PDB-8td7: Structure of PYCR1 complexed with 2S-hydroxy-3-methylbutyric acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8td7

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 2S-hydroxy-3-methylbutyric acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PROLINE BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / : / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1).
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2025年8月13日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8td7.cif.gz	520.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8td7.ent.gz	427.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8td7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8td7_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8td7_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8td7_validation.xml.gz	65.2 KB	表示
CIF形式データ	8td7_validation.cif.gz	86.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8td7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td5C 8td6C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8vreC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

169 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
338 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.848, 179.347, 87.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.67, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-558- HOH
2	1	A-593- HOH
3	1	E-514- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-LHV / (2S)-2-hydroxy-3-methylbutanoic acid タイプ: peptide-like / 分子量: 118.131 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 300 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM (S)-(+)-2-hydroxy-3-methylbutyric acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...詳細: Reservoir contained 300 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM (S)-(+)-2-hydroxy-3-methylbutyric acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 125 mM (S)-(+)-2-hydroxy-3-methylbutyric acid

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.57 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 300 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM (S)-(+)-2-hydroxy-3-methylbutyric acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→90.76 Å / Num. obs: 205851 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 13.6 / Num. measured all: 774215
反射シェル	解像度: 1.61→1.64 Å / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.981 / Num. measured all: 36801 / Num. unique obs: 10228 / CC_1/2: 0.595 / R_pim(I) all: 0.586 / R_rim(I) all: 1.147 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.61→90.76 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1943	10469	5.09 %
R_work	0.1732	-	-
obs	0.1743	205748	98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→90.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9873	0	72	742	10687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	10203
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.845	13890
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.033	3570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1698
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1794

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.63	0.3387	400	0.3163	6454	X-RAY DIFFRACTION	98
1.63-1.65	0.3329	329	0.2963	6525	X-RAY DIFFRACTION	98
1.65-1.67	0.2666	351	0.2692	6569	X-RAY DIFFRACTION	98
1.67-1.69	0.2821	367	0.2615	6524	X-RAY DIFFRACTION	98
1.69-1.71	0.28	360	0.2641	6459	X-RAY DIFFRACTION	98
1.71-1.73	0.3081	349	0.2823	6546	X-RAY DIFFRACTION	98
1.73-1.76	0.303	356	0.2729	6508	X-RAY DIFFRACTION	98
1.76-1.78	0.2738	359	0.2521	6519	X-RAY DIFFRACTION	98
1.78-1.81	0.28	310	0.2452	6528	X-RAY DIFFRACTION	98
1.81-1.84	0.236	327	0.2368	6476	X-RAY DIFFRACTION	97
1.84-1.87	0.2281	338	0.2109	6456	X-RAY DIFFRACTION	98
1.87-1.91	0.2298	342	0.192	6590	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.95	0.2257	364	0.1882	6562	X-RAY DIFFRACTION	99
1.95-1.98	0.2076	379	0.1821	6566	X-RAY DIFFRACTION	99
1.98-2.03	0.2262	352	0.1869	6558	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.08	0.2155	347	0.1837	6631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.08-2.13	0.2144	377	0.1927	6531	X-RAY DIFFRACTION	99
2.13-2.18	0.1888	367	0.1852	6606	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.25	0.1989	334	0.1674	6584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.25-2.32	0.211	343	0.1728	6541	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.4	0.1883	368	0.1687	6526	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4-2.5	0.1988	357	0.1714	6561	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5-2.61	0.1947	340	0.1683	6345	X-RAY DIFFRACTION	96
2.61-2.75	0.2129	335	0.1771	6522	X-RAY DIFFRACTION	98
2.75-2.92	0.1916	320	0.1723	6532	X-RAY DIFFRACTION	98
2.92-3.15	0.1851	324	0.1697	6517	X-RAY DIFFRACTION	98
3.15-3.47	0.1887	331	0.1677	6472	X-RAY DIFFRACTION	97
3.47-3.97	0.179	337	0.1507	6421	X-RAY DIFFRACTION	96
3.97-5	0.1486	362	0.1348	6254	X-RAY DIFFRACTION	94
5-90.76	0.1655	344	0.1558	6396	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5653	0.0073	0.6827	0.2841	-0.1273	2.7444	0.0285	-0.1326	-0.0035	0.0951	-0.026	-0.0349	0.068	0.1156	0.0019	0.1668	-0.0052	-0.0231	0.2335	-0.0106	0.2495	26.4259	173.7494	24.5653
2	1.1552	0.2708	-1.0985	0.3504	-0.0821	2.3905	0.0986	-0.0261	0.0655	-0.1188	-0.0067	-0.07	-0.3276	0.3324	-0.0742	0.2243	-0.0265	-0.0124	0.2461	-0.0155	0.246	32.8763	183.2512	-6.0704
3	0.3575	-0.2028	-0.2141	0.7048	-0.2561	2.4091	-0.1377	-0.1438	-0.1106	0.1702	-0.0009	0.0412	0.5271	-0.002	0.1276	0.3699	0.0372	0.0321	0.2186	0.0133	0.2683	10.4104	139.5128	19.3572
4	0.6934	-0.3695	-0.5251	0.8088	0.4174	2.5117	-0.041	0.0245	-0.0811	-0.1555	0.0396	-0.1696	0.2159	0.6731	0.0136	0.2525	0.0698	0.0166	0.3349	0.0019	0.2636	26.2128	145.1953	-7.8402
5	0.9309	0.1255	-0.7691	1.0613	0.0049	1.6386	0.2051	-0.3484	0.1799	0.3009	-0.0876	0.0554	-0.4364	0.2469	-0.0584	0.3083	-0.0766	0.0149	0.2556	-0.0409	0.2605	-0.0095	201.0021	15.7704

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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