+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tfr | ||||||
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Title | Apo Fab from C10-S66K antibody | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Antibody / fentanyl analogue / carfentanil / opioid | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptococcus sp. group G (bacteria) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.99 Å | ||||||
Authors | Pholcharee, T. / Wilson, I.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Chem Neurosci / Year: 2023 Title: An Engineered Human-Antibody Fragment with Fentanyl Pan-Specificity That Reverses Carfentanil-Induced Respiratory Depression. Authors: Eubanks, L.M. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Natori, Y. / Zhou, B. / Wilson, I.A. / Janda, K.D. #1: Journal: Biorxiv / Year: 2023 Title: An Engineered Human-Antibody Fragment with Fentanyl Pan-Specificity that Reverses Carfentanil-Induced Respiratory Depression. Authors: Eubanks, L.M. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Natori, Y. / Zhou, B. / Wilson, I.A. / Janda, K.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tfr.cif.gz | 196.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tfr.ent.gz | 155.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tfr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tfr_validation.pdf.gz | 438.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8tfr_full_validation.pdf.gz | 443.7 KB | Display | |
Data in XML | 8tfr_validation.xml.gz | 18.1 KB | Display | |
Data in CIF | 8tfr_validation.cif.gz | 23.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8tfpC 8tfqC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 7348.088 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus sp. group G (bacteria) / Gene: spg Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: P19909 |
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#2: Antibody | Mass: 23740.754 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 22898.258 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 20% PEG 3350, 0.2 M Na3-citrate, pH 8.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.03321 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 16, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03321 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.96→50 Å / Num. obs: 12321 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 13.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.96→3.01 Å / Num. unique obs: 596 / CC1/2: 0.502 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.99→49.1 Å / SU ML: 0.45 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 30.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.99→49.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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