PDB-8tcz: Structure of PYCR1 complexed with 2-(pyridin-2-yl)cyclopropane-1-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcz

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 2-(pyridin-2-yl)cyclopropane-1-carboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcz.cif.gz	503.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcz.ent.gz	413.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcz_validation.pdf.gz	795 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcz_full_validation.pdf.gz	800.1 KB	表示
XML形式データ	8tcz_validation.xml.gz	48 KB	表示
CIF形式データ	8tcz_validation.cif.gz	68.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcuC 8tcvC 8tcwC 8tcxC 8tcyC 8td0C 8td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

168 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
337 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.147, 179.293, 87.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-429- HOH
2	1	A-431- HOH
3	1	E-405- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZRI / (1S,2S)-2-(pyridin-2-yl)cyclopropane-1-carboxylic acid 分子量: 163.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 450 mM Li2SO4, 17.5% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-(pyridin-2-yl)cyclopropane-1-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 450 mM Li2SO4, 17.5% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-(pyridin-2-yl)cyclopropane-1-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 125 mM 2-(pyridin-2-yl)cyclopropane-1-carboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.75 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 450 mM Li2SO4, 17.5% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-(pyridin-2-yl)cyclopropane-1-carboxylic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→90.89 Å / Num. obs: 93857 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 444668
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.994 / Num. measured all: 19742 / Num. unique obs: 4547 / CC_1/2: 0.47 / R_pim(I) all: 0.532 / R_rim(I) all: 1.134 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.1→84.11 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 19.89 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	4597	4.9 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1796	93810	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→84.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9783	0	42	284	10109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895	13632
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.949	3461
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1677
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.2704	163	0.2657	2868	X-RAY DIFFRACTION	98
2.12-2.15	0.2783	166	0.2608	2883	X-RAY DIFFRACTION	96
2.15-2.18	0.3077	151	0.2503	2908	X-RAY DIFFRACTION	98
2.18-2.2	0.2507	171	0.2347	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.2947	161	0.2303	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.2678	166	0.2219	3006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.2613	166	0.213	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.2714	157	0.2065	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.2283	154	0.2103	2965	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.2241	164	0.1948	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.45	0.2448	156	0.2	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.49	0.2638	146	0.1886	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.2384	143	0.1844	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.2071	153	0.1831	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.65	0.2635	136	0.1994	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.71	0.2472	142	0.1986	2998	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.78	0.2292	142	0.2095	2995	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.85	0.2174	156	0.2056	2980	X-RAY DIFFRACTION	99
2.85-2.93	0.2288	170	0.2078	2952	X-RAY DIFFRACTION	98
2.93-3.03	0.2419	150	0.1996	2895	X-RAY DIFFRACTION	97
3.03-3.14	0.2098	143	0.1882	2875	X-RAY DIFFRACTION	96
3.14-3.26	0.2066	144	0.1941	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.41	0.2396	135	0.1996	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.59	0.219	155	0.1871	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.82	0.1808	166	0.1626	2991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.11	0.1698	147	0.1523	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-4.52	0.1554	153	0.1396	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
4.52-5.18	0.1513	149	0.1408	2988	X-RAY DIFFRACTION	99
5.18-6.53	0.2307	147	0.1861	2935	X-RAY DIFFRACTION	97
6.53-84.11	0.1522	145	0.1386	3046	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4571	0.0655	0.6658	0.2053	-0.0692	2.4649	0.0273	-0.1225	0.008	0.0893	-0.0155	-0.0427	0.0743	0.0397	-0.0075	0.2247	-0.0036	-0.0323	0.3119	-0.0169	0.3502	26.5031	174.0275	24.5663
2	1.577	0.5566	-1.3506	0.4738	-0.4568	2.3493	0.0625	-0.0196	0.0454	-0.0935	-0.0076	-0.1255	-0.2179	0.2683	-0.0604	0.3006	-0.011	-0.0178	0.3347	-0.0295	0.3931	33.0142	183.2781	-5.8124
3	0.5219	-0.1277	-0.3478	1.3723	-0.7088	2.8573	-0.1081	-0.1531	-0.1269	0.2856	-0.0444	0.0685	0.422	-0.0147	0.155	0.4442	0.0278	0.0203	0.294	-0.0152	0.3783	10.4804	139.5025	19.0068
4	1.4907	-0.7531	-1.3718	1.1641	0.5376	3.2213	0.0279	0.0232	-0.0544	-0.2201	-0.0066	-0.1926	0.1687	0.5813	-0.0175	0.3577	0.0557	-0.0218	0.3834	-0.0102	0.3829	26.2849	145.0876	-7.6027
5	0.7798	0.2292	-0.5283	1.4752	0.5514	2.9426	0.1411	-0.2803	0.1474	0.279	-0.1261	0.092	-0.4276	0.1634	-0.0258	0.3508	-0.0436	-0.004	0.335	-0.0117	0.3938	0.0024	201.0425	15.8522

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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