+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tco | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Virus / glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endosome membrane / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
![]() | Goldsmith, J.G. / McLellan, J.S. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: HCMV neutralization by broad antibody targeting 著者: Zehner, M. / Goldsmith, J.G. / McLellan, J.S. / Klein, F. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 273.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 883.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 897.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 73.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41156MC ![]() 8teaC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-Envelope glycoprotein ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 84538.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL75 / 発現宿主: ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 29877.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL115, gL, HHV5gp102 / 発現宿主: ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 54299.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: UL74 / 発現宿主: ![]() |
-抗体 , 4種, 4分子 DEFG
#4: 抗体 | 分子量: 23793.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#5: 抗体 | 分子量: 24053.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: 抗体 | 分子量: 24415.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: 抗体 | 分子量: 25607.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-糖 , 3種, 10分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#8: 多糖 | #9: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 376687 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|