PDB-8t8u: Crystal structure of Terrestrivirus full-length Inositol pyrophos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t8u

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus full-length Inositol pyrophosphate kinase in complex with ADP

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol phosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t8u.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t8u.ent.gz	45.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t8u_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t8u_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8t8u_validation.xml.gz	12 KB	表示
CIF形式データ	8t8u_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t95C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC 5w2gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

31 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.929, 104.902, 102.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-520- HOH
2	1	A-597- HOH

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 30395.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4 and 10% Ethylene Glycol in presence of 5mM ADP and 10mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22385 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.5 % / CC_1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 0.921 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 211914

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	8.5	0.865	1092	0.718	0.914	0.311	0.923	0.88	97.8
2.03-2.07	8.8	0.753	1084	0.813	0.947	0.27	0.802	0.897	98
2.07-2.11	8.9	0.631	1098	0.87	0.964	0.224	0.672	0.927	99.2
2.11-2.15	9.3	0.562	1112	0.9	0.973	0.197	0.597	0.956	99.6
2.15-2.2	9.2	0.468	1089	0.932	0.982	0.165	0.498	0.964	99.5
2.2-2.25	8.6	0.425	1109	0.915	0.977	0.156	0.454	0.985	99.7
2.25-2.31	9.2	0.366	1101	0.956	0.989	0.129	0.389	0.97	100
2.31-2.37	10.1	0.286	1117	0.976	0.994	0.095	0.302	0.989	100
2.37-2.44	10.2	0.242	1109	0.983	0.996	0.08	0.255	0.986	100
2.44-2.52	10.1	0.208	1123	0.984	0.996	0.07	0.22	1.029	100
2.52-2.61	10	0.174	1101	0.986	0.996	0.059	0.184	0.995	100
2.61-2.71	10	0.147	1109	0.99	0.997	0.05	0.156	0.998	100
2.71-2.84	9.8	0.115	1119	0.992	0.998	0.039	0.122	1.007	99.6
2.84-2.99	9.7	0.101	1123	0.992	0.998	0.034	0.107	1.015	99.6
2.99-3.17	9.2	0.077	1125	0.995	0.999	0.027	0.082	0.967	99.7
3.17-3.42	9	0.065	1121	0.995	0.999	0.022	0.069	0.92	99.4
3.42-3.76	10.3	0.054	1133	0.998	0.999	0.017	0.056	0.832	100
3.76-4.31	10	0.046	1146	0.998	0.999	0.015	0.048	0.719	100
4.31-5.43	9.5	0.043	1155	0.998	0.999	0.014	0.045	0.643	100
5.43-50	8.9	0.049	1219	0.996	0.999	0.017	0.052	0.751	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5W2G

5w2g

解像度: 2.01→36.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 3.153 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20443	1091	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17362	-	-	-
obs	0.17523	19768	92.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.321 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.01→36.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1758	0	34	168	1960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1863
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.243	1.642	2520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.231	1.587	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.614	5	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.946	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.007	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.219	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.544	2.713	882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.542	2.706	881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.653	4.044	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.652	4.053	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.745	3.002	981
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.729	2.998	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.958	4.389	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.995	50.476	7670
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.985	50.469	7667
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.01→2.062 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	52	-
R_work	0.228	1027	-
obs	-	-	65.04 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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