PDB-8td5: Structure of PYCR1 complexed with NADH and Tetrahydrothiophene-2-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td5

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and Tetrahydrothiophene-2-carboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1).
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td5.cif.gz	520.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td5.ent.gz	428.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8td5_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8td5_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	8td5_validation.xml.gz	55.7 KB	表示
CIF形式データ	8td5_validation.cif.gz	76.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td6C 8td7C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.472, 179.977, 87.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-542- HOH
2	1	A-585- HOH
3	1	E-519- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-UJP / (2R)-thiolane-2-carboxylic acid / (2R)-テトラヒドロチオフェン-2-カルボン酸分子量: 132.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₈O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM Tetrahydrothiophene-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM Tetrahydrothiophene-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 100 mM Tetrahydrothiophene-2-carboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.89 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 360 mM Li2SO4, 18% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 20 mM Tetrahydrothiophene-2-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→91.17 Å / Num. obs: 282176 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.81→1.84 Å / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 1.176 / Num. measured all: 28035 / Num. unique obs: 6630 / CC_1/2: 0.424 / R_pim(I) all: 0.63 / R_rim(I) all: 1.339 / Net I/σ(I) obs: 1.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.81→55.31 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2089	14143	5.01 %
R_work	0.1796	-	-
obs	0.181	282176	95.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→55.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9915	0	275	567	10757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10426
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.894	14211
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.866	3649
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1735
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1801

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.81-1.83	0.3605	423	0.3248	7510	X-RAY DIFFRACTION	80
1.83-1.85	0.3163	475	0.3122	8513	X-RAY DIFFRACTION	90
1.85-1.87	0.3295	425	0.2945	8013	X-RAY DIFFRACTION	85
1.87-1.89	0.2716	420	0.2923	9020	X-RAY DIFFRACTION	96
1.89-1.92	0.3184	459	0.2852	9110	X-RAY DIFFRACTION	96
1.92-1.95	0.2897	476	0.2663	9027	X-RAY DIFFRACTION	96
1.95-1.97	0.2981	478	0.2618	8975	X-RAY DIFFRACTION	96
1.97-2	0.2674	524	0.2403	9095	X-RAY DIFFRACTION	96
2-2.03	0.2671	412	0.2294	9078	X-RAY DIFFRACTION	97
2.03-2.07	0.24	494	0.2226	9093	X-RAY DIFFRACTION	97
2.07-2.1	0.2453	481	0.2142	9048	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1-2.14	0.216	518	0.2065	9070	X-RAY DIFFRACTION	96
2.14-2.18	0.2136	463	0.202	9102	X-RAY DIFFRACTION	97
2.18-2.23	0.2168	508	0.1874	9055	X-RAY DIFFRACTION	97
2.23-2.28	0.2333	527	0.1898	9001	X-RAY DIFFRACTION	97
2.28-2.33	0.2348	497	0.1901	9022	X-RAY DIFFRACTION	96
2.33-2.39	0.2298	530	0.1959	9048	X-RAY DIFFRACTION	96
2.39-2.45	0.2445	415	0.1965	9102	X-RAY DIFFRACTION	96
2.45-2.52	0.203	486	0.1861	8901	X-RAY DIFFRACTION	95
2.52-2.61	0.2125	444	0.1807	8645	X-RAY DIFFRACTION	92
2.61-2.7	0.2082	431	0.1822	8696	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7-2.81	0.2307	469	0.187	9117	X-RAY DIFFRACTION	97
2.81-2.93	0.23	417	0.19	9290	X-RAY DIFFRACTION	97
2.93-3.09	0.2366	512	0.1935	9117	X-RAY DIFFRACTION	98
3.09-3.28	0.2034	432	0.1814	9198	X-RAY DIFFRACTION	97
3.28-3.54	0.2295	467	0.1766	9137	X-RAY DIFFRACTION	97
3.54-3.89	0.1762	514	0.1553	9051	X-RAY DIFFRACTION	97
3.89-4.45	0.1577	484	0.135	9037	X-RAY DIFFRACTION	96
4.45-5.61	0.1575	486	0.1434	8763	X-RAY DIFFRACTION	94
5.61-55.31	0.1837	476	0.1476	9199	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5385	0.0673	0.5611	0.345	-0.001	1.9569	0.0285	-0.1011	0.0078	0.0987	-0.0411	-0.0404	0.0499	0.0785	0.0058	0.2123	-0.0036	-0.0112	0.2646	-0.0147	0.267	26.428	173.3149	24.2843
2	1.0266	0.3441	-0.9008	0.4407	-0.3893	1.8342	0.0412	-0.0074	0.0252	-0.0741	-0.0225	-0.0999	-0.1596	0.2602	-0.0194	0.2338	-0.0118	-0.0156	0.2737	-0.0248	0.2753	33.0104	182.973	-5.8213
3	0.5111	-0.1019	-0.3382	1.0705	-0.5489	2.22	-0.1119	-0.1588	-0.1243	0.2057	-0.0022	0.0339	0.3576	0.0314	0.1172	0.3469	0.0422	0.0142	0.2392	0.0063	0.2854	10.2857	138.7931	18.7949
4	1.1194	-0.4089	-0.8181	0.8824	0.1394	2.4031	-0.0505	0.0471	-0.1041	-0.1752	-0.0259	-0.1616	0.253	0.4986	0.0689	0.3054	0.0632	0.0116	0.3039	-0.0019	0.2942	26.5122	144.4743	-7.8741
5	0.6384	0.1141	-0.45	1.2629	0.4075	2.1996	0.1072	-0.2309	0.1241	0.2372	-0.0748	0.0513	-0.3156	0.1243	-0.0367	0.2666	-0.0291	0.0058	0.2677	-0.0113	0.2977	0.2274	200.5496	15.8883

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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