンパク質 Dynein regulatory complex protein 10


分子量: 51315.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A4VD15

-
Coiled-coil protein, ... , 2種, 3分子 BOo

#2: タンパク質 Coiled-coil protein, putative / コイルドコイル


分子量: 60596.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24DJ0
#15: タンパク質 Coiled-coil protein, putative / コイルドコイル


分子量: 105196.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q233L0

-
タンパク質 , 15種, 20分子 CGHIiLMNnPQRSsUVWZgw

#3: タンパク質 LRRC48 protein


分子量: 68009.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MG46
#7: タンパク質 Kinase domain protein


分子量: 39706.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24CL2
#8: タンパク質 Coiled-coil lobo-like protein, putative


分子量: 101225.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MLZ4
#9: タンパク質 EF-hand calcium-binding domain protein


分子量: 22062.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: W7WX86
#12: タンパク質 AAA family ATPase CDC48 subfamily protein


分子量: 101144.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LWE3
#13: タンパク質 Cilia- and flagella-associated protein 91


分子量: 76154.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LWP7
#14: タンパク質 Flagella associated protein


分子量: 114163.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23BW0
#16: タンパク質 DUF4201 domain-containing protein


分子量: 94540.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M6D6
#17: タンパク質 Calmodulin 7-2


分子量: 23862.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MDA9
#18: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 153


分子量: 22170.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22RH5
#20: タンパク質 L-shape (Unknown-protein)


分子量: 50825.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#21: タンパク質 WD40 domain protein


分子量: 151719.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: W7WWA2
#22: タンパク質 EF hand protein / EFハンド


分子量: 124971.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MM07
#23: タンパク質 CFAP20 / Transcription factor iib protein / putative


分子量: 22976.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22NU3
#24: タンパク質 WD40 domain protein


分子量: 152700.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q234G8

-
Growth-arrest-specific microtubule-binding ... , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 Growth-arrest-specific microtubule-binding protein


分子量: 56190.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LT80
#5: タンパク質 Growth-arrest-specific microtubule-binding protein


分子量: 55393.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23YW7

-
Flagellar associated ... , 2種, 2分子 FT

#6: タンパク質 Flagellar associated protein


分子量: 52938.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24C31
#19: タンパク質 Flagellar associated protein


分子量: 42931.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22KK0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Combined linker domain of N-DRC and associated proteins Tetrahymena
タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 211502 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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