PDB-8tcv: Structure of PYCR1 complexed with 4-bromobenzene-1,3-dicarboxylic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcv

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 4-bromobenzene-1,3-dicarboxylic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcv.cif.gz	509.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcv.ent.gz	417.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcv_validation.pdf.gz	804.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcv_full_validation.pdf.gz	809.3 KB	表示
XML形式データ	8tcv_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	8tcv_validation.cif.gz	72.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcuC 8tcwC 8tcxC 8tcyC 8tczC 8td0C 8td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

169 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
337 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.656, 180.962, 88.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-566- HOH
2	1	A-570- HOH
3	1	E-513- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZR0 / 4-bromobenzene-1,3-dicarboxylic acid 分子量: 245.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₅BrO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 4-bromobenzene-1,3-dicarboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 4-bromobenzene-1,3-dicarboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 25 mM 4-bromobenzene-1,3-dicarboxylic acid

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 4-bromobenzene-1,3-dicarboxylic acid. Crystal was soaked in cryobuffer ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→91.56 Å / Num. obs: 166395 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 628616
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.084 / Num. measured all: 30547 / Num. unique obs: 8269 / CC_1/2: 0.473 / R_pim(I) all: 0.642 / R_rim(I) all: 1.264 / Net I/σ(I) obs: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.74→91.56 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2065	8238	4.95 %
R_work	0.1841	-	-
obs	0.1852	166299	97.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→91.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9793	0	50	538	10381

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.863	13661
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.05	3477
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1674
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1763

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.76	0.4203	245	0.3856	5223	X-RAY DIFFRACTION	98
1.76-1.78	0.371	274	0.3515	5344	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.8	0.3372	276	0.3391	5320	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8-1.82	0.3625	259	0.3274	5311	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.85	0.3305	306	0.3077	5262	X-RAY DIFFRACTION	99
1.85-1.87	0.29	286	0.2649	5290	X-RAY DIFFRACTION	99
1.87-1.9	0.266	274	0.2478	5307	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9-1.93	0.2604	281	0.229	5327	X-RAY DIFFRACTION	99
1.93-1.96	0.2314	287	0.2182	5277	X-RAY DIFFRACTION	98
1.96-1.99	0.2427	261	0.207	5200	X-RAY DIFFRACTION	97
1.99-2.03	0.2357	283	0.2044	5218	X-RAY DIFFRACTION	98
2.03-2.06	0.2264	271	0.2058	5373	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.1	0.2349	252	0.2068	5389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.15	0.22	273	0.2097	5319	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2234	284	0.1992	5353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.24	0.2034	279	0.1809	5344	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.3	0.2069	270	0.1874	5337	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.36	0.212	288	0.1877	5359	X-RAY DIFFRACTION	99
2.36-2.43	0.219	268	0.1913	5310	X-RAY DIFFRACTION	99
2.43-2.51	0.1995	294	0.1875	5344	X-RAY DIFFRACTION	99
2.51-2.6	0.21	274	0.1862	5280	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6-2.7	0.2169	268	0.2023	5296	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7-2.83	0.2467	292	0.2041	5159	X-RAY DIFFRACTION	96
2.83-2.97	0.2268	265	0.2056	5181	X-RAY DIFFRACTION	96
2.97-3.16	0.2044	265	0.1877	5228	X-RAY DIFFRACTION	97
3.16-3.41	0.2171	288	0.1877	5180	X-RAY DIFFRACTION	97
3.41-3.75	0.2028	273	0.1668	5139	X-RAY DIFFRACTION	95
3.75-4.29	0.169	255	0.1468	5106	X-RAY DIFFRACTION	94
4.29-5.41	0.1546	268	0.1446	5079	X-RAY DIFFRACTION	94
5.41-91.56	0.1682	279	0.1524	5206	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5847	0.0226	0.6988	0.236	-0.136	2.4873	0.0313	-0.135	-0.0005	0.0943	-0.03	-0.0459	0.0498	0.0744	-0.0003	0.2107	-0.0066	-0.0313	0.2728	-0.0082	0.2965	26.3931	173.8969	24.265
2	1.2598	0.4073	-1.2108	0.3866	-0.3093	2.5615	0.0831	-0.0118	0.0289	-0.0921	-0.0091	-0.0895	-0.2955	0.3249	-0.0752	0.2467	-0.0148	-0.0238	0.2754	-0.0184	0.2927	33.0871	183.5296	-5.9753
3	0.4207	-0.1529	-0.2901	0.9972	-0.5486	2.5485	-0.1298	-0.1435	-0.1216	0.2151	-0.0224	0.0226	0.4276	-0.025	0.1576	0.3785	0.0326	0.0197	0.2455	0.0085	0.3057	10.5035	139.5858	19.0849
4	1.0699	-0.3661	-0.7894	0.7092	0.0384	2.5681	-0.0524	0.0282	-0.1175	-0.1499	-0.0748	-0.1521	0.3201	0.5738	0.1106	0.2966	0.0922	-0.0016	0.3027	0.0262	0.3031	26.3077	144.9343	-7.7261
5	0.687	0.0935	-0.6454	0.973	0.5154	2.4184	0.1358	-0.272	0.1211	0.169	-0.0761	0.0688	-0.3001	0.2011	-0.0624	0.2666	-0.0417	-0.0011	0.2886	-0.0134	0.3155	-0.0393	201.2346	15.9308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)