PDB-8tfr: Apo Fab from C10-S66K antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tfr

タイトル

Apo Fab from C10-S66K antibody

要素

Heavy chain from Fab of C10_S66K antibody
Immunoglobulin G-binding protein G
Light chain from Fab of C10_S66K antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Antibody (抗体) / fentanyl analogue / carfentanil /

opioid (オピオイド)

機能・相同性

機能・相同性情報

IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus sp. group G (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.99 Å

データ登録者

Pholcharee, T. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Chem Neurosci / 年: 2023
タイトル: An Engineered Human-Antibody Fragment with Fentanyl Pan-Specificity That Reverses Carfentanil-Induced Respiratory Depression.
著者: Eubanks, L.M. / Pholcharee, T. / Oyen, D. / Natori, Y. / Zhou, B. / Wilson, I.A. / Janda, K.D.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tfr.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tfr.ent.gz	155.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tfr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tfpC 8tfqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Immunoglobulin G-binding protein G

A: Heavy chain from Fab of C10_S66K antibody

B: Light chain from Fab of C10_S66K antibody

54 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.913, 92.913, 123.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

#1: 抗体	Immunoglobulin G-binding protein G / IgG-binding protein G 分子量: 7348.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus sp. group G (バクテリア) 遺伝子: spg 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P19909
#2: 抗体	Heavy chain from Fab of C10_S66K antibody 分子量: 23740.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Light chain from Fab of C10_S66K antibody / 分子量: 22898.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Na3-citrate, pH 8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.96→50 Å / Num. obs: 12321 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.96→3.01 Å / Num. unique obs: 596 / CC_1/2: 0.502

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.99→49.1 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2622	650	5.29 %
R_work	0.2114	-	-
obs	0.2141	12296	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.99→49.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3458	0	0	0	3458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3542
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	4868
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.525	495
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	581
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.99-3.22	0.3466	144	0.3143	2255	X-RAY DIFFRACTION	98
3.22-3.54	0.3485	116	0.2786	2334	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-4.05	0.2956	137	0.2456	2335	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-5.1	0.2677	133	0.1868	2339	X-RAY DIFFRACTION	100
5.11-49.1	0.2026	120	0.1718	2383	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1326	2.3891	-1.7814	3.0673	-0.2997	6.7195	-0.1801	0.0097	1.3655	-1.788	-0.0664	-0.6524	0.839	0.9663	0.147	0.8907	0.0921	0.1764	1.0988	-0.1038	1.0546	-19.8821	-20.9608	-34.5107
2	4.6348	2.6514	3.3996	8.9167	-1.8193	4.4086	-0.1763	1.0712	0.1694	-1.3333	-0.4281	0.3359	0.4166	1.2522	0.1244	1.0417	-0.0558	0.1368	0.9022	-0.1285	0.6189	-26.4476	-17.1313	-37.9832
3	5.7017	-6.4154	-5.9748	7.2602	6.7952	6.3866	-0.1354	1.2535	2.0934	-2.336	-1.1834	-1.1897	-2.4793	0.7838	0.6756	1.0425	-0.0878	0.073	0.9957	0.0002	1.4607	-21.2116	-7.9281	-37.6394
4	2.7262	-2.2652	3.0659	1.882	-2.5425	3.5039	0.3992	1.3732	0.2636	-1.2332	-0.0724	-1.5366	1.5458	2.2856	-0.2419	1.1581	0.3935	0.4233	1.7215	0.0223	1.0387	-16.2498	-21.2587	-42.0913
5	0.9912	1.2114	-1.5046	4.8095	-0.8392	3.6961	-0.3218	0.0734	-0.5561	-0.1285	0.7646	-0.2783	0.4375	0.0602	-0.1702	0.7298	0.215	-0.0652	0.8281	-0.1189	0.3746	-38.2195	-29.329	-6.3897
6	2.4728	1.1565	-0.1562	5.5631	-0.7022	3.6645	-0.4922	-0.0634	-0.0849	0.9033	0.5572	-0.2579	0.1165	-0.7436	-0.2337	0.6962	0.2223	-0.1475	0.75	-0.0453	0.3301	-43.4087	-31.6077	4.2499
7	3.0783	2.8669	-1.787	8.1833	-1.0597	3.8164	-0.6032	0.1818	0.6259	-0.0704	1.0034	0.6523	-0.743	-1.0562	-0.3332	0.8936	0.429	-0.2091	0.7021	-0.0373	0.4322	-45.5058	-19.3865	-0.2429
8	1.9256	1.8601	-1.2083	7.1856	-2.7892	5.7225	-0.0705	0.485	0.195	-0.4109	0.7683	0.8571	0.1652	-0.7474	-0.3675	0.7013	0.1989	-0.0644	1.1019	0.0683	0.4276	-53.1461	-29.7812	-0.7919
9	1.336	1.197	0.9731	6.5115	-1.9769	2.2117	-0.2727	-0.0446	-0.022	0.8952	0.9357	0.2238	-0.084	-0.1076	-0.3369	0.802	0.2757	-0.1083	0.8044	-0.1947	0.3827	-43.1578	-26.3447	-0.0429
10	0.6679	1.5717	1.6214	5.3075	1.6757	6.76	-0.4145	-0.278	1.2129	-0.0923	0.0073	-0.6217	-0.2388	0.6604	0.192	0.3547	0.0052	-0.1308	0.8778	-0.3206	1.301	-23.3157	-7.6235	-23.5869
11	4.7613	1.798	2.7789	7.9233	-0.1702	5.2103	-0.23	-0.1737	0.3833	0.3632	-0.046	-1.7525	0.4956	0.0365	-0.3716	0.7067	-0.0106	-0.411	0.8773	-0.2751	0.8781	-23.1173	-14.2148	-19.0779
12	1.8011	0.406	0.7993	0.265	0.0713	1.7694	-0.5365	-0.3268	0.8922	0.57	-0.4423	-1.5897	-0.4183	1.7095	0.3588	0.8812	0.1141	-0.3633	1.2179	-0.2131	1.7767	-11.5352	-6.0097	-12.8653
13	0.8948	0.6848	-1.2204	1.2971	0.5759	4.5778	-0.1392	-0.3811	1.1097	0.4473	-0.3179	-0.91	-1.1481	0.8261	0.0792	0.8311	-0.2257	-0.4684	0.8683	-0.2467	1.5298	-20.5488	-3.9105	-17.6967
14	0.7528	1.7484	-0.8591	6.0777	0.1049	3.1358	-0.3478	-0.1613	1.2032	0.4565	0.2489	-1.7406	-0.4195	0.9454	0.3556	0.6277	-0.2647	-0.1681	0.9332	-0.1557	1.3589	-16.5034	-11.0031	-24.5899
15	0.6437	0.2672	-1.0898	4.5052	-1.0502	6.2829	-0.0507	-0.3984	0.0114	1.9582	0.7164	-0.5016	0.0414	0.1878	0.277	1.483	0.8044	-0.3941	0.9592	-0.1702	0.3878	-40.0559	-9.498	12.8359
16	3.5366	0.2563	0.7936	2.8661	0.2104	3.6294	-0.7359	-0.3787	0.9675	0.5043	0.5643	-0.5953	-0.9831	-0.299	0.2907	1.1882	0.142	-0.5152	0.6878	-0.3893	1.4468	-31.5687	3.2355	-15.5184

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 5 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 28 through 41 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 42 through 46 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 47 through 60 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 18 through 39 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 40 through 51 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 52 through 72 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 73 through 113 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 114 through 142 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 143 through 154 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 155 through 165 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 166 through 194 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 195 through 214 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 3 through 113 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 114 through 209 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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