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- PDB-8tc9: Human asparaginyl-tRNA synthetase bound to OSM-S-106 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tc9
タイトルHuman asparaginyl-tRNA synthetase bound to OSM-S-106
要素Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / enzyme / synthase / drug target
機能・相同性
機能・相同性情報


asparagine-tRNA ligase / CCR3 chemokine receptor binding / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / cerebral cortex development / cell migration / nucleic acid binding / protein dimerization activity ...asparagine-tRNA ligase / CCR3 chemokine receptor binding / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / cerebral cortex development / cell migration / nucleic acid binding / protein dimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Asparaginal-tRNA synthetase, N-terminal domain / Asparagine-tRNA ligase / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. ...: / Asparaginal-tRNA synthetase, N-terminal domain / Asparagine-tRNA ligase / Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Dogovski, C. / Metcalfe, R.D. / Xie, S.C. / Morton, C.J. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1171794 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reaction hijacking inhibition of Plasmodium falciparum asparagine tRNA synthetase.
著者: Xie, S.C. / Wang, Y. / Morton, C.J. / Metcalfe, R.D. / Dogovski, C. / Pasaje, C.F.A. / Dunn, E. / Luth, M.R. / Kumpornsin, K. / Istvan, E.S. / Park, J.S. / Fairhurst, K.J. / Ketprasit, N. / ...著者: Xie, S.C. / Wang, Y. / Morton, C.J. / Metcalfe, R.D. / Dogovski, C. / Pasaje, C.F.A. / Dunn, E. / Luth, M.R. / Kumpornsin, K. / Istvan, E.S. / Park, J.S. / Fairhurst, K.J. / Ketprasit, N. / Yeo, T. / Yildirim, O. / Bhebhe, M.N. / Klug, D.M. / Rutledge, P.J. / Godoy, L.C. / Dey, S. / De Souza, M.L. / Siqueira-Neto, J.L. / Du, Y. / Puhalovich, T. / Amini, M. / Shami, G. / Loesbanluechai, D. / Nie, S. / Williamson, N. / Jana, G.P. / Maity, B.C. / Thomson, P. / Foley, T. / Tan, D.S. / Niles, J.C. / Han, B.W. / Goldberg, D.E. / Burrows, J. / Fidock, D.A. / Lee, M.C.S. / Winzeler, E.A. / Griffin, M.D.W. / Todd, M.H. / Tilley, L.
履歴
登録2023年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,38147
ポリマ－252,1074
非ポリマー5,27443
水18,5731031
1
A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,64423
ポリマ－126,0542
非ポリマー2,59121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,73624
ポリマ－126,0542
非ポリマー2,68322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.088, 126.810, 161.139
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 110 through 213 or resid 220...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 110 through 374 or resid 376...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 110 through 374 or resid 376...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 110 through 213 or resid 220...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROALAALAAA110 - 213110 - 213
d_12ILEILEVALVALAA220 - 374220 - 374
d_13GLUGLUTYRTYRAA376 - 531376 - 531
d_14ILEILEPROPROAA419 - 434419 - 434
d_15ZTEZTEZTEZTEAE601
d_16GOLGOLGOLGOLAF602
d_17GOLGOLGOLGOLAG603
d_18GOLGOLGOLGOLAH604
d_19GOLGOLGOLGOLAI605
d_110GOLGOLGOLGOLAJ606
d_111GOLGOLGOLGOLAK607
d_112GOLGOLGOLGOLAL608
d_21PROPROVALVALBB110 - 374110 - 374
d_22GLUGLUTYRTYRBB376 - 531376 - 531
d_23ILEILEPROPROBB419 - 434419 - 434
d_24ZTEZTEZTEZTEBN601
d_25GOLGOLGOLGOLBO602
d_26GOLGOLGOLGOLBP603
d_27GOLGOLGOLGOLBQ604
d_31PROPROVALVALCC110 - 374110 - 374
d_32GLUGLUTYRTYRCC376 - 531376 - 531
d_33ILEILEPROPROCC533 - 548533 - 548
d_34ZTEZTEZTEZTECBA602
d_35GOLGOLGOLGOLCAA601
d_36GOLGOLGOLGOLCCA603
d_37GOLGOLGOLGOLCDA604
d_38GOLGOLGOLGOLCEA605
d_39GOLGOLGOLGOLCFA606
d_310GOLGOLGOLGOLCGA607
d_311GOLGOLGOLGOLCHA608
d_41PROPROALAALADD110 - 213110 - 213
d_42ILEILEVALVALDD220 - 374220 - 374
d_43GLUGLUTYRTYRDD376 - 531376 - 531
d_44ILEILEPROPRODD419 - 434419 - 434
d_45ZTEZTEZTEZTEDJA601
d_46GOLGOLGOLGOLDKA602
d_47GOLGOLGOLGOLDLA603
d_48GOLGOLGOLGOLDMA604
d_49GOLGOLGOLGOLDNA605
d_410GOLGOLGOLGOLDOA606
d_411GOLGOLGOLGOLDPA607
d_412GOLGOLGOLGOLDQA608

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999758510337, 0.0120086109624, -0.0184041916886), (-0.0122026178928, -0.99987077473, 0.010465656062), (-0.0182761354099, 0.0106877080331, 0.999775852765)-0.304330111749, -0.309542244804, 43.1606868576
2given(-0.775672952121, 0.631028401968, 0.01160289865), (0.631034570084, 0.77574643219, -0.00358389498758), (-0.0112624467577, 0.00454189975625, -0.999926261501)6.49454900368, 18.1726719764, 29.0277297788
3given(0.776508835662, -0.630088459358, 0.00474989719225), (-0.630095123642, -0.776517946335, -0.000119087719977), (0.00376341621104, -0.00290041439185, -0.999988712084)-6.65470576931, -18.2011453116, -14.2442056094

-
要素

#1: タンパク質
Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic / Asparaginyl-tRNA synthetase / AsnRS / Asparaginyl-tRNA synthetase 1


分子量: 63026.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NARS1, NARS, NRS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43776, asparagine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-ZTE / N~1~-[(3M)-3-(4-aminothieno[3,2-d]pyrimidin-6-yl)benzene-1-sulfonyl]-L-aspartamide


分子量: 420.466 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N6O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (v/v) glycerol, 40 mM potassium phosphate and 14% polyethylene glycol 8,000, and 100-mM Tris pH 7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.46 Å / Num. obs: 159099 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 30.63 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 2.306 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 7783 / CC1/2: 0.471 / Rpim(I) all: 1.419 / Rrim(I) all: 2.718

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5XIX

5xix


解像度: 2→49.46 Å / SU ML: 0.2612 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1681
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2207 7948 5.01 %
Rwork0.1816 150816 -
obs0.1835 158764 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14016 0 346 1031 15393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006914743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.872419913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05052080
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00872578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.66255531
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.44431056673
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS3.85501814162
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS4.13769924852
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.35812370.34394953X-RAY DIFFRACTION98.74
2.02-2.050.35022870.30914970X-RAY DIFFRACTION99.87
2.05-2.070.30092540.2934963X-RAY DIFFRACTION99.79
2.07-2.10.33992620.28464981X-RAY DIFFRACTION99.77
2.1-2.130.28652590.27044981X-RAY DIFFRACTION99.83
2.13-2.150.31492810.26834975X-RAY DIFFRACTION99.87
2.15-2.190.27142640.25584978X-RAY DIFFRACTION99.87
2.19-2.220.29332550.24354993X-RAY DIFFRACTION99.68
2.22-2.250.29582770.24624993X-RAY DIFFRACTION99.83
2.25-2.290.26882420.23034964X-RAY DIFFRACTION99.9
2.29-2.330.26932530.22375030X-RAY DIFFRACTION99.87
2.33-2.370.2622710.21684986X-RAY DIFFRACTION99.92
2.37-2.420.24762360.20235030X-RAY DIFFRACTION99.79
2.42-2.470.23952660.19994988X-RAY DIFFRACTION99.9
2.47-2.520.27972520.20585034X-RAY DIFFRACTION99.94
2.52-2.580.25482680.19394990X-RAY DIFFRACTION99.83
2.58-2.640.242770.18825038X-RAY DIFFRACTION99.92
2.64-2.710.25822800.18424961X-RAY DIFFRACTION99.89
2.71-2.790.23962750.17815020X-RAY DIFFRACTION99.89
2.79-2.880.24852160.18865083X-RAY DIFFRACTION99.89
2.88-2.990.24892660.18415004X-RAY DIFFRACTION99.85
2.99-3.110.22422930.18365035X-RAY DIFFRACTION99.83
3.11-3.250.2372840.17655013X-RAY DIFFRACTION99.74
3.25-3.420.22732840.17095026X-RAY DIFFRACTION99.81
3.42-3.630.19352560.15735050X-RAY DIFFRACTION99.81
3.63-3.910.18262620.14785095X-RAY DIFFRACTION99.98
3.91-4.310.15752750.13145081X-RAY DIFFRACTION99.89
4.31-4.930.14762820.1245095X-RAY DIFFRACTION99.76
4.93-6.210.18852430.15625200X-RAY DIFFRACTION99.74
6.21-49.460.18062910.16275306X-RAY DIFFRACTION98.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.270352048475-0.01801014509770.1190860944870.2552764919330.1204705298481.156425507220.00796258417730.03190463885720.0318066280936-0.0362242393776-0.0203986450119-0.02263535026-0.250236069107-0.04980853524140.000127382154650.1994882019820.00386452554833-0.007037571486720.2116654628650.00840334443140.273436450351-20.4579.428-10.986
20.4371388835910.150104521165-0.01564602853980.558121929337-0.06951285233631.09715362277-0.0180370572230.0295452626374-0.01540504720780.00540583375541-0.009426159470110.005310716169-0.03722578133860.0144562335190.02143050791680.1841243074810.01288078084360.003405048918870.187489115123-0.01226718791380.24615834122720.423-9.59332.708
30.5839960077570.0984803758012-0.110781859620.451161434787-0.09880583184161.811240829220.0212346491801-0.08754274084080.1645895658550.0609284511909-0.01303366020720.00687392265157-0.7316899791440.1889079555-0.05993087901480.501465810407-0.0711192699411-0.01542568016540.237947401143-0.02207493195050.32435773168228.17312.78740.16
40.50439013257-0.06444383441930.4492970720950.2075013445330.002281117340522.020434919370.0598840813531-0.0392085580005-0.093851976497-0.04612299745450.003437794253180.01514364820620.508377325218-0.326774267001-0.05154134876640.285240398135-0.0784738718851-0.006110347801760.219193678960.009775809391170.284794885912-28.543-12.822-3.525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 110:548 )A110 - 548
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 109:548 )B109 - 548
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 110:548 )C110 - 548
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 110:548 )D110 - 548

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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