PDB-8tcx: Structure of PYCR1 complexed with 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroqui...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcx

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinazoline-6-carboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcx.cif.gz	505.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcx.ent.gz	415.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcx_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcx_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8tcx_validation.xml.gz	52 KB	表示
CIF形式データ	8tcx_validation.cif.gz	72.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcuC 8tcvC 8tcwC 8tcyC 8tczC 8td0C 8td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

169 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
338 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.370, 179.400, 88.259
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.93, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-561- HOH
2	1	A-589- HOH
3	1	E-417- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-ZR9 / 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinazoline-6-carboxylic acid 分子量: 206.155 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₆N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinazoline-6-carboxylic acid. Crystal was soaked ...詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinazoline-6-carboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 25 mM 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinazoline-6-carboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.07 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 400 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydroquinazoline-6-carboxylic acid. Crystal was soaked ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→91 Å / Num. obs: 164433 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 762637
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.355 / Num. measured all: 37676 / Num. unique obs: 8172 / CC_1/2: 0.569 / R_pim(I) all: 0.696 / R_rim(I) all: 1.527 / Net I/σ(I) obs: 1.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.72→91 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	8136	4.95 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.1881	164208	94.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9715	0	80	480	10275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9977
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	13597
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.017	3403
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1655
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1765

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.74	0.3865	287	0.3763	5144	X-RAY DIFFRACTION	94
1.74-1.76	0.3748	241	0.3486	5299	X-RAY DIFFRACTION	95
1.76-1.78	0.3177	264	0.324	5195	X-RAY DIFFRACTION	95
1.78-1.8	0.3714	265	0.326	5208	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8-1.83	0.3142	275	0.3052	5240	X-RAY DIFFRACTION	96
1.83-1.85	0.3056	287	0.2796	5256	X-RAY DIFFRACTION	96
1.85-1.88	0.2627	286	0.2491	5260	X-RAY DIFFRACTION	96
1.88-1.91	0.273	274	0.2379	5227	X-RAY DIFFRACTION	96
1.91-1.94	0.2434	280	0.2236	5201	X-RAY DIFFRACTION	95
1.94-1.97	0.2415	248	0.2131	5136	X-RAY DIFFRACTION	94
1.97-2	0.2418	251	0.2092	4789	X-RAY DIFFRACTION	87
2-2.04	0.2314	276	0.2005	5157	X-RAY DIFFRACTION	95
2.04-2.08	0.2481	256	0.2037	5351	X-RAY DIFFRACTION	97
2.08-2.12	0.2199	259	0.2033	5295	X-RAY DIFFRACTION	97
2.12-2.17	0.256	269	0.2103	5352	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.22	0.2076	286	0.1938	5300	X-RAY DIFFRACTION	97
2.22-2.27	0.2048	266	0.1785	5345	X-RAY DIFFRACTION	97
2.27-2.33	0.1914	289	0.1807	5314	X-RAY DIFFRACTION	97
2.33-2.4	0.1986	268	0.1821	5340	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4-2.48	0.2003	281	0.1818	5318	X-RAY DIFFRACTION	97
2.48-2.57	0.1916	283	0.1772	5302	X-RAY DIFFRACTION	97
2.57-2.67	0.2151	265	0.189	5253	X-RAY DIFFRACTION	95
2.67-2.79	0.2348	295	0.1939	5031	X-RAY DIFFRACTION	93
2.79-2.94	0.2395	248	0.1986	4932	X-RAY DIFFRACTION	89
2.94-3.13	0.2187	264	0.1912	5309	X-RAY DIFFRACTION	97
3.13-3.37	0.222	290	0.1838	5255	X-RAY DIFFRACTION	96
3.37-3.71	0.1987	295	0.1723	5220	X-RAY DIFFRACTION	95
3.71-4.24	0.1901	251	0.1555	5161	X-RAY DIFFRACTION	93
4.24-5.34	0.1826	264	0.1563	4918	X-RAY DIFFRACTION	89
5.34-91	0.197	273	0.1607	4964	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5842	0.0557	0.6556	0.2622	-0.1045	2.5787	0.0411	-0.1461	0.0013	0.1039	-0.0317	-0.0459	0.0844	0.1221	-0.0046	0.1843	-0.0002	-0.0301	0.2526	-0.0122	0.2666	26.3582	173.7474	24.496
2	1.4431	0.2348	-1.4074	0.302	-0.1288	2.725	0.1641	-0.0273	0.0839	-0.116	-0.0346	-0.121	-0.4289	0.374	-0.1194	0.2554	-0.032	0.003	0.2738	-0.0188	0.2727	32.9897	183.1794	-6.0113
3	0.5949	-0.2019	-0.036	0.7992	0.215	2.4054	-0.1348	-0.2213	-0.1728	0.3087	-0.0127	0.0547	0.8048	-0.0352	0.1152	0.5121	0.044	0.0564	0.228	0.0438	0.2825	10.4235	139.9465	18.7998
4	0.9921	-0.4616	-0.7794	0.9009	0.3303	2.757	-0.0561	0.0003	-0.0961	-0.1765	-0.0082	-0.1655	0.3502	0.6914	0.0506	0.3001	0.1072	0.0127	0.3301	0.0145	0.2751	26.0814	145.3885	-7.9597
5	0.8043	0.0452	-0.8517	0.8558	0.2901	2.2057	0.2104	-0.3441	0.1879	0.1985	-0.063	0.0483	-0.3998	0.2675	-0.1072	0.2738	-0.0698	0.0135	0.2846	-0.0457	0.2939	-0.0488	200.7933	15.6944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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