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- PDB-8te4: Crystal structure of the methyltransferase domain of R882H/N879A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8te4
タイトルCrystal structure of the methyltransferase domain of R882H/N879A DNMT3A homotetramer
要素DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
キーワードTRANSFERASE / DNA methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cellular response to hypoxia / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase ...positive regulation of cellular response to hypoxia / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / protein-cysteine methyltransferase activity / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity / cellular response to bisphenol A / unmethylated CpG binding / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpNpG substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase activity, acting on CpN substrates / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase / autosome genomic imprinting / SUMOylation of DNA methylation proteins / XY body / cellular response to ethanol / response to vitamin A / response to ionizing radiation / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / lncRNA binding / hepatocyte apoptotic process / chromosome, centromeric region / catalytic complex / heterochromatin / DNA methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / PRC2 methylates histones and DNA / post-embryonic development / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / cellular response to amino acid stimulus / response to cocaine / response to lead ion / euchromatin / RMTs methylate histone arginines / nuclear matrix / response to toxic substance / neuron differentiation / transcription corepressor activity / response to estradiol / spermatogenesis / methylation / cellular response to hypoxia / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site ...DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A, ADD domain / : / DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, N-terminal / DNMT3, cysteine rich ADD domain / : / DNMT3, cysteine rich ADD domain, GATA1-like zinc finger / DNMT3, ADD PHD zinc finger / ADD domain / ADD domain profile. / DNA methylase, C-5 cytosine-specific, active site / C-5 cytosine-specific DNA methylases active site. / C-5 cytosine-specific DNA methylase (Dnmt) domain profile. / C-5 cytosine methyltransferase / C-5 cytosine-specific DNA methylase / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Lu, J.W. / Song, J.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure-guided functional suppression of AML-associated DNMT3A hotspot mutations.
著者: Lu, J. / Guo, Y. / Yin, J. / Chen, J. / Wang, Y. / Wang, G.G. / Song, J.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
E: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
H: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
F: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
G: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,39328
ポリマ－262,3828
非ポリマー3,01120
水10,953608
1
A: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
B: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
E: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
F: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,88116
ポリマ－131,1914
非ポリマー1,69012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
H: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
D: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
G: DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,51212
ポリマ－131,1914
非ポリマー1,3218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.068, 178.068, 109.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3A / Dnmt3a / Cysteine methyltransferase DNMT3A / DNA methyltransferase HsaIIIA / DNA MTase HsaIIIA / M.HsaIIIA


分子量: 32797.770 Da / 分子数: 8 / 断片: methyltransferase domain (UNP residues 628-912) / 変異: R882H,N879A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNMT3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y6K1, DNA (cytosine-5-)-methyltransferase, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2-0.4 M potassium sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 113612 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 53.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 1.234 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 621954
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.65-2.745.31.562113480.3450.751.7341.036
2.74-2.855.41.168113370.4790.5581.2961.058
2.85-2.985.30.833114150.6420.3980.9241.113
2.98-3.145.40.549113200.8250.2620.6081.165
3.14-3.345.40.361113700.9170.1710.41.25
3.34-3.65.50.211113460.9740.0990.2331.344
3.6-3.965.60.135113870.9870.0630.1491.376
3.96-4.535.60.099113460.9930.0460.1091.509
4.53-5.715.60.089113560.9930.0420.0991.371
5.71-505.70.038113870.9990.0170.0411.092

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5YX2

5yx2


解像度: 2.65→46.76 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1995 1.77 %
Rwork0.2027 110935 -
obs0.2033 112930 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 180.97 Å2 / Biso mean: 58.7591 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→46.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13969 0 200 610 14779
Biso mean--66.68 52.77 -
残基数----1761
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.65-2.710.40551400.34537695783597
2.71-2.790.30231400.3187889802999
2.79-2.870.39151460.29617910805699
2.87-2.960.33061420.28627938808099
2.96-3.070.30791440.27577874801899
3.07-3.190.32331400.25437946808699
3.19-3.330.26261410.21779628103100
3.33-3.510.24611320.214479418073100
3.51-3.730.22781430.191179778120100
3.73-4.020.16911500.179479838133100
4.02-4.420.19291420.15779458087100
4.42-5.060.17681480.153679858133100
5.06-6.370.20141390.175779608099100
6.37-46.760.241480.18357930807899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 35.5363 Å / Origin y: -51.78 Å / Origin z: 35.6676 Å
111213212223313233
T0.5509 Å20.0024 Å2-0.0003 Å2-0.5165 Å20.1312 Å2--0.5709 Å2
L-0.1619 °2-0.0063 °20.0004 °2-0.3199 °2-0.295 °2--0.1708 °2
S0.0172 Å °0.0032 Å °-0.0014 Å °-0.0022 Å °-0.1288 Å °-0.2183 Å °0.0023 Å °0.2223 Å °0.1012 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA626 - 1701
2X-RAY DIFFRACTION1allB626 - 1701
3X-RAY DIFFRACTION1allB1801
4X-RAY DIFFRACTION1allC626 - 1001
5X-RAY DIFFRACTION1allC1201 - 1501
6X-RAY DIFFRACTION1allE628 - 912
7X-RAY DIFFRACTION1allH628 - 912
8X-RAY DIFFRACTION1allF628 - 912
9X-RAY DIFFRACTION1allD626 - 1005
10X-RAY DIFFRACTION1allD1101 - 1401
11X-RAY DIFFRACTION1allG629 - 912
12X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 642

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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