PDB-8tbs: Structure of human erythrocyte pyruvate kinase in complex with an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tbs

タイトル

Structure of human erythrocyte pyruvate kinase in complex with an allosteric activator AG-946

要素

Pyruvate kinase PKLR

キーワード

TRANSFERASE/ACTIVATOR / Erythrocyte pyruvate kinase / PKR / PKLR / Allosteric Activator / Glycolysis / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ACTIVATOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate kinase complex / pyruvate biosynthetic process / SARS-CoV-1-host interactions / ChREBP activates metabolic gene expression / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / Pyruvate metabolism / monosaccharide binding / response to metal ion / Glycolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Jin, L. / Padyana, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2024
タイトル: Structure-Based Design of AG-946, a Pyruvate Kinase Activator.
著者: Liu, T. / Padyana, A.K. / Judd, E.T. / Jin, L. / Hammoudeh, D. / Kung, C. / Dang, L.

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDBx/mmJSON形式	8tbs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8tbs_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tbs_full_validation.pdf.gz	4.3 MB	表示
XML形式データ	8tbs_validation.xml.gz	143.6 KB	表示
CIF形式データ	8tbs_validation.cif.gz	193.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbs	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (15)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (2)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#14 - 2001年2月
インスリン (Insulin)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate kinase PKLR

B: Pyruvate kinase PKLR

C: Pyruvate kinase PKLR

D: Pyruvate kinase PKLR

E: Pyruvate kinase PKLR

F: Pyruvate kinase PKLR

G: Pyruvate kinase PKLR

H: Pyruvate kinase PKLR

ヘテロ分子

475 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Pyruvate kinase PKLR

B: Pyruvate kinase PKLR

C: Pyruvate kinase PKLR

D: Pyruvate kinase PKLR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Pyruvate kinase PKLR

F: Pyruvate kinase PKLR

G: Pyruvate kinase PKLR

H: Pyruvate kinase PKLR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
237 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.320, 122.596, 378.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 16分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質

Pyruvate kinase PKLR / Pyruvate kinase 1 / Pyruvate kinase isozymes L/R / R-type/L-type pyruvate kinase / Red cell/liver ...

分子量: 58665.176 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Red blood cell/liver isoform / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKLR, PK1, PKL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30613, pyruvate kinase

#2: 糖

ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₂P₂

-
非ポリマー , 5種, 569分子

#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#6: 化合物	ChemComp-HVI / 6-[(6-aminopyridin-2-yl)methyl]-4-methyl-2-[(1H-pyrazol-3-yl)methyl]-4,6-dihydro-5H-[1,3]thiazolo[5',4':4,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazin-5-one 分子量: 392.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₆N₈OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 10 mM MnSO4, 50 mM MES/KOH, pH 6.4 and 13 % (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→29.44 Å / Num. obs: 212510 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 45.25 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.35→2.434 Å / R_merge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 20970 / % possible all: 99.45

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→29.44 Å / SU ML: 0.2631 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.2663
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2339	10635	5.01 %
R_work	0.1928	201773	-
obs	0.1948	212408	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30781	0	334	543	31658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0038	31704
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6479	43010
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0476	4978
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5605
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.2903	4485

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.38	0.3141	337	0.2674	6604	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.38-2.4	0.3162	377	0.256	6706	X-RAY DIFFRACTION	99.44
2.4-2.43	0.3	365	0.2437	6580	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.43-2.46	0.2995	357	0.2401	6694	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.46-2.5	0.2815	353	0.2324	6649	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.5-2.53	0.274	336	0.2218	6595	X-RAY DIFFRACTION	98.82
2.53-2.57	0.2654	365	0.2226	6711	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.57-2.61	0.2724	354	0.2159	6656	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.61-2.65	0.267	371	0.2241	6662	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.65-2.69	0.2875	342	0.2168	6743	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.69-2.74	0.2602	329	0.2109	6706	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.74-2.79	0.2465	343	0.201	6717	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.79-2.84	0.2595	355	0.2086	6734	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.84-2.9	0.271	335	0.2128	6744	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.9-2.96	0.2611	380	0.2137	6668	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.96-3.03	0.2883	366	0.2158	6678	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.03-3.1	0.2507	351	0.2073	6727	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.1-3.19	0.279	350	0.2154	6672	X-RAY DIFFRACTION	99.49
3.19-3.28	0.2489	338	0.208	6767	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.28-3.39	0.2578	368	0.2119	6696	X-RAY DIFFRACTION	99.48
3.39-3.51	0.2336	355	0.2029	6767	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.51-3.65	0.2458	339	0.1877	6687	X-RAY DIFFRACTION	98.89
3.65-3.81	0.2116	349	0.1828	6737	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.82-4.02	0.207	351	0.1714	6774	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.02-4.27	0.2049	331	0.1673	6800	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.27-4.59	0.2014	378	0.1587	6790	X-RAY DIFFRACTION	99.57
4.59-5.06	0.2047	361	0.1648	6778	X-RAY DIFFRACTION	99.33
5.06-5.78	0.2141	334	0.1882	6868	X-RAY DIFFRACTION	99.5
5.78-7.27	0.2232	379	0.1961	6834	X-RAY DIFFRACTION	98.47
7.27-29.44	0.1913	386	0.1715	7029	X-RAY DIFFRACTION	97.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.20625482124	-0.122103363873	1.26267134317	0.657026433061	-0.691889167611	2.14661793952	-0.0249637809006	-0.292739154348	0.268992359272	-0.156716296677	-0.0811012473504	-0.213408446618	-0.121310165041	-0.00944192062089	-0.00300835336445	0.400384064758	-0.0481986367189	0.0590579683283	0.512060052946	-0.0487298798823	0.38755452985	8.40278917973	-16.2549982848	-93.8264851027
2	0.127592459439	-0.0372188133118	-0.14767991284	0.225891739814	-0.11984206191	0.347766556828	0.639601737487	0.533276239719	-0.13986491266	-0.841234789853	-0.566359766087	-0.31610082304	1.01626559783	0.729771318642	8.16918623189E-5	1.16665872355	0.248492712919	-2.35960578493E-5	1.03974472962	-0.0681331364015	0.842793773593	9.85224909532	-39.3313452057	-117.022226404
3	1.22461569424	0.116543896802	0.129038603445	1.0801587142	-0.327923212194	1.92491940528	0.0686094339474	-0.176282342728	-0.0941532759092	-0.0150074090237	-0.0640228652777	-0.019732356257	0.0443781773014	-0.0348340908721	-4.31579980267E-5	0.342823506602	-0.0477863913298	0.016256576917	0.464718152695	-0.00565658007903	0.406807889356	-0.0515020063955	-23.7048780679	-96.1893613123
4	2.25558556391	-0.0780130821797	-0.976415944844	1.33876218913	-0.0956719236148	1.18721862169	-0.0365605002588	-0.0890849641715	0.240306134274	0.0947553359258	0.0965119894358	0.00143881397327	-0.28634153107	0.17490068242	2.29251083577E-5	0.351329782126	-0.025209580075	-0.00964287455361	0.564112621897	-0.0170256137535	0.366240818941	-3.38364022079	-13.7605981862	-73.4842335346
5	0.912493237532	-0.468879292701	0.801382371516	0.528584124922	-0.0889885181061	2.231864614	-0.0364911673871	0.0563211744633	0.010204917067	-0.210707608124	0.0526372852423	-0.00458637361627	0.207432058704	0.00898851037952	0.000259500470394	0.394241538521	-0.0385628507118	0.0323247511355	0.405127838991	-0.0489960614932	0.406732401528	-9.44180463948	-14.3869730979	-124.262100181
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27	0.505193712255	-0.593320495876	-0.198705533029	1.08429519265	0.682668407411	0.699527551463	-0.336379952736	-0.401780706067	-0.287355876099	0.253692656045	-0.0834206254325	0.330543702028	0.22165815911	-0.205264192838	-0.000116157333581	0.970471903229	0.198954806101	-0.000822027394107	0.848747325589	-0.0553259186653	0.76066024719	-14.5481104548	-31.9157939832	-154.870919957
28	0.781529080626	-0.0222032818816	-0.211200067987	1.16997072875	-0.273165054129	0.83751934344	-0.0646851219605	-0.134984316256	0.0555187619056	0.135788621182	-0.0136557837739	0.555470475949	-0.564590261651	-0.926339419017	-0.0234864884019	0.650436060954	0.323830783438	-0.0465872842372	0.790540339101	-0.0994146021661	0.587217289138	-13.6196530902	-35.0282052754	-174.43752672
29	0.482668676406	-0.142696593242	0.583662614521	0.46801001156	-0.00308177859982	2.78251406758	-0.000914103725102	-0.0330577685538	0.0854261497721	0.0756540748202	-0.103401575159	-0.0613339238981	-0.634752952961	-0.151577969419	-0.00218074076211	0.636247471901	0.0910968516859	-0.0337598911587	0.308145737513	-0.0066757556074	0.442944776147	6.25128476749	-33.1308802577	-188.750581171
30	0.61398659956	-0.508885188926	-0.137503017957	0.967862855529	-1.31067390206	2.49315364016	0.105859202028	-0.257798413918	-0.130474966718	0.0382144798278	0.025606984754	0.0786409028543	0.0136215333897	-0.495385730956	0.00146869819567	0.431732384137	-0.0293499701333	0.0190328042076	0.379777102955	-0.0301870024147	0.394896041039	6.18421288966	-56.9530651224	-155.062159444
31	1.31089107107	1.06076663574	-0.445613513549	1.69528920625	-0.401585924533	0.934966595656	0.180216188422	-0.307475398521	0.249728852201	0.231718901626	-0.222915413712	0.166829212888	-0.249364474578	0.203864205193	0.000151308227719	0.558761329627	-0.196371662248	-0.0121105122652	0.523955799431	-0.0190345644047	0.520318407174	32.3603469934	-35.8362384798	-155.897353151
32	1.23231087174	-0.259039375587	0.26188662518	0.622648724515	-0.315660976177	2.24417595897	-0.0155357164901	-0.0512527320718	-0.0187000717625	0.131980018261	-0.0551049655214	-0.074541557827	-0.232592129145	0.0800329732309	5.93517264148E-5	0.406073220211	-0.0845395593912	-0.0198032855696	0.332059191763	-0.0185276818784	0.403813742522	18.7082515485	-52.2616505482	-159.72528221
33	1.73855409523	-0.125802453996	0.304729372489	2.27264947198	0.110959305979	2.62939326315	0.113201081562	-0.0893688718038	-0.107496019623	-0.0137886240145	-0.125146342111	0.116488137017	0.353186497773	-0.126834943037	0.000168894384466	0.389406374046	-0.0870691373842	-0.0239365726786	0.292724611753	0.00389399010116	0.361062536424	8.81505156573	-75.5833576373	-163.596149052

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 57 through 183 )	A	A	57 - 183	1 - 115
2	2	chain 'A' and (resid 184 through 265 )	A	A	184 - 265	116 - 177
3	3	chain 'A' and (resid 266 through 450 )	A	A	266 - 450	178 - 362
4	4	chain 'A' and (resid 451 through 573 )	A	A	451 - 573	363 - 485
5	5	chain 'B' and (resid 55 through 141 )	B	B	55 - 141	1 - 87
6	6	chain 'B' and (resid 142 through 251 )	B	B	142 - 251	88 - 197
7	7	chain 'B' and (resid 252 through 384 )	B	B	252 - 384	198 - 327
8	8	chain 'B' and (resid 385 through 574 )	B	B	385 - 574	328 - 517
9	9	chain 'C' and (resid 51 through 180 )	C	C	51 - 180	1 - 126
10	10	chain 'C' and (resid 181 through 265 )	C	C	181 - 265	127 - 204
11	11	chain 'C' and (resid 266 through 450 )	C	C	266 - 450	205 - 389
12	12	chain 'C' and (resid 451 through 573 )	C	C	451 - 573	390 - 512
13	13	chain 'D' and (resid 57 through 141 )	D	D	57 - 141	1 - 85
14	14	chain 'D' and (resid 142 through 204 )	D	D	142 - 204	86 - 119
15	15	chain 'D' and (resid 205 through 265 )	D	D	205 - 265	120 - 175
16	16	chain 'D' and (resid 266 through 430 )	D	D	266 - 430	176 - 340
17	17	chain 'D' and (resid 431 through 465 )	D	D	431 - 465	341 - 375
18	18	chain 'D' and (resid 466 through 573 )	D	D	466 - 573	376 - 483
19	19	chain 'E' and (resid 50 through 161 )	E	E	50 - 161	1 - 112
20	20	chain 'E' and (resid 162 through 235 )	E	E	162 - 235	113 - 177
21	21	chain 'E' and (resid 236 through 278 )	E	E	236 - 278	178 - 220
22	22	chain 'E' and (resid 279 through 573 )	E	E	279 - 573	221 - 515
23	23	chain 'F' and (resid 54 through 141 )	F	F	54 - 141	1 - 88
24	24	chain 'F' and (resid 142 through 265 )	F	F	142 - 265	89 - 211
25	25	chain 'F' and (resid 266 through 574 )	F	F	266 - 574	212 - 520
26	26	chain 'G' and (resid 50 through 141 )	G	G	50 - 141	1 - 92
27	27	chain 'G' and (resid 142 through 250 )	G	G	142 - 250	93 - 186
28	28	chain 'G' and (resid 251 through 363 )	G	G	251 - 363	187 - 299
29	29	chain 'G' and (resid 364 through 573 )	G	G	364 - 573	300 - 509
30	30	chain 'H' and (resid 54 through 141 )	H	H	54 - 141	1 - 88
31	31	chain 'H' and (resid 142 through 265 )	H	H	142 - 265	89 - 210
32	32	chain 'H' and (resid 266 through 430 )	H	H	266 - 430	211 - 375
33	33	chain 'H' and (resid 431 through 574 )	H	H	431 - 574	376 - 519

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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