PDB-8tc7: Human asparaginyl-tRNA synthetase, apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tc7

タイトル

Human asparaginyl-tRNA synthetase, apo form

要素

Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

キーワード

LIGASE / enzyme / synthase / drug target

機能・相同性

機能・相同性情報

asparagine-tRNA ligase / CCR3 chemokine receptor binding / asparagine-tRNA ligase activity / asparaginyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / cerebral cortex development / cell migration / nucleic acid binding / protein dimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dogovski, C. / Metcalfe, R.D. / Xie, S.C. / Morton, C.J. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Reaction hijacking inhibition of Plasmodium falciparum asparagine tRNA synthetase.
著者: Xie, S.C. / Wang, Y. / Morton, C.J. / Metcalfe, R.D. / Dogovski, C. / Pasaje, C.F.A. / Dunn, E. / Luth, M.R. / Kumpornsin, K. / Istvan, E.S. / Park, J.S. / Fairhurst, K.J. / Ketprasit, N. / ...

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8tc7.ent.gz	593.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/8tc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8h53C 8tc8C 8tc9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

210 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

D: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

C: Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
105 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	113.490, 127.195, 163.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 109 through 447 or resid 449...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 109 through 213 or resid 219...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 109 through 277 or resid 282...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 109 through 277 or resid 282...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	LEU	LEU	PHE	PHE	A	A	109 - 447	14 - 352
d_1	2	MET	MET	GLN	GLN	A	A	449 - 450	354 - 355
d_1	3	CYS	CYS	PRO	PRO	A	A	452 - 548	357 - 453
d_1	4	GOL	GOL	GOL	GOL	A	E	601
d_1	5	GOL	GOL	GOL	GOL	A	F	602
d_1	6	GOL	GOL	GOL	GOL	A	G	603
d_2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	B	B	109 - 213	14 - 118
d_2	2	LEU	LEU	GLN	GLN	B	B	219 - 277	124 - 182
d_2	3	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	282 - 324	187 - 229
d_2	4	ARG	ARG	PHE	PHE	B	B	330 - 447	235 - 352
d_2	5	MET	MET	GLN	GLN	B	B	449 - 450	354 - 355
d_2	6	CYS	CYS	PRO	PRO	B	B	452 - 548	357 - 453
d_2	7	GOL	GOL	GOL	GOL	B	L	601
d_2	8	GOL	GOL	GOL	GOL	B	M	602
d_2	9	GOL	GOL	GOL	GOL	B	N	603
d_3	1	LEU	LEU	GLN	GLN	C	C	109 - 277	14 - 182
d_3	2	ALA	ALA	PHE	PHE	C	C	282 - 447	187 - 352
d_3	3	MET	MET	GLN	GLN	C	C	449 - 450	354 - 355
d_3	4	CYS	CYS	PRO	PRO	C	C	452 - 548	357 - 453
d_3	5	GOL	GOL	GOL	GOL	C	V	601
d_3	6	GOL	GOL	GOL	GOL	C	W	602
d_3	7	GOL	GOL	GOL	GOL	C	X	603
d_4	1	LEU	LEU	GLN	GLN	D	D	109 - 277	14 - 182
d_4	2	ALA	ALA	GLU	GLU	D	D	282 - 324	187 - 229
d_4	3	ARG	ARG	PHE	PHE	D	D	330 - 447	235 - 352
d_4	4	MET	MET	GLN	GLN	D	D	449 - 450	354 - 355
d_4	5	CYS	CYS	PRO	PRO	D	D	452 - 548	357 - 453
d_4	6	GOL	GOL	GOL	GOL	D	Z	601
d_4	7	GOL	GOL	GOL	GOL	A	K	607
d_4	8	GOL	GOL	GOL	GOL	D	AA	602

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999897347991, 0.00711937732144, 0.0124341444365), (-0.0069789656048, -0.999911803234, 0.011299548284), (0.012513493533, 0.0112116108963, 0.999858846168)	-0.705598396367, -0.410034048099, 39.3631111098
2	given	(-0.770716197888, 0.635115165527, -0.0512373772801), (0.635471251541, 0.772044595636, 0.0111099421193), (0.0466136329517, -0.0239972679169, -0.998624704459)	5.64030941793, 18.576221468, 30.4247992034
3	given	(0.764517625577, -0.644237306812, 0.0217046698576), (-0.643966470918, -0.764825600709, -0.0186811357633), (0.0286353717544, 0.000304977906207, -0.999589877136)	-6.65448052738, -18.9574289661, -9.49023084247

#1: タンパク質	Asparagine--tRNA ligase, cytoplasmic / Asparaginyl-tRNA synthetase / AsnRS / Asparaginyl-tRNA synthetase 1 分子量: 51893.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NARS1, NARS, NRS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43776, asparagine-tRNA ligase
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% (v/v) glycerol, 40 mM potassium phosphate and 14% polyethylene glycol 8,000, and 100-mM Tris pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→49.05 Å / Num. obs: 185343 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 28.93 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / R_merge(I) obs: 2.021 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 8986 / CC_1/2: 0.513 / R_pim(I) all: 1.253 / R_rim(I) all: 2.386

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→46.58 Å / SU ML: 0.2466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 26.6156
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2173	9062	4.9 %
R_work	0.1805	175928	-
obs	0.1823	184990	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13838	0	134	1105	15077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	14332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1716	19367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	2057
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0121	2514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4765	5397

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	4.76010071366
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	4.13851872669
ens_1	d_4	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	4.66386435712

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.4238	283	0.3961	5707	X-RAY DIFFRACTION	98.1
1.92-1.94	0.3997	284	0.3511	5793	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.94-1.97	0.3518	306	0.3407	5866	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.97-1.99	0.3644	324	0.3136	5761	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.99-2.02	0.3347	281	0.3005	5863	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.02-2.05	0.3288	273	0.273	5827	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.05-2.08	0.3125	304	0.2677	5807	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.08-2.11	0.3024	296	0.2397	5832	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.11-2.14	0.2528	311	0.2243	5806	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.14-2.17	0.2841	312	0.2172	5818	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.17-2.21	0.2653	290	0.2169	5825	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.21-2.25	0.2557	318	0.2028	5787	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.25-2.3	0.2482	297	0.1949	5844	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.3-2.34	0.2483	308	0.1927	5845	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.34-2.39	0.2289	299	0.1901	5828	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.39-2.45	0.225	291	0.1869	5854	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.45-2.51	0.2669	295	0.1849	5865	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.51-2.58	0.2383	299	0.1783	5863	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.58-2.65	0.2205	317	0.1717	5846	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.65-2.74	0.2315	302	0.1713	5847	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.74-2.84	0.2322	296	0.1759	5891	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.84-2.95	0.231	282	0.1789	5866	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.95-3.09	0.2323	314	0.1844	5864	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.09-3.25	0.2181	325	0.17	5876	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.25-3.45	0.1909	291	0.1643	5921	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.45-3.72	0.2033	304	0.1628	5926	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.72-4.09	0.1721	313	0.1383	5941	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.09-4.68	0.1338	310	0.1216	5960	X-RAY DIFFRACTION	99.84
4.68-5.9	0.1623	314	0.1453	6025	X-RAY DIFFRACTION	99.73
5.9-46.58	0.1933	323	0.1685	6174	X-RAY DIFFRACTION	98.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.316974257238	0.0593362885541	0.290912544682	0.686329407891	0.181856675844	1.64077215002	0.00198776358999	0.0997840407098	0.040973228765	-0.0483900161026	-0.0329912949897	-0.0303533517779	-0.156988230245	0.129211398442	0.0195686425156	0.248540838275	0.0401412447628	-0.014682603188	0.245376506759	0.0143244188733	0.21356608777	-21.139957907	9.52132126575	-8.09149631422
2	0.307804237044	-0.016216605358	0.0943183432043	0.601945080556	-0.0450270063812	1.2591579814	-0.0151270829042	-0.00308196961588	-0.0218768960426	0.043450141141	-0.0514386021602	0.00893531377464	0.160012771856	0.0326958664217	0.061309291253	0.270034729899	0.0523331570274	0.0158802893534	0.198030830628	0.00542582126735	0.221895438585	20.4621366573	-9.87428039431	31.0644972369
3	0.354328474962	0.1062275499	0.180427560971	0.47765231972	-0.353812362048	2.15993792018	-0.025910398245	-0.0447722641647	0.118549954709	0.0602628689391	-0.0366778445195	-0.0357262806487	-0.657589566203	0.131827846291	-0.0112373122022	0.428147155573	0.0107525466904	-0.027661847072	0.231423523314	0.00766632945431	0.27877840778	28.4280302348	12.3826090815	37.3770799392
4	0.509232575437	0.0619278875749	0.299486271543	0.40831309772	0.15984791878	2.0698137136	0.0855070443284	-0.0204540461971	-0.121118450113	0.00120252587587	-0.0288800089304	0.0400479727554	0.555013812081	-0.179726798723	-0.0684329401961	0.393758373803	-0.0109708376927	-0.019868923061	0.220344900466	-0.00509635560897	0.25450040083	-29.1612316712	-12.4755560441	-1.80493737474

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 109 - 548

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
1	1	(chain 'A' and resid 109 through 548)	A	A	1 - 426
2	2	(chain 'B' and resid 109 through 548)	B	H	1 - 429
3	3	(chain 'C' and resid 109 through 548)	C	R	1 - 428
4	4	(chain 'D' and resid 109 through 548)	D	V	1 - 428

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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