PDB-8tcy: Structure of PYCR1 complexed with 7-fluoro-2-oxo-1,2,3,4-tetrahyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcy

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 7-fluoro-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-6-carboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcy.cif.gz	506.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcy.ent.gz	416.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcy_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcy_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8tcy_validation.xml.gz	49.3 KB	表示
CIF形式データ	8tcy_validation.cif.gz	69.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcuC 8tcvC 8tcwC 8tcxC 8tczC 8td0C 8td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

169 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
337 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.760, 179.602, 88.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.90, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-536- HOH
2	1	E-512- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-ZRE / 7-fluoro-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-6-carboxylic acid 分子量: 209.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈FNO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 300 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 7-fluoro-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-6-carboxylic acid. Crystal was ...詳細: Reservoir contained 300 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 7-fluoro-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-6-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2So4, 20% PEG 200, and 63 mM 7-fluoro-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-6-carboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.68 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 300 mM Li2SO4, 19% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 7-fluoro-2-oxo-1,2,3,4-tetrahydroquinoline-6-carboxylic acid. Crystal was ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→90.66 Å / Num. obs: 115546 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 552605
反射シェル	解像度: 1.95→1.99 Å / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 1.521 / Num. measured all: 27867 / Num. unique obs: 5673 / CC_1/2: 0.419 / R_pim(I) all: 0.762 / R_rim(I) all: 1.704 / Net I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.95→89.8 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	5687	4.92 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1883	115475	97.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→89.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9825	0	57	310	10192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10050
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.842	13685
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.986	3465
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1673
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1776

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.3423	171	0.3207	3602	X-RAY DIFFRACTION	97
1.97-2	0.3228	207	0.3053	3623	X-RAY DIFFRACTION	98
2-2.02	0.2968	180	0.2851	3668	X-RAY DIFFRACTION	98
2.02-2.05	0.2975	190	0.2705	3654	X-RAY DIFFRACTION	98
2.05-2.07	0.3058	206	0.2613	3650	X-RAY DIFFRACTION	98
2.07-2.1	0.2689	176	0.245	3704	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1-2.13	0.2622	183	0.2405	3641	X-RAY DIFFRACTION	98
2.13-2.16	0.287	197	0.2414	3668	X-RAY DIFFRACTION	98
2.16-2.2	0.2782	188	0.2296	3706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.23	0.2401	178	0.2215	3678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.23-2.27	0.248	169	0.2191	3673	X-RAY DIFFRACTION	98
2.27-2.31	0.278	178	0.2099	3708	X-RAY DIFFRACTION	98
2.31-2.36	0.2419	193	0.2	3642	X-RAY DIFFRACTION	98
2.36-2.41	0.2183	211	0.1979	3689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.41-2.46	0.2321	210	0.1968	3670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.46-2.52	0.2327	201	0.1891	3672	X-RAY DIFFRACTION	98
2.52-2.58	0.2146	201	0.1895	3671	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.65	0.2082	182	0.1967	3662	X-RAY DIFFRACTION	98
2.65-2.73	0.2243	158	0.196	3466	X-RAY DIFFRACTION	93
2.73-2.82	0.2647	179	0.1992	3484	X-RAY DIFFRACTION	93
2.82-2.92	0.3024	194	0.2266	3716	X-RAY DIFFRACTION	99
2.92-3.03	0.2331	189	0.21	3715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.03-3.17	0.2562	183	0.1899	3724	X-RAY DIFFRACTION	99
3.17-3.34	0.216	189	0.2005	3721	X-RAY DIFFRACTION	99
3.34-3.55	0.2423	177	0.1975	3732	X-RAY DIFFRACTION	99
3.55-3.82	0.1961	207	0.1705	3685	X-RAY DIFFRACTION	99
3.82-4.21	0.1846	191	0.1599	3739	X-RAY DIFFRACTION	99
4.21-4.81	0.1658	181	0.1413	3641	X-RAY DIFFRACTION	97
4.81-6.06	0.2101	201	0.179	3438	X-RAY DIFFRACTION	92
6.07-89.8	0.1603	217	0.1474	3746	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7638	0.0611	1.2468	0.2434	-0.1961	3.2911	0.0494	-0.1817	0.017	0.113	-0.0322	-0.0492	0.0904	0.0094	-0.0165	0.2749	0.0035	-0.0194	0.371	-0.029	0.3614	26.2895	173.8114	24.5666
2	1.7376	0.5486	-1.6587	0.5151	-0.3525	2.9991	0.1124	-0.0532	0.0449	-0.1181	-0.0062	-0.1415	-0.3224	0.4495	-0.1073	0.3159	-0.0216	-0.0139	0.3882	-0.0356	0.3722	32.8176	183.2626	-6.0287
3	0.4739	-0.0825	-0.3817	1.3403	-0.8068	2.7702	-0.1056	-0.1661	-0.1107	0.2808	-0.0477	0.0393	0.4687	0.0355	0.1569	0.5362	0.0528	0.0396	0.3416	0.0051	0.3981	10.2261	139.8004	19.0436
4	1.5853	-0.733	-1.6399	0.7334	0.4494	3.3376	-0.0359	0.0075	-0.0885	-0.1562	-0.0631	-0.1315	0.2853	0.5506	0.0977	0.4253	0.0988	-0.0026	0.3929	0.0249	0.3918	26.0467	145.4174	-8.1383
5	0.6745	0.0977	-0.6201	1.069	0.848	2.7918	0.1479	-0.2683	0.1482	0.1668	-0.093	0.078	-0.2599	0.1846	-0.0646	0.3305	-0.0458	0.012	0.3325	-0.0061	0.3985	-0.134	200.9152	16.1408

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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