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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8th8 | |||||||||
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タイトル | Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / nexin-dynein regulatory complex / cilia / axoneme / dynein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / sperm axoneme assembly / cytoskeletal motor regulator activity / axonemal dynein complex / sperm principal piece / cilium-dependent cell motility / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / flagellated sperm motility / actomyosin structure organization ...regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / sperm axoneme assembly / cytoskeletal motor regulator activity / axonemal dynein complex / sperm principal piece / cilium-dependent cell motility / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / flagellated sperm motility / actomyosin structure organization / myosin II complex / motile cilium / locomotion / myosin heavy chain binding / axoneme / mitotic cytokinesis / cilium assembly / sperm flagellum / ciliary basal body / post-embryonic development / cell motility / cilium / small GTPase binding / cell migration / lamellipodium / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / calcium ion binding / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ghanaeian, A.G. / Bui, K.H. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Integrated modeling of the Nexin-dynein regulatory complex reveals its regulatory mechanism. 著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M ...著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M Marcotte / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui / 要旨: Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein ...Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein regulatory complex (N-DRC), which links adjacent doublet microtubules and regulates and coordinates the activity of outer doublet complexes. Despite its critical role in cilia motility, the assembly and molecular basis of the regulatory mechanism are poorly understood. Here, using cryo-electron microscopy in conjunction with biochemical cross-linking and integrative modeling, we localize 12 DRC subunits in the N-DRC structure of Tetrahymena thermophila. We also find that the CCDC96/113 complex is in close contact with the DRC9/10 in the linker region. In addition, we reveal that the N-DRC is associated with a network of coiled-coil proteins that most likely mediates N-DRC regulatory activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8th8.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8th8.ent.gz | 1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8th8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8th8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8th8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 41251MC 8tekC 8tidC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Dynein regulatory complex protein ... , 3種, 3分子 AJK
#1: タンパク質 | 分子量: 98840.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q229S1 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 44990.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23S05 |
#11: タンパク質 | 分子量: 51315.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: A4VD15 |
-タンパク質 , 10種, 13分子 BCFGHIiLPQRSs
#2: タンパク質 | 分子量: 60596.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24DJ0 | ||||||||
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#3: タンパク質 | 分子量: 68009.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MG46 | ||||||||
#6: タンパク質 | 分子量: 52938.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24C31 | ||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 39706.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q24CL2 | ||||||||
#8: タンパク質 | 分子量: 101225.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MLZ4 | ||||||||
#9: タンパク質 | 分子量: 22062.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: W7WX86 #12: タンパク質 | | 分子量: 101144.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LWE3 #13: タンパク質 | | 分子量: 94540.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M6D6 #14: タンパク質 | 分子量: 23862.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MDA9 #15: タンパク質 | 分子量: 22170.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22RH5 |
-Growth-arrest-specific microtubule-binding ... , 2種, 2分子 DE
#4: タンパク質 | 分子量: 56190.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7LT80 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 55393.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23YW7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Linker domain of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila タイプ: CELL / Entity ID: #14, #3-#7, #9-#13, #1-#2, #15 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 211502 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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