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- PDB-8tfe: Crystal structure of Fab fragment of anti-HCV E2 antibody (CBH-7) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tfe
タイトルCrystal structure of Fab fragment of anti-HCV E2 antibody (CBH-7)
要素
  • CBH-7 Heavy chain
  • CBH-7 Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / E2 glycoprotein / Fab fragment
機能・相同性CITRATE ANION
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Shahid, S. / Mariuzza, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 AI132213 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of HCV E2 glycoprotein bound to neutralizing and non-neutralizing antibodies determined using bivalent Fabs as fiducial markers.
著者: Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / S Saif Hasan / Rui Yin / Liqun Jiang / Yanxin Liu / Nathaniel Felbinger / Liudmila Kulakova / Eric A Toth / Zhen-Yong Keck / Steven K H Foung / Thomas ...著者: Salman Shahid / Sharanbasappa S Karade / S Saif Hasan / Rui Yin / Liqun Jiang / Yanxin Liu / Nathaniel Felbinger / Liudmila Kulakova / Eric A Toth / Zhen-Yong Keck / Steven K H Foung / Thomas R Fuerst / Brian G Pierce / Roy A Mariuzza /
要旨: Global elimination of hepatitis C virus (HCV) will require an effective cross-genotype vaccine. The HCV E2 envelope glycoprotein is the main target of neutralizing antibodies but also contains ...Global elimination of hepatitis C virus (HCV) will require an effective cross-genotype vaccine. The HCV E2 envelope glycoprotein is the main target of neutralizing antibodies but also contains epitopes that elicit non-neutralizing antibodies which may provide protection through Fc effector functions rather than direct neutralization. We determined cryo-EM structures of a broadly neutralizing antibody, a moderately neutralizing antibody, and a non-neutralizing antibody bound to E2 to resolutions of 3.8, 3.3, and 3.7 Å, respectively. Whereas the broadly neutralizing antibody targeted the front layer of E2 and the non-neutralizing antibody targeted the back layer, the moderately neutralizing antibody straddled both front and back layers, and thereby defined a new neutralizing epitope on E2. The small size of complexes between conventional (monovalent) Fabs and E2 (~110 kDa) presented a challenge for cryo-EM. Accordingly, we engineered bivalent versions of E2-specific Fabs that doubled the size of Fab-E2 complexes and conferred highly identifiable shapes to the complexes that facilitated particle selection and orientation for image processing. This study validates bivalent Fabs as new fiducial markers for cryo-EM analysis of small proteins such as HCV E2 and identifies a new target epitope for vaccine development.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年7月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CBH-7 Heavy chain
B: CBH-7 Light chain
C: CBH-7 Heavy chain
D: CBH-7 Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2289
ポリマ－105,7914
非ポリマー4375
水14,088782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.935, 101.912, 109.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 CBH-7 Heavy chain


分子量: 27417.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CBH-7 Light chain


分子量: 25477.658 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): HEK293 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 782 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium phosphate dibasic pH 4.2, 0.2 M NaCl, and 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 107383 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.42 Å2 / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 27.75
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Num. unique obs: 5314 / CC1/2: 0.911 / CC star: 0.976 / Rpim(I) all: 0.238 / Rrim(I) all: 0.595 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-3000データ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6X9X

6x9x


解像度: 1.62→46.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.222 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21384 5362 5 %RANDOM
Rwork0.17695 ---
obs0.17881 102019 98.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.84 Å2-0 Å2-0.37 Å2
2---1.2 Å2-0 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.62→46.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6449 0 29 782 7260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136704
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.6419145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.441.56914091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3155885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.10622.878271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.626151038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7941526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027687
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0772.2843498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0752.2833497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9323.4194376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9333.424377
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.022.5233206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0212.5233205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4633.6654763
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.07127.8697173
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.07127.8717174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.664 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 357 -
Rwork0.255 7323 -
obs--95.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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