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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tf9 | ||||||
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タイトル | Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with myo-5-IP7, produced upon myo-IP6 phosphorylation by TvI | ||||||
要素 | Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / inositol phosphate / inositol / phosphatase / NUT3 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / RNA decapping / endopolyphosphatase activity ...diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / RNA decapping / endopolyphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cell-cell signaling / manganese ion binding / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2024 タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus. 著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tf9.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tf9.ent.gz | 32.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tf9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tf9_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tf9_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tf9_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tf9_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tf9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t8uC 8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17115.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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-非ポリマー , 5種, 171分子
#2: 化合物 | ChemComp-I7P / ( | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-F / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10% w/v PEG8000, 10% v/v isopropanol, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 5 mM IP6, soaked in 200 mM lithium chloride, 20% w/v PEG8000, 20% v/v isopropanol, 100 mM sodium ...詳細: 10% w/v PEG8000, 10% v/v isopropanol, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 5 mM IP6, soaked in 200 mM lithium chloride, 20% w/v PEG8000, 20% v/v isopropanol, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 20 mM magnesium chloride, 100 mM sodium fluoride in presence of TvIPK reaction solution with myo-IP6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 24404 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 4.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.55→35.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.73 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.894 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.55→35.94 Å
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拘束条件 |
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