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- PDB-8tbb: F9S, novel TIM-3 targeting antibody, bound to IgV domain of TIM-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tbb
タイトルF9S, novel TIM-3 targeting antibody, bound to IgV domain of TIM-3
要素
  • F9S Fab heavy chain
  • F9S Fab light chain
  • T-cell immunoglobulin mucin receptor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / IgV domain of TIM-3 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction ...regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of defense response to bacterium / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of immunological synapse formation / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 9 signaling pathway / mediator complex / positive regulation of macrophage activation / macrophage activation involved in immune response / anchoring junction / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / immunological synapse / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of chemokine production / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / negative regulation of gene expression / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatitis A virus cellular receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Oganesyan, V. / van Dyk, N. / Mazor, Y. / Yang, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Generation of AZD7789, a novel PD-1 and TIM-3 targeting bispecific antibody, which binds to a differentiated epitope of TIM-3
著者: Clancy-Thompson, E. / Perry, T. / Pryts, S. / Jaiswal, A. / Oganesyan, V. / van Dyk, N. / Yang, C. / Garcia, A. / Yu, W. / Moynihan, J. / Miller, C. / Mulgrew, K. / Cobbold, M. / Mazor, Y. / ...著者: Clancy-Thompson, E. / Perry, T. / Pryts, S. / Jaiswal, A. / Oganesyan, V. / van Dyk, N. / Yang, C. / Garcia, A. / Yu, W. / Moynihan, J. / Miller, C. / Mulgrew, K. / Cobbold, M. / Mazor, Y. / Hammond, S. / Pollizzi, K.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: T-cell immunoglobulin mucin receptor 3
H: F9S Fab heavy chain
L: F9S Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0554
ポリマ－59,8343
非ポリマー2211
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.805, 57.005, 80.453
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 T-cell immunoglobulin mucin receptor 3 / TIM-3 / Hepatitis A virus cellular receptor 2 / HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain- ...TIM-3 / Hepatitis A virus cellular receptor 2 / HAVcr-2 / T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 3 / TIMD-3 / T-cell membrane protein 3


分子量: 12395.116 Da / 分子数: 1 / 断片: IgV domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HAVCR2, TIM3, TIMD3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TDQ0
#2: 抗体 F9S Fab heavy chain


分子量: 24094.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 F9S Fab light chain


分子量: 23344.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals for the TIM-3-F9S Fab complex were obtained in a condition made up of a combination of 0.1M BICINE, pH 9.0 and 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月25日 / 詳細: Si (111) double crystal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→35 Å / Num. obs: 23828 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Num. unique obs: 1422 / CC1/2: 0.88 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 9.957 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.517 / ESU R Free: 0.278 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 1117 5.034 %
Rwork0.1909 21071 -
all0.194 --
obs-22188 99.905 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 31.428 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.523 Å20 Å2-0.607 Å2
2---2.429 Å20 Å2
3----1.499 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4145 0 14 157 4316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0010.0114256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0163907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.3751.6555791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.1391.579026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.585537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.287522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.97210670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.13810173
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.020.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.025018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2430.23957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22007
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.22271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1280.215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1730.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8013.0062160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.7943.0072160
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4955.3872693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.4945.392694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1243.4582096
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1233.462097
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.3166.1123098
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3156.1133099
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it9.23329.9394671
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other9.24129.9154657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.5650.288650.2861535X-RAY DIFFRACTION99.9375
2.565-2.6340.281720.2671487X-RAY DIFFRACTION100
2.634-2.710.302800.2461487X-RAY DIFFRACTION99.9362
2.71-2.7930.232770.2181413X-RAY DIFFRACTION100
2.793-2.8840.246690.2071398X-RAY DIFFRACTION100
2.884-2.9850.31650.2011327X-RAY DIFFRACTION99.9282
2.985-3.0970.327570.1861281X-RAY DIFFRACTION100
3.097-3.2220.203830.181230X-RAY DIFFRACTION99.9239
3.222-3.3640.296630.1871181X-RAY DIFFRACTION99.9197
3.364-3.5270.235560.1881144X-RAY DIFFRACTION100
3.527-3.7150.254690.191074X-RAY DIFFRACTION99.9126
3.715-3.9380.215610.1771020X-RAY DIFFRACTION100
3.938-4.2060.202520.164984X-RAY DIFFRACTION99.9036
4.206-4.5370.188520.147895X-RAY DIFFRACTION100
4.537-4.9620.223480.152824X-RAY DIFFRACTION100
4.962-5.5340.193450.163766X-RAY DIFFRACTION100
5.534-6.3640.224310.185682X-RAY DIFFRACTION99.581
6.364-7.730.272320.194587X-RAY DIFFRACTION100
7.73-100.204300.176453X-RAY DIFFRACTION100
8-100.417100.272293X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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