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万見
- PDB-8tb5: TYK2 JH2 bound to Compound7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tb5
タイトルTYK2 JH2 bound to Compound7
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードSIGNALING PROTEIN / TYK2 / pseudokinase / azaindole
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogenase (acceptor) / hydrogenase (acceptor) activity / ferredoxin hydrogenase activity / nickel cation binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-ZOQ / Hydrogenase-2 large chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Van Epps, S.A. / Breinlinger, E.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Targeting the Tyrosine Kinase 2 (TYK2) Pseudokinase Domain: Discovery of the Selective TYK2 Inhibitor ABBV-712.
著者: Breinlinger, E. / Van Epps, S. / Friedman, M. / Argiriadi, M. / Chien, E. / Chhor, G. / Cowart, M. / Dunstan, T. / Graff, C. / Hardee, D. / Herold, J.M. / Little, A. / McCarthy, R. / ...著者: Breinlinger, E. / Van Epps, S. / Friedman, M. / Argiriadi, M. / Chien, E. / Chhor, G. / Cowart, M. / Dunstan, T. / Graff, C. / Hardee, D. / Herold, J.M. / Little, A. / McCarthy, R. / Parmentier, J. / Perham, M. / Qiu, W. / Schrimpf, M. / Vargo, T. / Webster, M.P. / Wu, F. / Bennett, D. / Edmunds, J.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8746
ポリマ－72,9872
非ポリマー8874
水2,306128
1
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9373
ポリマ－36,4931
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9373
ポリマ－36,4931
非ポリマー4432
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.941, 47.497, 113.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 36493.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29597, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-ZOQ / N-{(3P)-3-[3-(dimethylsulfamoyl)phenyl]-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-5-yl}cyclopropanecarboxamide


分子量: 384.452 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C19H20N4O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% w/v PEG4,000, 200mM Sodium Acetate, 100mM Tris-HCl pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.318→113.167 Å / Num. obs: 26108 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 38.47 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.318→2.325 Å / Rmerge(I) obs: 0.612 / Num. unique obs: 273 / CC1/2: 0.629

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→26.73 Å / SU ML: 0.2845 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.3655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2434 1251 4.81 %
Rwork0.1842 24751 -
obs0.1869 26002 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→26.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3963 0 62 128 4153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00694125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01435615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532629
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0755557
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.410.28671320.23192728X-RAY DIFFRACTION99.72
2.41-2.520.29131130.22062769X-RAY DIFFRACTION99.69
2.52-2.660.29291590.21812701X-RAY DIFFRACTION99.83
2.66-2.820.33271400.21152754X-RAY DIFFRACTION99.66
2.82-3.040.24961440.20162714X-RAY DIFFRACTION99.72
3.04-3.340.25631560.19112735X-RAY DIFFRACTION99.55
3.34-3.830.21761250.16942750X-RAY DIFFRACTION99.45
3.83-4.820.22551180.15462794X-RAY DIFFRACTION99.25
4.82-26.730.20861640.17932806X-RAY DIFFRACTION98.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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