PDB-8tcu: Structure of PYCR1 complexed with 2-chloro-5-(2-oxoimidazolidin-1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcu

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with 2-chloro-5-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2024
タイトル: Novel Fragment Inhibitors of PYCR1 from Docking-Guided X-ray Crystallography.
著者: Meeks, K.R. / Ji, J. / Protopopov, M.V. / Tarkhanova, O.O. / Moroz, Y.S. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcu.cif.gz	509 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcu.ent.gz	418 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcu_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcu_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8tcu_validation.xml.gz	52.1 KB	表示
CIF形式データ	8tcu_validation.cif.gz	71.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tcvC 8tcwC 8tcxC 8tcyC 8tczC 8td0C 8td1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

169 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
339 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.009, 178.914, 88.078
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.12, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-536- HOH
2	1	A-574- HOH
3	1	E-507- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-ZR3 / 2-chloro-5-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid 分子量: 240.643 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉ClN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-chloro-5-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in ...詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-chloro-5-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in cryobuffer containing 0 mM Li2SO4, 20% PEG 200, and 25 mM 2-chloro-5-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid

結晶

マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.99 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 350 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 16 mM 2-chloro-5-(2-oxoimidazolidin-1-yl)benzoic acid. Crystal was soaked in ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→89.46 Å / Num. obs: 103502 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.127 / R_pim(I) all: 0.106 / R_rim(I) all: 0.166 / Χ²: 1.34 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 232533
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.768 / Num. measured all: 11044 / Num. unique obs: 5121 / CC_1/2: 0.412 / R_pim(I) all: 0.638 / R_rim(I) all: 1.003 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2→89.46 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2193	5204	5.03 %
R_work	0.189	-	-
obs	0.1905	103471	95.45 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→89.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9868	0	105	397	10370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	10165
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	13825
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.916	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	1676
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1780

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.3179	159	0.2868	3229	X-RAY DIFFRACTION	94
2.02-2.05	0.315	157	0.276	3352	X-RAY DIFFRACTION	97
2.05-2.07	0.2897	172	0.2634	3329	X-RAY DIFFRACTION	97
2.07-2.1	0.2967	172	0.2505	3354	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1-2.13	0.2657	196	0.2491	3230	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.15	0.2729	161	0.2396	3350	X-RAY DIFFRACTION	98
2.15-2.19	0.2679	169	0.23	3365	X-RAY DIFFRACTION	97
2.19-2.22	0.2787	187	0.2231	3298	X-RAY DIFFRACTION	97
2.22-2.25	0.2459	175	0.2213	3319	X-RAY DIFFRACTION	97
2.25-2.29	0.2456	174	0.2131	3301	X-RAY DIFFRACTION	97
2.29-2.33	0.2432	163	0.2142	3398	X-RAY DIFFRACTION	97
2.33-2.37	0.2957	194	0.2179	3289	X-RAY DIFFRACTION	96
2.37-2.42	0.2625	157	0.2158	3255	X-RAY DIFFRACTION	96
2.42-2.47	0.265	165	0.211	3318	X-RAY DIFFRACTION	97
2.47-2.52	0.248	156	0.199	3323	X-RAY DIFFRACTION	96
2.52-2.58	0.2359	166	0.1967	3237	X-RAY DIFFRACTION	95
2.58-2.64	0.2493	170	0.2025	3206	X-RAY DIFFRACTION	94
2.64-2.71	0.214	183	0.2011	3204	X-RAY DIFFRACTION	94
2.71-2.79	0.2716	163	0.1981	3184	X-RAY DIFFRACTION	92
2.79-2.88	0.2421	153	0.2004	2980	X-RAY DIFFRACTION	87
2.88-2.99	0.2381	183	0.1931	3328	X-RAY DIFFRACTION	97
2.99-3.11	0.2142	170	0.1945	3371	X-RAY DIFFRACTION	98
3.11-3.25	0.2215	193	0.2023	3291	X-RAY DIFFRACTION	97
3.25-3.42	0.2153	192	0.1903	3324	X-RAY DIFFRACTION	97
3.42-3.63	0.2112	185	0.1786	3308	X-RAY DIFFRACTION	96
3.63-3.91	0.1839	199	0.1589	3271	X-RAY DIFFRACTION	96
3.91-4.31	0.1898	190	0.1479	3265	X-RAY DIFFRACTION	96
4.31-4.93	0.1589	175	0.1381	3213	X-RAY DIFFRACTION	93
4.93-6.21	0.2108	166	0.1823	3054	X-RAY DIFFRACTION	88
6.21-89.46	0.1617	159	0.1619	3321	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4958	0.0749	0.5626	0.2278	-0.1638	2.2161	0.0395	-0.0974	0.008	0.0724	-0.0201	-0.0297	0.0112	0.1282	-0.0245	0.1992	-0.0018	-0.0202	0.2382	-0.0123	0.2828	26.0672	173.6276	24.616
2	1.2855	0.4276	-1.2612	0.4187	-0.3631	2.3858	0.1139	-0.0541	0.0588	-0.0817	-0.0223	-0.1077	-0.2517	0.349	-0.0856	0.2208	-0.013	-0.001	0.2389	-0.0238	0.2898	32.6587	183.0279	-5.8274
3	0.4625	-0.0597	-0.2264	1.0245	-0.6038	2.4318	-0.0764	-0.1537	-0.0905	0.1939	0.0163	0.0367	0.4752	0.0135	0.0658	0.3817	0.0389	0.0048	0.219	0.0022	0.2781	10.1095	139.3459	18.8052
4	1.0755	-0.4284	-0.9274	0.7755	0.2539	2.3088	-0.0289	0.0017	-0.074	-0.1524	0.0047	-0.1356	0.2645	0.4729	0.0279	0.2905	0.0692	-0.0037	0.2713	-0.0101	0.2874	26.231	145.1423	-7.906
5	0.6219	0.0898	-0.5246	1.187	0.6102	2.5852	0.1455	-0.2076	0.1736	0.1974	-0.0462	0.0437	-0.3582	0.1568	-0.084	0.2493	-0.0367	0.0214	0.2378	-0.0263	0.307	-0.1092	200.7802	16.104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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