PDB-8tc8: Human asparaginyl-tRNA synthetase bound to adenosine 5'-sulfamate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tc8

タイトル

Human asparaginyl-tRNA synthetase bound to adenosine 5'-sulfamate

要素

Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

キーワード

LIGASE / enzyme / synthase / drug target

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine-tRNA ligase / CCR3 chemokine receptor binding / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / cerebral cortex development / cell migration / nucleic acid binding / protein dimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dogovski, C. / Metcalfe, R.D. / Xie, S.C. / Morton, C.J. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reaction hijacking inhibition of Plasmodium falciparum asparagine tRNA synthetase.
著者: Xie, S.C. / Wang, Y. / Morton, C.J. / Metcalfe, R.D. / Dogovski, C. / Pasaje, C.F.A. / Dunn, E. / Luth, M.R. / Kumpornsin, K. / Istvan, E.S. / Park, J.S. / Fairhurst, K.J. / Ketprasit, N. / ...

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tc8.cif.gz	887.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tc8.ent.gz	607 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tc8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tc8_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tc8_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8tc8_validation.xml.gz	81.4 KB	表示
CIF形式データ	8tc8_validation.cif.gz	118.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tc8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h53C 8tc7C 8tc9C 5xixS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

256 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.851, 126.285, 160.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 110 through 214 or resid 223 through 548 or resid 601 through 603))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 110 through 214 or resid 223 through 548 or resid 601 through 603))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 110 through 214 or resid 223 through 548 or resid 601 through 603))
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 110 through 214 or resid 223 through 548 or resid 601 through 603))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	PRO	PRO	GLY	GLY	A	A	110 - 214	110 - 214
d_1	2	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	223 - 548	223 - 548
d_1	3	NSS	NSS	NSS	NSS	A	E	601
d_1	4	GOL	GOL	GOL	GOL	A	F	602
d_1	5	GOL	GOL	GOL	GOL	A	G	603
d_2	1	PRO	PRO	GLY	GLY	B	B	110 - 214	110 - 214
d_2	2	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	223 - 548	223 - 548
d_2	3	NSS	NSS	NSS	NSS	B	M	601
d_2	4	GOL	GOL	GOL	GOL	B	N	602
d_2	5	GOL	GOL	GOL	GOL	B	O	603
d_3	1	PRO	PRO	GLY	GLY	C	C	110 - 214	110 - 214
d_3	2	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	223 - 434	223 - 434
d_3	3	NSS	NSS	NSS	NSS	C	U	601
d_3	4	GOL	GOL	GOL	GOL	C	V	602
d_3	5	GOL	GOL	GOL	GOL	C	W	603
d_4	1	PRO	PRO	GLY	GLY	D	D	110 - 214	110 - 214
d_4	2	GLU	GLU	PRO	PRO	D	D	223 - 434	223 - 434
d_4	3	NSS	NSS	NSS	NSS	D	Y	601
d_4	4	GOL	GOL	GOL	GOL	D	Z	602
d_4	5	GOL	GOL	GOL	GOL	D	AA	603

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999809413845, 0.013376288626, -0.0142200875217), (-0.0134260788347, -0.999904045698, 0.00341171573874), (-0.0141730869487, 0.00360198552906, 0.999893068936)	-0.238227189464, -0.383938168108, 43.4742928478
2	given	(-0.778429001065, 0.627731443766, 0.00123483138281), (0.627718589048, 0.77842321845, -0.00516390761056), (-0.0042027685991, -0.00324460882955, -0.999985904525)	6.47875338492, 18.1655106902, 28.961519037
3	given	(0.773470376235, -0.633679154518, 0.0139393764814), (-0.633697712442, -0.773572363713, -0.00360656984196), (0.0130685245415, -0.00604377605654, -0.999896337846)	-6.53756125406, -18.4690391842, -14.4324807135

#1: タンパク質	Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic / Asparaginyl-tRNA synthetase / AsnRS / Asparaginyl-tRNA synthetase 1 分子量: 63026.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NARS1, NARS, NRS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43776, asparagine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-NSS / 5'-O-[N-(L-ASPARAGINYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / ASN-SA 分子量: 461.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₁N₈O₈S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (v/v) glycerol, 40 mM potassium phosphate and 14% polyethylene glycol 8,000, and 100-mM Tris pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.29 Å / Num. obs: 185028 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.52 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.163 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 2.601 / Num. unique obs: 9037 / CC_1/2: 0.502 / R_pim(I) all: 1.186 / R_rim(I) all: 3.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XIX

5xix

解像度: 1.9→49.29 Å / SU ML: 0.2467 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5184
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	9326	5.05 %
R_work	0.1809	175214	-
obs	0.1827	184540	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14007	0	224	1589	15820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	14559
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8601	19698
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	2086
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	2557
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8631	5451

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	3.37652462805
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.79211964622
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.79935232246

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3865	297	0.373	5653	X-RAY DIFFRACTION	97.32
1.92-1.94	0.3796	301	0.3339	5822	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.94-1.97	0.3562	316	0.3253	5759	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.97-1.99	0.3605	292	0.3057	5798	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.99-2.02	0.3355	320	0.2962	5753	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.02-2.05	0.3474	327	0.2883	5801	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.05-2.08	0.3044	286	0.2648	5792	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.08-2.11	0.2979	298	0.2599	5820	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.11-2.14	0.2907	304	0.2461	5800	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.14-2.17	0.2726	303	0.2346	5824	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.17-2.21	0.2618	332	0.2236	5747	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.21-2.25	0.2845	289	0.2261	5843	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.25-2.3	0.276	308	0.2102	5819	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.3-2.34	0.2609	303	0.2069	5808	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.34-2.39	0.2416	297	0.2011	5843	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.39-2.45	0.2333	338	0.1852	5799	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.45-2.51	0.2226	309	0.1848	5835	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.51-2.58	0.2367	303	0.1805	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.58-2.65	0.2137	325	0.1754	5798	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.65-2.74	0.2174	339	0.1752	5827	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.74-2.84	0.2325	304	0.1716	5855	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.84-2.95	0.2049	331	0.1657	5809	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.95-3.09	0.1983	334	0.1656	5864	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.09-3.25	0.1913	307	0.1625	5881	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.25-3.45	0.1892	324	0.1559	5842	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.45-3.72	0.1698	302	0.1427	5924	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.72-4.09	0.1738	323	0.1396	5901	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.09-4.68	0.1567	308	0.1228	5956	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.68-5.9	0.1667	299	0.148	6018	X-RAY DIFFRACTION	99.78
5.9-49.29	0.1867	307	0.1669	6179	X-RAY DIFFRACTION	98.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.267594897596	0.0324629701831	0.165080901849	0.325676470822	0.177191348343	1.15519985387	-0.00177344210541	0.0253318951208	0.021149408614	-0.0180703589169	-0.0177746952494	-0.0206098244839	-0.210848804736	0.00654001934536	0.0182088018629	0.199155238231	0.0200274923601	-0.0165253795862	0.253238079055	0.00833946867744	0.255356502943	-20.4952679833	9.40720706159	-11.0484689765
2	0.356564680458	0.0856069343382	-0.0576087441434	0.488695332985	-0.142125324149	1.04018407895	0.00152017655176	0.0285592601193	-0.0172405177905	-0.0098830203675	-0.00910965488694	0.0102273285476	0.0490592536776	0.0288278773693	0.000724342768404	0.152151012881	0.0226076805737	-0.000224652948904	0.196564193919	-0.00281183337607	0.209511142232	20.4848195993	-9.52449808213	32.8927075448
3	0.390583698902	-0.0364888725808	-0.0151629759366	0.446851802579	-0.114746301349	1.59721203545	0.0354076586346	-0.0850051001869	0.113819729642	0.0208874609141	0.0130111634158	-0.0152596738163	-0.506879331098	0.0780811467288	-0.0644183776756	0.29543544215	-0.0268014983913	-0.000330721731198	0.211556206691	-0.0215383425374	0.246234615613	28.2801413243	12.6799634022	40.0788040497
4	0.377302186544	-0.0500847197303	0.366213249603	0.275714653101	0.00224051178334	1.70637285386	0.0450383329215	-0.0506881133759	-0.0626319307579	-0.0325886387038	0.0017011395201	0.030381492935	0.412229096405	-0.257110513791	-0.0456284513744	0.248847439796	-0.0421097189719	-0.0101502256942	0.229114731793	0.00961506855782	0.250420135215	-28.4675156756	-12.7084172091	-3.68432812579

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 110 through 548)	A	A	110 - 548	1 - 435
2	2	(chain 'B' and resid 109 through 548)	B	I	109 - 548	1 - 433
3	3	(chain 'C' and resid 109 through 548)	C	Q	109 - 548	1 - 434
4	4	(chain 'D' and resid 109 through 548)	D	U	109 - 548	1 - 434

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)