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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tfq | ||||||
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タイトル | Fab from C10-S66K antibody in complex with fentanyl | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / Antibody / fentanyl / opioid. | ||||||
機能・相同性 | Chem-7V7![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pholcharee, T. / Wilson, I.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An Engineered Human-Antibody Fragment with Fentanyl Pan-Specificity That Reverses Carfentanil-Induced Respiratory Depression. 著者: Eubanks, L.M. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Natori, Y. / Zhou, B. / Wilson, I.A. / Janda, K.D. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: An Engineered Human-Antibody Fragment with Fentanyl Pan-Specificity that Reverses Carfentanil-Induced Respiratory Depression. 著者: Eubanks, L.M. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Natori, Y. / Zhou, B. / Wilson, I.A. / Janda, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 897 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 903.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tfpC ![]() 8tfrC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 22898.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23831.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1.0 M Li-chloride, 10% PEG-6000, 0.1 M Bicine pH 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 87845 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.946 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 4175 / CC1/2: 0.776 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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