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- PDB-8tgt: Structure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tgt
タイトルStructure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 and 2 in complex with the hypervariable region of group A Streptococcus M68 protein
要素
  • C4b-binding protein alpha chain
  • M protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune evasion / human complement
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of opsonization / negative regulation of complement activation, classical pathway / response to symbiotic bacterium / T cell mediated immunity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response / extracellular space ...regulation of opsonization / negative regulation of complement activation, classical pathway / response to symbiotic bacterium / T cell mediated immunity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain ...C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C4b-binding protein alpha chain / M protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kolesinski, P. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH R01 AI154149 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Conservation of C4BP-binding sequence patterns in Streptococcus pyogenes M and Enn proteins.
著者: Kolesinski, P. / McGowan, M. / Botteaux, A. / Smeesters, P.R. / Ghosh, P.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: M protein
B: M protein
C: C4b-binding protein alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9479
ポリマ－39,6853
非ポリマー2626
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area15240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.037, 49.664, 80.403
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

CA

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要素

#1: タンパク質 M protein


分子量: 12760.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: emm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V9M3
#2: タンパク質 C4b-binding protein alpha chain / C4bp / Proline-rich protein / PRP


分子量: 14163.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4BPA, C4BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04003
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 14% PEG 3350, 10% ethylene glycol, 0.2 M calcium chloride, 1 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9789, 0.918, 0.9793
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.9181
30.97931
反射解像度: 2.5→39.3 Å / Num. obs: 15422 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.275 / Rrim(I) all: 0.286 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 3.524 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1715 / CC1/2: 0.65 / Rrim(I) all: 3.666 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→37.63 Å / SU ML: 0.4044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 40.3029
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3441 1327 10.14 %
Rwork0.3126 11756 -
obs0.3158 13083 84.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1603 0 9 20 1632
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00151626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.34182208
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0016295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0582239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.60.461170.389995X-RAY DIFFRACTION66.11
2.6-2.720.42811190.36941068X-RAY DIFFRACTION71.33
2.72-2.860.39211300.35441106X-RAY DIFFRACTION72.41
2.86-3.040.38291380.33451216X-RAY DIFFRACTION80.12
3.04-3.270.45681490.30911337X-RAY DIFFRACTION87.62
3.27-3.60.34291600.31431401X-RAY DIFFRACTION92.04
3.6-4.120.32111660.27041492X-RAY DIFFRACTION95.78
4.12-5.190.27381680.27641519X-RAY DIFFRACTION97.07
5.19-37.630.33741800.3391622X-RAY DIFFRACTION97.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00653473777-0.6698500300052.54154335168-0.0576021268415-1.394849078564.1265993559-0.17222374762-0.1787300795170.0929070569778-0.0282863237858-0.174471495117-0.02212376658240.2148282227260.442872781950.4332042644610.6682001410310.291041306475-0.05919432672471.21057472665-0.03065034551310.40640376506957.296333870831.980078392870.947317099
2-0.04678239038240.08475924624060.1172283048830.267303671397-1.676343428738.91620623211-0.14803746759-0.2212139050730.05768151724820.01064359076110.0327298190408-0.07258487037240.0633678239261-0.2008296708920.1076125581350.4437661879380.1703544937370.01411395343250.9808679600420.01103789362660.30283554061261.530889036924.079086483171.4623416115
31.46981003974-1.297913895750.5856908146131.692340850010.1292741902880.9031900136750.3512073292350.4138686406430.587172188065-0.418835803098-0.385207765482-0.3211098027230.3179328703340.1115326052550.02515100844760.3000497986840.1648682021760.03869139579370.6410543756190.1730463243050.3751882685482.827165167718.3244613737105.835876822
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 52 through 127)AA52 - 1271 - 76
22(chain 'B' and resid 42 through 135)BB42 - 1351 - 90
33(chain 'C' and resid 29 through 123)CC29 - 1231 - 70

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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