PDB-8h53: Human asparaginyl-tRNA synthetase in complex with asparagine-AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h53

タイトル

Human asparaginyl-tRNA synthetase in complex with asparagine-AMP

要素

Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / asparagine / complex / synthetase / tRNA

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine-tRNA ligase / CCR3 chemokine receptor binding / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / cerebral cortex development / cell migration / nucleic acid binding / protein dimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Park, J.S. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reaction hijacking inhibition of Plasmodium falciparum asparagine tRNA synthetase.
著者: Xie, S.C. / Wang, Y. / Morton, C.J. / Metcalfe, R.D. / Dogovski, C. / Pasaje, C.F.A. / Dunn, E. / Luth, M.R. / Kumpornsin, K. / Istvan, E.S. / Park, J.S. / Fairhurst, K.J. / Ketprasit, N. / ...

履歴

登録	2022年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	8tc7C 8tc8C 8tc9C 5xixS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

221 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.423, 125.842, 161.134
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic / Asparaginyl-tRNA synthetase / AsnRS / Asparaginyl-tRNA synthetase 1 分子量: 54007.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NARS1, NARS, NRS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43776, asparagine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 788分子

#2: 化合物	ChemComp-4AD / 4-AMINO-1,4-DIOXOBUTAN-2-AMINIUM ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / ASNAMP 分子量: 462.332 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₇O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-2PN / IMIDODIPHOSPHORIC ACID / イミドジホスファ-ト分子量: 176.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅NO₆P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 40 mM potassium phosphate, 20% (v/v) glycerol, 16% (w/v) polyethylene glycol 8,000

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 126122 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.77 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.16→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6260 / CC_1/2: 0.868

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XIX

5xix

解像度: 2.16→49.88 Å / SU ML: 0.2486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7906
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2368	6229	4.97 %
R_work	0.2034	119065	-
obs	0.205	125294	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→49.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13501	0	324	746	14571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	14129
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5728	19165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2056
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	2470
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.3747	1992

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.2	0.3213	340	0.2747	5817	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.2-2.24	0.3204	306	0.2815	5869	X-RAY DIFFRACTION	99.1
2.24-2.28	0.2902	332	0.2612	5856	X-RAY DIFFRACTION	99.25
2.28-2.33	0.2769	303	0.2532	5882	X-RAY DIFFRACTION	99.26
2.33-2.38	0.2944	337	0.2483	5860	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.38-2.43	0.2787	315	0.2339	5876	X-RAY DIFFRACTION	99.18
2.43-2.49	0.2877	319	0.2356	5879	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.49-2.56	0.2663	292	0.24	5947	X-RAY DIFFRACTION	99.33
2.56-2.64	0.284	301	0.2195	5909	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.64-2.72	0.2979	285	0.2191	5937	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.72-2.82	0.2583	254	0.215	5994	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.82-2.93	0.2486	344	0.2146	5920	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.93-3.06	0.2631	335	0.214	5911	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.06-3.23	0.2403	301	0.2086	5977	X-RAY DIFFRACTION	99.52
3.23-3.43	0.2341	303	0.1916	5971	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.43-3.69	0.2253	331	0.1854	5989	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.69-4.06	0.2206	335	0.1783	6005	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.06-4.65	0.1697	298	0.1576	6064	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.65-5.86	0.1952	316	0.1827	6107	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.86-49.88	0.1958	282	0.1942	6295	X-RAY DIFFRACTION	98.65

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.509095304042	0.0712569591905	-0.00799939328373	0.882956148063	0.570131344447	4.09716342548	-0.0160006148351	0.0680476760337	-0.0220265066796	-0.0748653059362	0.0561431266573	-0.0492552529705	0.128950572728	0.133836800486	-0.0438496798733	0.165124579828	-0.0197749754419	0.0027433166067	0.131827839121	-0.00428664207397	0.249769366492	38.1452039189	2.90253971023	24.5748695148
2	0.570344455627	0.410525788158	-0.113456027212	1.3122516136	-0.0193791557501	2.24392536509	0.0589443102662	0.0331687749244	0.138871067673	0.0605170901143	-0.0821622999589	0.0933667330923	-0.367737235281	-0.1750224638	0.0116067383232	0.225116765577	0.0565513238037	0.00226380000125	0.197042629803	0.00979731289813	0.238476564907	35.7141113528	18.6913146504	45.1587066345
3	0.421857446222	0.0702898576899	-0.239167925035	0.622985049397	-0.441591136152	4.05118116355	0.0138427229899	0.0677167838589	-0.0673833923571	-0.0229358767237	-0.0203561035034	0.0659806386536	0.170984543723	-0.123508147504	-0.00652722055033	0.121390968172	-0.0113957913413	0.00790313698335	0.148735153863	-0.0222418244653	0.259540938397	77.1640463314	-2.50156562172	-19.1295526937
4	0.549982678711	0.230817663215	-0.0477230888342	1.85957022506	0.192558688867	2.20773044159	0.0242027810766	0.0770238730488	-0.171903963349	-0.0725686141656	-0.0619495314841	-0.0446313211471	0.549555345689	0.178784204187	0.0287347583692	0.267099695343	0.0662678152464	0.0324930338106	0.213969333481	-0.0139624353903	0.256234676947	79.7385383767	-18.6214015807	1.43628034402
5	5.12114137776	-0.00678471486256	-0.53362472334	2.085801632	-0.0314819045541	3.79201280092	-0.114509592483	-0.217638778993	0.369283335162	0.158180626792	0.105672123361	0.0988367572766	-0.432005501887	-0.0489270462205	-0.0006415682189	0.224124067529	0.0017892498267	0.00631988238474	0.176556740109	-0.0318280061046	0.209573465043	74.7624563256	7.66350501301	24.8309926812
6	1.14577046099	-1.43540063868E-6	-0.435792605438	1.42353698343	0.263649802836	3.03319860512	0.0736486556354	-0.109305271524	0.265512741881	-0.057027432222	0.0313973968242	-0.149797426047	-0.715539998633	0.426380587913	-0.0923216635142	0.355636009243	-0.0943580740913	0.0253456793963	0.22979689726	-0.0042225119875	0.272936377205	90.2689039929	14.2113506822	-14.5911621461
7	4.4065487675	-0.400184387436	0.221454615288	3.29221347826	-0.714861099228	3.18124354259	0.149914197387	-0.338835656096	-0.462080316874	0.244037820723	-0.22264005415	-0.50367574793	0.984287719947	0.879162055401	0.0790546883891	0.589203315537	0.114725506739	-0.0924749484603	0.476928286029	0.0899608571058	0.364127847852	45.2991670031	-8.43308529836	69.6851112595
8	0.307567915967	0.0571757819672	0.322668215219	0.993281469349	0.109163745634	4.71313990845	0.0687972801792	-0.0985088317807	-0.135637469234	0.0417356920389	0.0281087499197	0.139486808047	0.623071501257	-0.292787769192	-0.104271066553	0.328815484139	-0.0628539056058	-0.00321720034545	0.185376128505	-0.00214508005918	0.320729723354	28.5774516959	-4.52641799178	39.3345330767
9	0.712311202964	-0.101927715115	0.349546268028	1.55634875033	0.112958660015	2.56005010652	0.0872291831507	-0.129980658493	-0.319126558424	0.0340911308175	0.0206898487029	0.151802906058	1.17104582785	-0.432050549529	-0.106203793482	0.671245265323	-0.14652027661	-0.00928444627956	0.309912072052	0.00815977056434	0.387921332635	24.0859803531	-17.6187142926	28.0790456051

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 112 through 367 )	A	A	112 - 367	1 - 246
2	2	chain 'A' and (resid 368 through 548 )	A	A	368 - 548	247 - 427
3	3	chain 'B' and (resid 111 through 367 )	B	L	111 - 367	1 - 248
4	4	chain 'B' and (resid 368 through 548 )	B	L	368 - 548	249 - 429
5	5	chain 'C' and (resid 112 through 239 )	C	U	112 - 239	1 - 119
6	6	chain 'C' and (resid 240 through 548 )	C	U	240 - 548	120 - 428
7	7	chain 'D' and (resid 112 through 202 )	D	D	112 - 202	1 - 91
8	8	chain 'D' and (resid 203 through 321 )	D	D	203 - 321	92 - 201
9	9	chain 'D' and (resid 322 through 548 )	D	D	322 - 548	202 - 428

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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