PDB-8t95: Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t95

タイトル

Crystal structure of Terrestrivirus Inositol pyrophosphatase kinase in complex with ADP and scyllo-(1,2,4,5)-IP4

要素

Kinase

キーワード

VIRAL PROTEIN / Virus / Kinase / inositol phosphate / soil

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol phosphate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Terrestrivirus sp. (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Biochemical and structural characterization of an inositol pyrophosphate kinase from a giant virus.
著者: Zong, G. / Desfougeres, Y. / Portela-Torres, P. / Kwon, Y.U. / Saiardi, A. / Shears, S.B. / Wang, H.

履歴

登録	2023年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t95.cif.gz	64.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t95.ent.gz	43.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t95.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t95_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t95_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8t95_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	8t95_validation.cif.gz	15.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t8uC 8t8vC 8t8wC 8t8xC 8t8yC 8t8zC 8t90C 8t91C 8t92C 8t93C 8t96C 8t97C 8t98C 8t99C 8tf9C 8tfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kinase

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.258, 103.064, 104.065
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Kinase 分子量: 28688.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Terrestrivirus sp. (ウイルス) / 遺伝子: Terrestrivirus9_15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3G4ZNY6
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-I4P / (1S,3R,4R,6S)-1,3,4,6-TETRAPKISPHOSPHATE 分子量: 500.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₆O₁₈P₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM scyllo- (1,2,4,5)IP4, ...詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM scyllo- (1,2,4,5)IP4, 5mM ADP and 10mM MgCl2

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 10mM NaH2PO4, 10% Ethylene Glycol, 5mM ADP and 10mM MgCl2, then soaked in 25% PEG8000, 100mM HEPES pH 7.0, 20% Ethylene Glycol with 5mM scyllo- (1,2,4,5)IP4, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 10807 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 9.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.6-2.64	13.8	0.858	545	0.869	0.964	0.238	0.891	0.999	100
2.64-2.69	13.7	0.722	521	0.905	0.975	0.202	0.75	1.014	100
2.69-2.74	13.7	0.624	532	0.923	0.98	0.175	0.648	1.007	100
2.74-2.8	13.8	0.556	517	0.948	0.987	0.155	0.577	0.986	100
2.8-2.86	13.6	0.423	550	0.97	0.992	0.119	0.44	1.023	100
2.86-2.93	13.5	0.421	526	0.96	0.99	0.118	0.437	1.021	100
2.93-3	13.5	0.345	530	0.981	0.995	0.097	0.359	1.018	99.8
3-3.08	13.3	0.274	521	0.987	0.997	0.078	0.285	1.038	99.6
3.08-3.17	13	0.214	548	0.99	0.998	0.061	0.223	1.032	100
3.17-3.28	12.7	0.177	520	0.992	0.998	0.051	0.185	1.019	99.8
3.28-3.39	12.1	0.142	540	0.989	0.997	0.042	0.148	1.026	100
3.39-3.53	10.9	0.11	537	0.996	0.999	0.034	0.115	0.968	100
3.53-3.69	13.6	0.088	525	0.998	0.999	0.025	0.092	0.891	99.8
3.69-3.88	14	0.072	545	0.998	1	0.02	0.075	0.854	100
3.88-4.13	14	0.055	534	0.999	1	0.015	0.057	0.779	100
4.13-4.45	13.7	0.048	549	0.998	1	0.013	0.05	0.689	100
4.45-4.89	13.4	0.042	555	0.999	1	0.012	0.044	0.639	100
4.89-5.6	13	0.049	546	0.998	0.999	0.014	0.05	0.903	100
5.6-7.05	11.4	0.047	561	0.998	0.999	0.014	0.05	0.757	99.6
7.05-50	12.7	0.051	605	0.996	0.999	0.015	0.053	1.717	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.61→37.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 8.112 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22773	552	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16871	-	-	-
obs	0.17184	10209	99.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.61→37.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	56	79	1899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.709	1.663	2513
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.316	1.596	3914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.781	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.194	23.367	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.886	15	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	30.103	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	378
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.406	3.851	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.366	3.847	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.31	5.764	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.321	5.771	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.734	4.657	992
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.622	4.632	988
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.234	6.755	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.649	45.93	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.656	45.729	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.678 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	35	-
R_work	0.253	703	-
obs	-	-	93.06 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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