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万見
- PDB-8tcb: Structure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tcb
タイトルStructure of human C4b-binding protein alpha chain CCP domains 1 and 2 in complex with the hypervariable region of group A Streptococcus M87 protein
要素
  • C4b-binding protein alpha chain
  • M protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune evasion / human complement
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of opsonization / negative regulation of complement activation, classical pathway / response to symbiotic bacterium / T cell mediated immunity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response / extracellular space ...regulation of opsonization / negative regulation of complement activation, classical pathway / response to symbiotic bacterium / T cell mediated immunity / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of protein catabolic process / blood microparticle / innate immune response / extracellular space / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain ...C4b-binding protein alpha, oligomerization domain / Oligomerization domain of C4b-binding protein alpha / M protein repeat / M protein repeat / : / Streptococcal M proteins C repeat profile. / : / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / C4b-binding protein alpha chain / M protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者McGowan, M.A. / Kolesinski, P. / Ghosh, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)NIH R01 AI154149 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Conservation of C4BP-binding sequence patterns in Streptococcus pyogenes M and Enn proteins.
著者: Kolesinski, P. / McGowan, M. / Botteaux, A. / Smeesters, P.R. / Ghosh, P.
履歴
登録2023年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C4b-binding protein alpha chain
C: M protein
D: M protein
B: C4b-binding protein alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4305
ポリマ－53,3914
非ポリマー391
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.176, 73.802, 190.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 C4b-binding protein alpha chain / C4bp / Proline-rich protein / PRP


分子量: 14163.894 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C4BPA, C4BP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04003
#2: タンパク質 M protein


分子量: 12531.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: emm / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6TLP8
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 4.8, 0.2 M KH2PO4, 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→68.81 Å / Num. obs: 17478 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 54.92 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.69→2.82 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.953 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2045 / CC1/2: 0.452 / Rpim(I) all: 0.641 / Rrim(I) all: 1.155 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→68.81 Å / SU ML: 0.4636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1603
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 872 5.01 %
Rwork0.2353 16542 -
obs0.2375 17414 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→68.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 0 1 29 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00372732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61863740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0327430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0038490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1576392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.860.37431330.3492521X-RAY DIFFRACTION92.09
2.86-3.080.36211450.28372754X-RAY DIFFRACTION99.97
3.08-3.390.26851430.24732718X-RAY DIFFRACTION99.97
3.39-3.880.28311470.22342789X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.890.22811470.19052805X-RAY DIFFRACTION99.97
4.89-68.810.28581570.24272955X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.846591113163.157819801114.762922622583.13867756414.738180668495.154020180530.280891960766-0.229334518224-0.2489754405270.5056022561710.0102436295481-0.05185147912920.334909975474-0.190130704653-0.3564378517820.420038721242-0.0612807006263-0.06151047477660.399792590740.07195476745040.487962809828-10.70392416670.36158191822-38.0491643541
22.60676622596-0.5364999851923.723775190250.102116200926-1.266472272225.07282828889-0.3029588176190.1530812741310.1479595835760.12625379627-0.1847794144840.0551472133731-0.4372281919850.4003259977510.3993815766570.7049808002940.06648140982950.003228689103960.282819660692-0.003703343086040.4103484495370.503482321591-11.3269047356-44.3105631161
30.6962197347420.6291949497721.917370115191.541953152012.863026926446.75779643488-0.0234889057609-0.104701978442-0.08307969798830.3115950173-0.1952435623880.4331016137050.444346547953-0.3566118247080.3286564470810.4455309384280.03901543050270.09845415852250.347645802681-0.01351791988540.453659324930.719618590383-13.7748618772-34.0822505348
41.79045166064-0.473864664833-0.4281154420853.277270583620.01385969446166.33886151846-0.361343406510.00907325550642-0.149295390150.7830504284890.01810155439890.06513055496220.4486932555820.01282121417180.2977060162720.486758918217-0.005926254953110.01015209115550.213372941321-0.02463232151930.438886990759.73423316505-24.636288152-42.3971113476
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 0 through 124)AA0 - 1241 - 122
22(chain 'C' and resid 46 through 125)CB46 - 1251 - 80
33(chain 'D' and resid 46 through 110)DC46 - 1101 - 65
44(chain 'B' and resid 1 through 122)AA00D1 - 1221 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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