PDB-8tcj: Apo crystal Structure of modified HIV reverse transcriptase p51 d...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tcj

タイトル

Apo crystal Structure of modified HIV reverse transcriptase p51 domain (FPC2)

要素

p51 subunit

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / P51 subunit / HIV / AIDS / transferase

生物種

HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Pedersen, L.C. / London, R.E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ZIA-ES050111	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	ZIC-ES102645	米国

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023
タイトル: Targeting the Structural Maturation Pathway of HIV-1 Reverse Transcriptase.
著者: Kirby, T.W. / Gabel, S.A. / DeRose, E.F. / Perera, L. / Krahn, J.M. / Pedersen, L.C. / London, R.E.

履歴

登録	2023年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月12日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tcj.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tcj.ent.gz	109.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tcj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tcj_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tcj_full_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示
XML形式データ	8tcj_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8tcj_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tcj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tckC 8tclC 8tcmC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

B: p51 subunit

40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.080, 105.080, 54.531
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	p51 subunit 分子量: 40331.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV whole-genome vector AA1305#18 (その他) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: RNA-directed DNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein: 25mg/ml FPC2, 50mM NaCl, 10mM Tris pH 7.0, 1mM TCEP, 5%DMSO, 0.25mM azide, 5mM fisetin Res: 25% PEG1500, 0.1M TBG pH 7.0 Temp details: room temp

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.514 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月4日 / 詳細: VariMAX-HF mirrors
放射	モノクロメーター: VariMAX-HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.848→50 Å / Num. obs: 29994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / R_rim(I) all: 0.039 / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 24.3
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 2.2 % / Num. unique obs: 1497 / CC_1/2: 0.883 / CC star: 0.968 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.16_3549: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.848→46.776 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2523	1491	5.01 %
R_work	0.2158	-	-
obs	0.2177	29756	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→46.776 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2471	0	0	92	2563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2546
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.257	3469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.262	1497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.848-1.9072	0.3792	133	0.3597	2545	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9072-1.9754	0.3455	136	0.3011	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9754-2.0545	0.3039	134	0.2685	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0545-2.148	0.2876	131	0.2457	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.148-2.2612	0.3119	137	0.2431	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2612-2.4029	0.2633	133	0.254	2548	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4029-2.5884	0.2625	130	0.256	2523	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5884-2.8488	0.2656	134	0.2492	2526	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8488-3.261	0.2869	133	0.2244	2563	X-RAY DIFFRACTION	99
3.261-4.1081	0.2358	144	0.1975	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1081-46.776	0.2099	146	0.175	2687	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1438	-0.2665	0.7133	3.8186	-1.8592	4.242	-0.1234	-0.17	0.0636	0.215	-0.1312	-0.2829	-0.4848	-0.1045	-0.0238	0.3283	0.0155	-0.0875	0.2627	-0.0193	0.2204	41.0699	-15.9526	8.9717
2	1.2951	-0.7185	2.0836	1.2183	-1.5759	3.5112	-0.2154	-0.4684	-0.0653	0.3205	0.1639	0.2332	-0.4371	-0.5908	-0.0141	0.3888	0.079	-0.0295	0.46	-0.0476	0.3741	32.3588	-16.8294	8.2356
3	2.0854	-2.0023	-0.0066	3.7721	-1.3896	2.5438	-0.0418	-0.2825	-0.2467	0.072	0.346	0.3754	0.0422	-0.0801	0.0007	0.2523	-0.0245	-0.0357	0.4594	0.0293	0.5095	19.3516	-13.0834	-3.486
4	4.8688	-1.12	1.7457	3.6083	0.7107	3.0859	0.2837	0.6741	-0.6723	-0.5416	-0.0036	-0.1628	0.0069	0.4536	0.014	0.3945	0.034	-0.0746	0.3568	-0.1209	0.3546	37.7204	-25.4522	-12.1625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 6 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 84 through 153 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 154 through 325 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 326 through 417 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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