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- PDB-8tcm: Crystal Structure of modified HIV reverse transcriptase p51 domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tcm
タイトルCrystal Structure of modified HIV reverse transcriptase p51 domain (FPC1) with picric acid and Xanthene-1,3,6,8-tetrol bound
要素p51 subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN / P51 subunit / HIV / AIDS / transferase / Xanthene-1 / 3 / 6 / 8-tetrol / picric acid
機能・相同性PICRIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / London, R.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIA-ES050111 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC-ES102645 米国
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023
タイトル: Targeting the Structural Maturation Pathway of HIV-1 Reverse Transcriptase.
著者: Kirby, T.W. / Gabel, S.A. / DeRose, E.F. / Perera, L. / Krahn, J.M. / Pedersen, L.C. / London, R.E.
履歴
登録2023年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: p51 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9856
ポリマ－39,8051
非ポリマー1,1805
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.309, 99.406, 104.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-503-

TNF

21B-503-

TNF

31B-503-

TNF

41B-503-

TNF

-
要素

#1: タンパク質 p51 subunit


分子量: 39805.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-TNF / PICRIC ACID / 2,4,6-TRINITROPHENOL


分子量: 229.104 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H3N3O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZQT / 9H-xanthene-1,3,6,8-tetrol


分子量: 246.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein: 25mg/ml, 10mM Tris pH 7.4, 40mM NaCl, 1mM TCEP, 0.25mM azide, 10mM picric acid ML: 10% PEG6000, .1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.514 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月7日 / 詳細: VarimaxHF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 36046 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 28.42 Å2 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.041 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique obs: 1454 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.266 / Rrim(I) all: 0.451 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→22.52 Å / SU ML: 0.1598 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1797
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1801 5.01 %
Rwork0.1935 34169 -
obs0.1949 35970 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→22.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2465 0 84 194 2743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142701
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20643703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2639942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.870.31971110.27162206X-RAY DIFFRACTION83.77
1.87-1.920.2611450.23342591X-RAY DIFFRACTION98.35
1.92-1.990.23981340.21562628X-RAY DIFFRACTION99.93
1.99-2.060.23081500.19212647X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.140.19821360.17792644X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.240.25241360.17872638X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.350.22981340.1912667X-RAY DIFFRACTION99.93
2.35-2.50.22971400.21492661X-RAY DIFFRACTION99.96
2.5-2.690.25241420.20752643X-RAY DIFFRACTION99.75
2.69-2.960.22431430.20862665X-RAY DIFFRACTION99.22
2.96-3.390.23011470.19922658X-RAY DIFFRACTION99.19
3.39-4.270.1931360.16872712X-RAY DIFFRACTION99.68
4.27-22.520.21551470.19172809X-RAY DIFFRACTION99.6
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.26584532611-1.21760217555-1.083866657632.273371487120.7043943657732.878507775550.1301463072980.0908341800680.0337404718817-0.112987355649-0.076388513933-0.02332220168360.1040602917260.0470832440259-0.03969431048510.171763921979-0.0274501399363-0.02333347505240.1568171194130.003505141434680.227188017548-15.0302015165-3.32961822567-24.1637274489
22.318957652650.0197645075728-0.4542773736360.848093108494-0.2316758597450.913513476559-0.0336387381703-0.0809371292621-0.1138924349580.03777426153410.05517245678330.03702055699140.1305176704510.0279984631033-0.00588652040080.2102913237690.00896439471877-0.02413627432810.203995590193-0.01498858034560.177634455186-28.1240065601-10.9160549152-15.2307100704
34.81972447064-2.09890204438-3.101805036964.093183227961.617341996055.53358255543-0.172463208095-0.3939621910290.316510534232-0.1141728306210.46872778825-0.5107348321140.5527900656460.530092731738-0.2880622102540.3508491773940.08267063720950.02534976148020.30192888306-0.07422728457520.31185106403-13.4274789864-27.394951723-15.2573842427
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid -1 through 83 )-1 - 831 - 81
22chain 'B' and (resid 84 through 238 )84 - 23882 - 217
33chain 'B' and (resid 239 through 416 )239 - 416218 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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