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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tc5 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Spike Glycoprotein from Civet Coronavirus SZ3 in Closed Conformation | ||||||
![]() | Spike glycoprotein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Spike / Glycoprotein / Coronavirus | ||||||
機能・相同性 | LINOLEIC ACID![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
![]() | Bostina, M. / Hills, F.R. / Eruera, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Variation in structural motifs within SARS-related coronavirus spike proteins. 著者: Francesca R Hills / Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Fátima Jorge / Richard Easingwood / Simon H J Brown / James C Bouwer / Yi-Ping Li / Laura N Burga / Mihnea Bostina / ![]() ![]() ![]() 要旨: SARS-CoV-2 is the third known coronavirus (CoV) that has crossed the animal-human barrier in the last two decades. However, little structural information exists related to the close genetic species ...SARS-CoV-2 is the third known coronavirus (CoV) that has crossed the animal-human barrier in the last two decades. However, little structural information exists related to the close genetic species within the SARS-related coronaviruses. Here, we present three novel SARS-related CoV spike protein structures solved by single particle cryo-electron microscopy analysis derived from bat (bat SL-CoV WIV1) and civet (cCoV-SZ3, cCoV-007) hosts. We report complex glycan trees that decorate the glycoproteins and density for water molecules which facilitated modeling of the water molecule coordination networks within structurally important regions. We note structural conservation of the fatty acid binding pocket and presence of a linoleic acid molecule which are associated with stabilization of the receptor binding domains in the "down" conformation. Additionally, the N-terminal biliverdin binding pocket is occupied by a density in all the structures. Finally, we analyzed structural differences in a loop of the receptor binding motif between coronaviruses known to infect humans and the animal coronaviruses described in this study, which regulate binding to the human angiotensin converting enzyme 2 receptor. This study offers a structural framework to evaluate the close relatives of SARS-CoV-2, the ability to inform pandemic prevention, and aid in the development of pan-neutralizing treatments. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 998.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41152MC ![]() 8tc0C ![]() 8tc1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 122511.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 6種, 48分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 355分子 ![](data/chem/img/EIC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Civet SARS CoV SZ3/2003 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 750000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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